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- PDB-6myd: Structure of zebrafish TRAF6 in complex with STING CTT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6myd
タイトルStructure of zebrafish TRAF6 in complex with STING CTT
要素
  • STING CTT, Transmembrane protein 173
  • TNF receptor-associated factor 6
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate Immunity / STING / NF-kappaB / TRAF6 / TMEM173
機能・相同性
機能・相同性情報


STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / p75NTR recruits signalling complexes / Interleukin-1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / Ovarian tumor domain proteases / Ub-specific processing proteases / Neutrophil degranulation / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding ...STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / p75NTR recruits signalling complexes / Interleukin-1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / Ovarian tumor domain proteases / Ub-specific processing proteases / Neutrophil degranulation / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / regulation of type I interferon production / cyclic-di-GMP binding / tumor necrosis factor receptor binding / proton channel activity / cGAS/STING signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / reticulophagy / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of type I interferon production / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / lipid droplet / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / autophagosome / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / response to bacterium / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RING-type E3 ubiquitin transferase / response to virus / cytoplasmic side of plasma membrane / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / cell cortex / cytoplasmic vesicle / regulation of apoptotic process / defense response to virus / regulation of autophagy / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A ...TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stimulator of interferon genes protein / TNF receptor-associated factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.399 Å
データ登録者de Oliveira Mann, C.C. / Orzalli, M.H. / King, D.S. / Kagan, J.C. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Modular Architecture of the STING C-Terminal Tail Allows Interferon and NF-kappa B Signaling Adaptation.
著者: de Oliveira Mann, C.C. / Orzalli, M.H. / King, D.S. / Kagan, J.C. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 6
B: STING CTT, Transmembrane protein 173
C: TNF receptor-associated factor 6
D: STING CTT, Transmembrane protein 173
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8369
ポリマ－38,3564
非ポリマー4805
水8,539474
1
A: TNF receptor-associated factor 6
B: STING CTT, Transmembrane protein 173
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2743
ポリマ－19,1782
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8690 Å2
手法PISA
2
C: TNF receptor-associated factor 6
D: STING CTT, Transmembrane protein 173
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5626
ポリマ－19,1782
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.621, 84.377, 53.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 6 / E3 ubiquitin-protein ligase TRAF6 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRAF6


分子量: 18224.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: traf6, si:dkey-56p7.3, zgc:63704 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IWL4, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド STING CTT, Transmembrane protein 173


分子量: 952.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: E7F4N7
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.5 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.399→48.52 Å / Num. obs: 73125 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.399→1.42 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 3560 / CC1/2: 0.495 / Rpim(I) all: 0.584 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LB5

1lb5


解像度: 1.399→48.52 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1989 2002 2.74 %10
Rwork0.1807 ---
obs0.1812 73076 98.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.399→48.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2635 0 25 474 3134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052729
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8593711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2061009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006484
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3993-1.43430.26971310.27294866X-RAY DIFFRACTION95
1.4343-1.47310.2761480.25185081X-RAY DIFFRACTION99
1.4731-1.51640.27341440.23465058X-RAY DIFFRACTION99
1.5164-1.56540.26061410.22245040X-RAY DIFFRACTION99
1.5654-1.62130.22321420.20565111X-RAY DIFFRACTION99
1.6213-1.68620.24111470.19625078X-RAY DIFFRACTION99
1.6862-1.7630.20451410.1875058X-RAY DIFFRACTION99
1.763-1.85590.22791430.17985127X-RAY DIFFRACTION99
1.8559-1.97220.19831390.17425068X-RAY DIFFRACTION99
1.9722-2.12450.19081430.16865072X-RAY DIFFRACTION98
2.1245-2.33830.18051460.17135128X-RAY DIFFRACTION99
2.3383-2.67660.20741430.17585084X-RAY DIFFRACTION99
2.6766-3.37210.21021450.17515149X-RAY DIFFRACTION100
3.3721-48.54910.15811490.16585154X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64310.8670.43813.48211.65794.0107-0.067-0.24870.13290.35730.14960.30820.0786-0.2079-0.05650.17540.01260.03790.13130.04140.1305-6.00436.41342.8005
21.7866-0.4772-3.10041.6531-0.52226.8545-0.02410.506-0.2967-0.1518-0.08360.17050.2178-0.57060.20410.1149-0.02110.0110.1834-0.05390.12182.2902-4.0689-20.6281
31.163-0.5894-0.64941.91650.79230.8493-0.04240.0678-0.01070.06780.03090.03470.05920.04980.00890.0806-0.00880.00610.0739-0.00870.07173.46595.9377-12.3314
44.2667-6.15360.28318.9067-0.53850.25540.040.11990.3663-0.0601-0.0615-0.45610.01270.1187-0.03770.1287-0.00380.01220.1666-0.03630.133411.28319.31-16.45
52.6628-1.6887-1.13982.72840.7241.18410.0135-0.0735-0.02050.0158-0.0025-0.16170.06090.07890.00430.0982-0.0059-0.00750.0969-0.00040.07759.2423.2065-10.1811
65.813.10511.26747.54231.04554.3354-0.30560.16450.2917-0.25130.18910.5537-0.5158-0.31590.14580.17180.03950.02530.1410.01840.1498-11.336515.5397-5.9317
76.2925-2.2948-3.37293.42141.48175.29310.18650.23550.048-0.3962-0.0101-0.1252-0.23960.1762-0.18850.131-0.03180.00660.1653-0.02270.1157-1.14117.2614-18.9217
84.9662-0.81750.34088.2235-1.21783.4586-0.0013-0.4215-0.24540.27320.26290.17250.11850.0747-0.29610.1846-0.00730.0140.2078-0.01430.208711.95655.6809-6.1421
93.96760.6293.06672.57880.47996.1191-0.0876-0.38790.29140.042-0.07570.015-0.3331-0.18160.22190.11450.0080.02180.1267-0.03920.1305-2.79-3.045320.5888
106.9176-3.3859-5.58223.25043.21724.6741-0.09940.1619-0.1582-0.0917-0.06080.41680.2021-0.66360.18920.1416-0.0183-0.02340.20580.02320.1405-9.4742-8.4115-2.1659
111.70480.26781.31110.60810.4672.7842-0.0885-0.17220.1935-0.0538-0.0670.0608-0.1378-0.19980.19160.10890.00470.00580.079-0.01610.10611.01340.09513.0067
121.24571.12551.82632.28852.55243.6841-0.0363-0.07250.0593-0.1103-0.0176-0.051-0.1106-0.00660.01930.1091-0.01120.00860.0816-0.00610.08894.9066-4.99288.5552
135.02563.35933.51092.86792.26482.47130.06-0.0913-0.15210.09410.0374-0.17080.08960.0028-0.12470.0920.01780.0060.1179-0.02790.08079.0382-5.911821.611
143.71182.8421.82336.1333-2.26188.7813-0.1194-0.3705-0.31170.0418-0.0561.09150.4371-0.73750.08160.1444-0.02920.06130.1615-0.02540.2776-11.1695-17.524217.091
153.44614.97120.6927.62610.31911.50650.00380.0059-0.42880.06770.0702-0.56030.06360.2046-0.10.13640.02520.00180.1675-0.03090.176711.4986-10.278916.6164
162.99683.00111.78835.38292.03442.2586-0.0828-0.04890.2106-0.1082-0.0228-0.0049-0.17460.13130.11320.12770.01480.01040.1247-0.00760.12288.958-3.877210.5039
176.7601-3.5661-1.95562.01960.55374.4617-0.1862-0.0287-0.23660.01480.18640.28490.3819-0.35480.08080.1455-0.0351-0.00120.12050.00930.1394-11.2723-16.13236.4843
187.28751.74081.27970.61150.4140.43220.0944-0.5924-0.07990.1191-0.0554-0.06230.1045-0.0788-0.16120.13320.01570.00250.1515-0.02020.11221.071-8.73220.7325
194.226-1.33691.13725.111-0.61743.9894-0.03890.35320.3877-0.22580.18720.1994-0.29250.1476-0.16990.2314-0.00160.01430.21040.01990.215811.9303-6.19496.4524
202.7344-0.2628-1.03583.62260.59455.0960.02190.4119-0.2315-0.18990.0017-0.2150.3981-0.05320.32430.10510.0196-0.00810.1458-0.04260.1231-4.41312.0671-17.1051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 384 through 400 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 401 through 411 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 412 through 466 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 467 through 480 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 481 through 499 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 500 through 513 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 514 through 522 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 377 through 384 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 369 through 383 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 384 through 392 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 393 through 412 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 413 through 445 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 446 through 458 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 459 through 466 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 467 through 480 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 481 through 499 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 500 through 513 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 514 through 523 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 377 through 384 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 372 through 383 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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