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- PDB-6mtf: D7 protein from Phlebotomus duboscqi, native -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mtf
タイトルD7 protein from Phlebotomus duboscqi, native
要素26.7 kDa salivary protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / sand fly / odorant-binding protein / leukotriene / thromboxane / salivary
機能・相同性Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / sensory perception of smell / toxin activity / extracellular space / Long form salivary protein D7L
機能・相同性情報
生物種Phlebotomus duboscqi (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Andersen, J.F. / Jablonka, W.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Functional and structural similarities of D7 proteins in the independently-evolved salivary secretions of sand flies and mosquitoes.
著者: Jablonka, W. / Kim, I.H. / Alvarenga, P.H. / Valenzuela, J.G. / Ribeiro, J.M.C. / Andersen, J.F.
履歴
登録2018年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26.7 kDa salivary protein
B: 26.7 kDa salivary protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3574
ポリマ－53,6522
非ポリマー7052
水8,467470
1
A: 26.7 kDa salivary protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1782
ポリマ－26,8261
非ポリマー3531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 26.7 kDa salivary protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1782
ポリマ－26,8261
非ポリマー3531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.890, 101.560, 33.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 26.7 kDa salivary protein


分子量: 26825.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phlebotomus duboscqi (昆虫) / 遺伝子: M01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q06KA2
#2: 化合物 ChemComp-TRT / FRAGMENT OF TRITON X-100 / 1-{2-[2-(2-METHOXYETHOXY)ETHOXY]ETHOXY}-4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)BENZENE


分子量: 352.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36O4 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→41.487 Å / Num. obs: 38751 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.85 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.92→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 6.33 / Num. unique obs: 2811 / CC1/2: 0.927 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.92→41.487 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 18.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 1905 5.01 %
Rwork0.1637 --
obs0.1659 38058 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.34 Å2 / Biso mean: 18.534 Å2 / Biso min: 5.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→41.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3746 0 50 470 4266
Biso mean--20.03 26.58 -
残基数----460
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.92-1.96810.22981420.18212411255393
1.9681-2.02130.21571270.16932441256896
2.0213-2.08070.23771420.1592527266997
2.0807-2.14790.26531250.15992517264298
2.1479-2.22470.19351230.15452578270199
2.2247-2.31370.20311380.16192531266999
2.3137-2.4190.22441150.16082614272999
2.419-2.54650.20641330.16372561269499
2.5465-2.70610.20981370.17012573271099
2.7061-2.9150.21971610.16922565272699
2.915-3.20820.20281320.169126512783100
3.2082-3.67220.19971420.164226672809100
3.6722-4.62560.17461390.144726862825100
4.6256-41.49660.21481490.1762831298099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0853-0.1102-0.02991.86260.04370.5898-0.02770.0013-0.08310.05070.0093-0.16010.04460.0360.01480.0755-0.01570.00430.09350.01640.064517.67025.1589-6.4648
21.09150.3694-0.22121.64720.07450.4059-0.01450.02360.1776-0.02020.02940.1638-0.08780.0008-0.0040.08930.007-0.02510.11950.01270.079153.4770.37977.9903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 230)A0 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 0 through 230)B0 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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