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- PDB-6mx6: The Prp8 intein of Cryptococcus neoformans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mx6
タイトルThe Prp8 intein of Cryptococcus neoformans
要素Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
キーワードHYDROLASE / Prp8 / intein / cryptococcus neoformans
機能・相同性
機能・相同性情報


: / U5 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Hint domain superfamily / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core ...Hint domain superfamily / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.749 Å
データ登録者Li, Z. / Li, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM39422 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM44844 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2019
タイトル: Spliceosomal Prp8 intein at the crossroads of protein and RNA splicing.
著者: Green, C.M. / Li, Z. / Smith, A.D. / Novikova, O. / Bacot-Davis, V.R. / Gao, F. / Hu, S. / Banavali, N.K. / Thiele, D.J. / Li, H. / Belfort, M.
履歴
登録2018年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
B: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
C: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
D: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
E: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
F: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,5556
ポリマ－120,5556
非ポリマー00
水9,908550
1
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0921
ポリマ－20,0921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0921
ポリマ－20,0921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0921
ポリマ－20,0921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0921
ポリマ－20,0921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0921
ポリマ－20,0921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0921
ポリマ－20,0921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.153, 63.226, 80.204
Angle α, β, γ (deg.)103.320, 95.530, 117.340
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Pre-mRNA-processing-splicing factor 8


分子量: 20092.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VI50
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 28% PEG4,000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.2, 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→100 Å / Num. obs: 90650 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.416 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 212046
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.782.30.97544030.4670.7751.2510.52884
1.78-1.812.30.87540270.5610.6831.1140.54576.5
1.81-1.852.40.74745160.6290.5810.950.59286.4
1.85-1.892.40.55346740.7080.4230.6980.60989.2
1.89-1.932.40.46747480.7530.3580.5910.789.7
1.93-1.972.40.35546410.8360.2730.450.80388.3
1.97-2.022.40.2945800.8810.2220.3660.90987.4
2.02-2.072.40.22744880.9130.1740.2871.01985.8
2.07-2.142.40.19344130.9410.1480.2441.21783.9
2.14-2.22.40.15841150.9570.1220.21.40977.6
2.2-2.282.40.13747200.9640.1050.1731.4290.3
2.28-2.382.40.10947130.9790.0840.1381.46189.9
2.38-2.482.40.10246640.980.0790.131.71189
2.48-2.612.40.08546600.9860.0660.1091.95388
2.61-2.782.30.07343190.9880.0590.0942.22982.2
2.78-2.992.30.05445680.9920.0450.0712.29786.7
2.99-3.292.30.04147180.9960.0340.0542.43490.1
3.29-3.772.20.03746210.9950.030.0482.50788
3.77-4.752.20.03144030.9960.0250.042.31883.9
4.75-1002.20.0346590.9970.0250.042.12788.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å32.27 Å
Translation2.1 Å32.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MWY

6mwy


解像度: 1.749→32.692 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 1982 2.19 %
Rwork0.1974 --
obs0.1982 90489 85.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.27 Å2 / Biso mean: 30.387 Å2 / Biso min: 11.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.749→32.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7020 0 0 550 7570
Biso mean---37.8 -
残基数----858

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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