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万見
- PDB-6msp: De novo Designed Protein Foldit3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6msp
タイトルDe novo Designed Protein Foldit3
要素De novo Designed Protein Foldit3
キーワードDE NOVO PROTEIN / de no designed foldit foldit3
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Liu, G. / Ishida, Y. / Swapna, G.V.T. / Kleinfelter, S. / Koepnick, B. / Baker, D. / Montelione, G.T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: De novo protein design by citizen scientists.
著者: Koepnick, B. / Flatten, J. / Husain, T. / Ford, A. / Silva, D.A. / Bick, M.J. / Bauer, A. / Liu, G. / Ishida, Y. / Boykov, A. / Estep, R.D. / Kleinfelter, S. / Norgard-Solano, T. / Wei, L. / ...著者: Koepnick, B. / Flatten, J. / Husain, T. / Ford, A. / Silva, D.A. / Bick, M.J. / Bauer, A. / Liu, G. / Ishida, Y. / Boykov, A. / Estep, R.D. / Kleinfelter, S. / Norgard-Solano, T. / Wei, L. / Players, F. / Montelione, G.T. / DiMaio, F. / Popovic, Z. / Khatib, F. / Cooper, S. / Baker, D.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo Designed Protein Foldit3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7251
ポリマ－11,7251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 De novo Designed Protein Foldit3


分子量: 11725.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-13C NOESY
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
181isotropic12D 1H-15N HSQC
171isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.3 mM [U-13C; U-15N] foldit3, 90% H2O/10% D2O
詳細: The purified protein was dialyzed against 20 mM potassium phosphate (pH 6.5) and the protein concentration was adjusted to between 0.3-0.4 mM for NMR studies.
Label: 15N13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.3 mM / 構成要素: foldit3 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 0.2 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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