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- PDB-6mxs: Crystal structure of the dimeric bH1-Fab variant [HC-Y33W,HC-D98F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mxs
タイトルCrystal structure of the dimeric bH1-Fab variant [HC-Y33W,HC-D98F,HC-G99M]
要素(anti-VEGF-A Fab fragment bH1 ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab fragment / antibody assembly / aggregation
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / Epididymis luminal protein 214
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Shi, R. / Picard, M.-E. / Manenda, M.S.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2019
タイトル: Binding symmetry and surface flexibility mediate antibody self-association.
著者: Schrag, J.D. / Picard, M.E. / Gaudreault, F. / Gagnon, L.P. / Baardsnes, J. / Manenda, M.S. / Sheff, J. / Deprez, C. / Baptista, C. / Hogues, H. / Kelly, J.F. / Purisima, E.O. / Shi, R. / Sulea, T.
履歴
登録2018年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: anti-VEGF-A Fab fragment bH1 heavy chain
L: anti-VEGF-A Fab fragment bH1 light chain
A: anti-VEGF-A Fab fragment bH1 heavy chain
B: anti-VEGF-A Fab fragment bH1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0089
ポリマ－98,7904
非ポリマー2185
水15,205844
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, DLS and ITC data also support the dimeric assembly of Fab variant
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10750 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area37020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.679, 95.960, 110.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 anti-VEGF-A Fab fragment bH1 heavy chain


分子量: 25438.496 Da / 分子数: 2 / 変異: Y33W,D98F,G99M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO-3E7
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: V9HW68
#2: 抗体 anti-VEGF-A Fab fragment bH1 light chain


分子量: 23956.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO-3E7
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q7Z3Y4

-
非ポリマー , 4種, 849分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M tri-sodium citrate, pH 5.6, 12% PEG4000, 10% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 95751 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.947 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Rpim(I) all: 0.134 / Rrim(I) all: 0.261 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-1.983.80.89347150.5370.5331.04298.4
10.68-49.863.60.1496080.9260.0890.17498.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BDY

3bdy


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.884 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.132
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 4831 5.1 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.1932 90638 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.79 Å2 / Biso mean: 29.286 Å2 / Biso min: 12.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.54 Å2-0 Å2-0.78 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6649 0 11 844 7504
Biso mean--37.91 37.73 -
残基数----870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.026891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.881.9499395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.882314542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5365.011883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05723.978269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.064151077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.811528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021572
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 340 -
Rwork0.336 6654 -
all-6994 -
obs--97.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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