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- PDB-6msv: Structure of the 6th type III domain from human fibronectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6msv
タイトルStructure of the 6th type III domain from human fibronectin
要素Fibronectin
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / calcium-independent cell-matrix adhesion / Fibronectin matrix formation / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / peptide cross-linking / integrin activation ...negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / calcium-independent cell-matrix adhesion / Fibronectin matrix formation / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / peptide cross-linking / integrin activation / ALK mutants bind TKIs / cell-substrate junction assembly / proteoglycan binding / extracellular matrix structural constituent / MET activates PTK2 signaling / Molecules associated with elastic fibres / peptidase activator activity / biological process involved in interaction with symbiont / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / response to muscle activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endodermal cell differentiation / regulation of protein phosphorylation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of axon extension / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / Integrin signaling / extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / platelet alpha granule lumen / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / acute-phase response / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / response to wounding / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / GPER1 signaling / nervous system development / regulation of cell shape / heparin binding / : / heart development / protease binding / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / apical plasma membrane / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Loa, S. / Mou, T.C. / Sprang, S.R. / Briknarova, K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM114657 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103546 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the 6th type III domain from human fibronectin
著者: Loa, S. / Mou, T.C. / Sprang, S.R. / Briknarova, K.
履歴
登録2018年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fibronectin
B: Fibronectin
C: Fibronectin
D: Fibronectin
E: Fibronectin
F: Fibronectin
G: Fibronectin
H: Fibronectin
I: Fibronectin
J: Fibronectin
K: Fibronectin
L: Fibronectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,58214
ポリマ－116,39812
非ポリマー1842
水2,666148
1
A: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fibronectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7922
ポリマ－9,7001
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Fibronectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7922
ポリマ－9,7001
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7001
ポリマ－9,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
A: Fibronectin
G: Fibronectin
H: Fibronectin
J: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7994
ポリマ－38,7994
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA
14
B: Fibronectin
D: Fibronectin
F: Fibronectin
L: Fibronectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9846
ポリマ－38,7994
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
15
C: Fibronectin
E: Fibronectin
I: Fibronectin
K: Fibronectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7994
ポリマ－38,7994
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.520, 79.460, 80.886
Angle α, β, γ (deg.)112.33, 95.88, 94.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Fibronectin / FN / Cold-insoluble globulin / CIG


分子量: 9699.831 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FN1, FN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02751
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→26.64 Å / Num. obs: 46905 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4387 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 78.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DFT

5dft


解像度: 2.4→26.64 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 35.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 1680 4.25 %
Rwork0.2353 --
obs0.2379 39570 91.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→26.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7667 0 12 148 7827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70210779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4994749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47060.40061230.36352902X-RAY DIFFRACTION84
2.4706-2.55030.39121280.34082955X-RAY DIFFRACTION85
2.5503-2.64130.38371370.31782928X-RAY DIFFRACTION86
2.6413-2.7470.4041320.32582959X-RAY DIFFRACTION86
2.747-2.87190.34231390.29993122X-RAY DIFFRACTION90
2.8719-3.02310.4011440.27143188X-RAY DIFFRACTION93
3.0231-3.21220.30071420.24613245X-RAY DIFFRACTION94
3.2122-3.45970.31581460.24063298X-RAY DIFFRACTION96
3.4597-3.8070.27811450.21763285X-RAY DIFFRACTION97
3.807-4.35580.2611490.21873344X-RAY DIFFRACTION97
4.3558-5.480.26141460.18193323X-RAY DIFFRACTION97
5.48-26.64110.24361490.20533341X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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