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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mwg | ||||||
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タイトル | NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239, with mutation T206V | ||||||
要素 | Ion transport protein | ||||||
キーワード | membrane protein / metal transport / Ion Channel Voltage-gated Sodium Channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arcobacter butzleri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å | ||||||
データ登録者 | Lenaeus, M.J. / Catterall, W.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Gen. Physiol. / 年: 2019 タイトル: Molecular dissection of multiphase inactivation of the bacterial sodium channel NaVAb. 著者: Gamal El-Din, T.M. / Lenaeus, M.J. / Ramanadane, K. / Zheng, N. / Catterall, W.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mwg.cif.gz | 120.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mwg.ent.gz | 92.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mwg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mwg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29787.324 Da / 分子数: 1 / 変異: T206V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PX4 / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 25875 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RVY 解像度: 2.501→29.77 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.16
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.501→29.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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