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- PDB-6mw8: UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase with b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mw8
タイトルUDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase with bound UDP and Manganese
要素UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / GT-A fold
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl transferase, family 8 / Glycosyl transferase family 8 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyl transferase family 8 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pythium ultimum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.756 Å
データ登録者Kim, H.W. / Wood, Z.A. / West, C.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM084383 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A terminal alpha 3-galactose modification regulates an E3 ubiquitin ligase subunit in Toxoplasma gondii .
著者: Mandalasi, M. / Kim, H.W. / Thieker, D. / Sheikh, M.O. / Gas-Pascual, E. / Rahman, K. / Zhao, P. / Daniel, N.G. / van der Wel, H. / Ichikawa, H.T. / Glushka, J.N. / Wells, L. / Woods, R.J. / ...著者: Mandalasi, M. / Kim, H.W. / Thieker, D. / Sheikh, M.O. / Gas-Pascual, E. / Rahman, K. / Zhao, P. / Daniel, N.G. / van der Wel, H. / Ichikawa, H.T. / Glushka, J.N. / Wells, L. / Woods, R.J. / Wood, Z.A. / West, C.M.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8047
ポリマ－30,1051
非ポリマー6986
水2,162120
1
A: UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,60714
ポリマ－60,2102
非ポリマー1,39712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.055, 84.055, 76.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-421-

HOH

21A-429-

HOH

31A-471-

HOH

41A-513-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase


分子量: 30105.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pythium ultimum (真核生物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: K3WC47, N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 126分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 8-12% PEG4000, 0.4M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate
PH範囲: 4.0-4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→37.591 Å / Num. obs: 28125 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 28.4 % / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / Net I/σ(I): 36.94
反射 シェル解像度: 1.75→37.591 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX(1.13_2998)位相決定
PHENIX0.8.6.1精密化
Coot0.8.6.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.756→37.591 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 21.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2085 1339 4.98 %
Rwork0.1809 --
obs0.1824 26882 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.756→37.591 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1915 0 42 120 2077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7842790
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.823721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.756-1.81880.30581160.26362257X-RAY DIFFRACTION87
1.8188-1.89160.29821220.24122349X-RAY DIFFRACTION90
1.8916-1.97770.22611290.19862472X-RAY DIFFRACTION96
1.9777-2.08190.21981340.18482515X-RAY DIFFRACTION97
2.0819-2.21240.21491330.17952563X-RAY DIFFRACTION98
2.2124-2.38320.21491370.17622597X-RAY DIFFRACTION99
2.3832-2.62290.21091380.18172619X-RAY DIFFRACTION100
2.6229-3.00230.23461390.19152658X-RAY DIFFRACTION100
3.0023-3.78210.1781410.17732682X-RAY DIFFRACTION100
3.7821-37.59910.20111500.16882831X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2429-0.0985-0.27474.57670.79363.43980.1212-0.33480.36950.6683-0.0553-0.0714-0.28330.0508-0.04320.3797-0.00760.06470.1827-0.00330.21323.670440.795123.2241
26.0962-0.21914.04365.10510.21724.53490.0628-0.14260.12020.8188-0.1194-0.1150.33020.15840.0690.41790.02740.11030.2910.00730.199921.236335.991126.7539
35.74051.72321.34074.303-1.2691.38250.6346-1.28430.36781.2321-0.33530.0063-0.4216-0.1068-0.09150.77520.04160.07640.4547-0.10840.290622.606844.614533.1571
43.8419-4.14070.16066.15230.953.2169-0.2423-1.5284-0.09080.85570.5457-0.05180.08880.099-0.1340.5908-0.03970.09650.39080.04670.312722.742133.023228.6485
53.4256-1.7191-0.16624.097-1.78615.6028-0.0778-0.1168-0.16460.63120.11460.45490.3109-0.268-0.07710.3897-0.01270.09990.148-0.00980.172422.672828.712621.9223
64.4723-0.6024-1.09325.1123-0.36023.5224-0.3030.4282-0.29320.02140.11490.09160.3715-0.2810.16090.2431-0.06070.03690.2016-0.02190.169422.50129.30569.0638
76.0773-0.7921.48856.6247-4.52638.4704-0.0735-0.2594-0.7760.71880.08840.0170.73260.1365-0.02620.54720.01890.06270.1799-0.03260.249926.554718.617321.3415
89.1243-4.25842.49978.5355-0.17339.0652-0.2637-0.06210.56730.31520.1517-1.96530.45521.72180.1830.47280.07130.03190.4964-0.00260.656136.703822.016914.2998
95.3144-1.7428-0.55454.89160.26982.6798-0.07930.3577-0.3834-0.1943-0.11790.24450.3273-0.30070.16920.3008-0.05890.10330.2324-0.0110.169624.263425.72335.8227
105.59411.5204-2.6073.8403-0.81684.5747-0.0040.33860.441-0.19460.1283-0.364-0.43140.1205-0.02650.3412-0.01760.09590.23430.04350.385730.344543.5366.2934
116.7176-2.8681-5.0141.68093.30428.08440.2055-0.15030.41640.11930.1137-0.2211-0.8601-0.2279-0.30760.59050.01690.13550.21080.00660.443123.65352.278619.2434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 62 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 63 through 99 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 100 through 122 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 123 through 151 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 152 through 170 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 171 through 186 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 187 through 206 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 207 through 246 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 247 through 266 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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