ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.14_3260精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→43.371 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 19.22
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2062 | 4492 | 4.96 % |
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Rwork | 0.1683 | - | - |
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obs | 0.1702 | 90597 | 99.65 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 78.41 Å2 / Biso mean: 17.3937 Å2 / Biso min: 5.43 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.78→43.371 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3746 | 0 | 50 | 509 | 4305 |
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Biso mean | - | - | 18.36 | 27.22 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 460 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.7803-1.8005 | 0.2797 | 154 | 0.2246 | 2750 | 2904 | 98 | 1.8005-1.8217 | 0.285 | 150 | 0.2158 | 2818 | 2968 | 99 | 1.8217-1.8439 | 0.2724 | 130 | 0.1893 | 2967 | 3097 | 99 | 1.8439-1.8672 | 0.2288 | 156 | 0.1904 | 2887 | 3043 | 99 | 1.8672-1.8918 | 0.2034 | 153 | 0.1628 | 2774 | 2927 | 99 | 1.8918-1.9177 | 0.2051 | 140 | 0.1681 | 2830 | 2970 | 99 | 1.9177-1.9451 | 0.2183 | 137 | 0.177 | 2940 | 3077 | 100 | 1.9451-1.9741 | 0.2423 | 139 | 0.1824 | 2909 | 3048 | 100 | 1.9741-2.005 | 0.2075 | 141 | 0.1868 | 2823 | 2964 | 100 | 2.005-2.0379 | 0.2249 | 124 | 0.1744 | 2884 | 3008 | 100 | 2.0379-2.073 | 0.2573 | 143 | 0.1772 | 2906 | 3049 | 100 | 2.073-2.1107 | 0.199 | 187 | 0.1722 | 2867 | 3054 | 100 | 2.1107-2.1513 | 0.2631 | 135 | 0.1727 | 2820 | 2955 | 100 | 2.1513-2.1952 | 0.1935 | 125 | 0.1635 | 2905 | 3030 | 100 | 2.1952-2.2429 | 0.2 | 185 | 0.1667 | 2933 | 3118 | 100 | 2.2429-2.2951 | 0.2176 | 194 | 0.1716 | 2767 | 2961 | 100 | 2.2951-2.3525 | 0.2216 | 133 | 0.1716 | 2888 | 3021 | 100 | 2.3525-2.4161 | 0.2201 | 149 | 0.1748 | 2945 | 3094 | 100 | 2.4161-2.4872 | 0.2179 | 164 | 0.1717 | 2832 | 2996 | 100 | 2.4872-2.5675 | 0.1626 | 141 | 0.1647 | 2901 | 3042 | 100 | 2.5675-2.6592 | 0.2063 | 137 | 0.1688 | 2861 | 2998 | 100 | 2.6592-2.7657 | 0.2269 | 181 | 0.1663 | 2898 | 3079 | 100 | 2.7657-2.8915 | 0.1834 | 167 | 0.1689 | 2836 | 3003 | 100 | 2.8915-3.0439 | 0.1828 | 190 | 0.1637 | 2872 | 3062 | 100 | 3.0439-3.2346 | 0.2387 | 131 | 0.1675 | 2849 | 2980 | 100 | 3.2346-3.4842 | 0.2281 | 144 | 0.1648 | 2902 | 3046 | 100 | 3.4842-3.8347 | 0.1946 | 140 | 0.1513 | 2884 | 3024 | 100 | 3.8347-4.3891 | 0.1699 | 126 | 0.1436 | 2891 | 3017 | 100 | 4.3891-5.528 | 0.1642 | 132 | 0.156 | 2936 | 3068 | 100 | 5.528-43.3838 | 0.1741 | 164 | 0.1769 | 2830 | 2994 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 35.3196 Å / Origin y: 2.6787 Å / Origin z: 0.7016 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0995 Å2 | -0.0159 Å2 | 0.0036 Å2 | - | 0.0712 Å2 | 0.0193 Å2 | - | - | 0.0751 Å2 |
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L | 0.7816 °2 | -0.3323 °2 | 0.2492 °2 | - | -0.0043 °2 | -0.0437 °2 | - | - | 0.1734 °2 |
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S | -0.0312 Å ° | 0.0062 Å ° | 0.0414 Å ° | 0.025 Å ° | 0.0098 Å ° | -0.0186 Å ° | -0.0131 Å ° | 0.0204 Å ° | 0.0207 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA0 - 230 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB0 - 230 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC1 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allD1 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allF1 - 510 | | | | | | | | | | |
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