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- PDB-6mvl: Crystal structure of VISTA bound to a pH-selective antibody Fab f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mvl
タイトルCrystal structure of VISTA bound to a pH-selective antibody Fab fragment
要素
  • (Antibody Fab fragment ...) x 2
  • V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / checkpoint / antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collagen catabolic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of endopeptidase activity / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / zymogen activation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production ...positive regulation of collagen catabolic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of endopeptidase activity / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / zymogen activation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of immune response / endopeptidase activator activity / positive regulation of cell migration / positive regulation of gene expression / enzyme binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Critton, D.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: VISTA is an acidic pH-selective ligand for PSGL-1.
著者: Johnston, R.J. / Su, L.J. / Pinckney, J. / Critton, D. / Boyer, E. / Krishnakumar, A. / Corbett, M. / Rankin, A.L. / Dibella, R. / Campbell, L. / Martin, G.H. / Lemar, H. / Cayton, T. / ...著者: Johnston, R.J. / Su, L.J. / Pinckney, J. / Critton, D. / Boyer, E. / Krishnakumar, A. / Corbett, M. / Rankin, A.L. / Dibella, R. / Campbell, L. / Martin, G.H. / Lemar, H. / Cayton, T. / Huang, R.Y. / Deng, X. / Nayeem, A. / Chen, H. / Ergel, B. / Rizzo, J.M. / Yamniuk, A.P. / Dutta, S. / Ngo, J. / Shorts, A.O. / Ramakrishnan, R. / Kozhich, A. / Holloway, J. / Fang, H. / Wang, Y.K. / Yang, Z. / Thiam, K. / Rakestraw, G. / Rajpal, A. / Sheppard, P. / Quigley, M. / Bahjat, K.S. / Korman, A.J.
履歴
登録2018年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation
H: Antibody Fab fragment heavy chain
L: Antibody Fab fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,40418
ポリマ－66,8383
非ポリマー1,56615
水13,655758
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.166, 125.856, 192.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-522-

HOH

21L-678-

HOH

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 24371.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Antibody Fab fragment light chain


分子量: 23362.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation / Platelet receptor Gi24 / Stress-induced secreted protein-1 / Sisp-1 / V-set domain-containing ...Platelet receptor Gi24 / Stress-induced secreted protein-1 / Sisp-1 / V-set domain-containing immunoregulatory receptor / V-set immunoregulatory receptor


分子量: 19104.275 Da / 分子数: 1 / 変異: N91Q, N108Q, N190Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: VSIR, C10orf54, SISP1, VISTA, PP2135, UNQ730/PRO1412
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H7M9
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 772分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.606→96.02 Å / Num. obs: 55883 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 28.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.606→1.807 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2795 / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→96.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2759 4.94 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 55883 53.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.233 Å20 Å20 Å2
2--2.7401 Å20 Å2
3----0.5071 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.61→96.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4278 0 84 758 5120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084470HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.076101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1453SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes746HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4470HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion584SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5556SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.73 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 -4.92 %
Rwork0.2439 1063 -
all0.2443 1118 -
obs--5.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.53612.68490.52792.9625-0.40212.6367-0.17210.9110.0292-0.15830.2880.09310.0839-0.3836-0.1159-0.097-0.0302-0.02120.32740.0677-0.1434-38.311314.267412.7294
21.26620.285-0.19590.74190.0910.2908-0.00310.08950.1388-0.03510.00480.0155-0.0489-0.041-0.0017-0.06710.0159-0.0169-0.03950.0303-0.0585-5.752517.544639.5212
31.880.36530.4750.93010.01290.5298-0.05150.17820.0571-0.01590.0385-0.15370.0561-0.02560.0131-0.0841-0.0026-0.0009-0.0453-0.0051-0.05326.72875.095634.6679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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