PDB-6mzo: X-ray Structure of an Inactive Zymogen C11 Protease from Parabact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mzo

タイトル

X-ray Structure of an Inactive Zymogen C11 Protease from Parabacteroides distasonis

要素

Inactive Zymogen C11 Protease

キーワード

HYDROLASE / Zymogen C11 protease

機能・相同性

Rossmann fold - #11970 / Peptidase C11, clostripain / Clostripain family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Clostripain-related protein

機能・相同性情報

生物種

Parabacteroides distasonis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.653 Å

データ登録者

Wolan, D.W. / Gonzalez-Paez, G.E. / Roncase, E.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: X-ray structure of an inactive zymogen clostripain-like protease from Parabacteroides distasonis.
著者: Gonzalez-Paez, G.E. / Roncase, E.J. / Wolan, D.W.

履歴

登録	2018年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mzo.cif.gz	155 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mzo.ent.gz	120.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/6mzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/6mzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uwsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1el5-2 5ukf-3 3m13-4 6vzh-1 6csw-1 6bu6-1 6azv-4 1l9e-1 4zr0-2 5dov-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inactive Zymogen C11 Protease

ヘテロ分子

42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.133, 98.948, 93.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-637- HOH

#1: タンパク質	Inactive Zymogen C11 Protease / Clostripain-related protein 分子量: 42139.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (strain ATCC 8503 / DSM 20701 / CIP 104284 / JCM 5825 / NCTC 11152) (バクテリア) 株: ATCC 8503 / DSM 20701 / CIP 104284 / JCM 5825 / NCTC 11152 遺伝子: BDI_3271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6LH12
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.16 M ammonium acetate, 25% PEG 4000, 0.085 M sodium citrate, and 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日 / 詳細: Rh coated flat
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→49.89 Å / Num. obs: 40606 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 39.8
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1990 / R_pim(I) all: 0.318 / R_rim(I) all: 0.693 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UWS

3uws

解像度: 1.653→49.849 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1932	1997	4.92 %
R_work	0.1586	-	-
obs	0.1604	40581	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.653→49.849 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2753	0	6	226	2985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	2827
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.77	3846
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.352	1013
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	492

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6533-1.6947	0.2451	138	0.2377	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6947-1.7405	0.2539	142	0.2088	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7405-1.7917	0.2016	142	0.1893	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7917-1.8495	0.2316	141	0.1784	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8495-1.9157	0.1998	140	0.1713	2699	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9157-1.9924	0.2065	144	0.1566	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9924-2.083	0.1798	142	0.1522	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.083-2.1929	0.1938	143	0.1568	2765	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1929-2.3302	0.2047	142	0.1613	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3302-2.5102	0.2006	141	0.1712	2740	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5102-2.7627	0.2246	144	0.1675	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7627-3.1625	0.2227	144	0.1675	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1625-3.9841	0.1748	145	0.1425	2793	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9841-49.8721	0.1687	149	0.1486	2885	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8324	1.2204	-0.9621	1.8754	1.1286	3.9312	-0.1107	0.297	-0.086	-0.1989	-0.056	0.2905	0.0749	-0.1889	-0.0121	0.1895	0.0074	-0.0158	0.2215	0.0094	0.2469	21.255	8.7605	-25.0745
2	1.8353	0.5685	0.2336	2.9315	1.3522	3.7111	-0.1325	0.1216	-0.2546	0.1554	-0.2522	0.728	0.5299	-0.6106	-0.025	0.2692	-0.0592	0.0586	0.2767	-0.0074	0.4452	15.8731	2.0474	-20.592
3	0.61	0.421	-0.2284	1.5169	0.9987	2.4663	0.0068	-0.1072	-0.0357	0.242	-0.0735	0.5497	0.1593	-0.2621	0.0014	0.2359	0.0222	0.0647	0.264	0.0305	0.266	18.6609	17.9262	-7.9275
4	1.076	-1.178	-0.9417	3.0171	2.108	1.715	0.0133	-0.1299	0.0818	-0.1374	0.131	0.0114	-0.2601	0.1157	-0.0016	0.2196	0.0158	0.0269	0.2176	0.0211	0.1815	26.2575	24.1948	-12.6751
5	1.4483	-1.1114	-1.1159	3.9376	1.8664	3.5366	0.0552	-0.0518	0.159	-0.209	0.0483	0.1097	-0.3476	-0.105	0.0031	0.2013	0.0119	0.0476	0.1763	0.0158	0.2079	20.1328	34.5421	-7.8162

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 126 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 148 through 200 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 201 through 275)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 276 through 377)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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