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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mu0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase B from Mycoplasma genitalium with bound Ribulose-5-phosphate | ||||||
![]() | Probable ribose-5-phosphate isomerase B | ||||||
![]() | ISOMERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-allose catabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / isomerase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase B from Mycoplasma genitalium with bound Ribulose-5-phosphate 著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 705.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 705.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3he8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17981.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 33530 / G-37 / NCTC 10195 / 遺伝子: rpiB, MG396 / プラスミド: MygeA.00966.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-5RP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: MygeA.00966.a.B1.PW38486 at 15.59 mg/ml was incubated with 5 mM ribose-5-phosphate, then was mixed 1:1 JCSG+(d5): 70% (v/v) MPD 0.1 M HEPES free acid, pH 7.0, Tray: 302126d5, puck: ppf0-7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月16日 / 詳細: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.1→43.099 Å / Num. obs: 59627 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.053 % / Biso Wilson estimate: 13.828 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 11.67 / Num. measured all: 539804 / Scaling rejects: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3HE8 解像度: 1.1→43.099 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 11.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.01 Å2 / Biso mean: 15.0653 Å2 / Biso min: 6.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.1→43.099 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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