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- PDB-6ms4: Crystal structure of the DENR-MCT-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ms4
タイトルCrystal structure of the DENR-MCT-1 complex
要素
  • Density-regulated protein
  • Malignant T-cell-amplified sequence 1
キーワードTRANSLATION / reinitiation / ribosome / zinc binding / tRNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


translation factor activity, non-nucleic acid binding / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / RNA cap binding / formation of translation preinitiation complex / ribosome disassembly / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfate adenylyltransferase - #20 / DENR family, eukaryotes / DENR, C-terminal domain / : / DENR, N-terminal / MCT-1/Tma20 / Pre-PUA domain / Pre-PUA-like domain / : / Sulfate adenylyltransferase ...Sulfate adenylyltransferase - #20 / DENR family, eukaryotes / DENR, C-terminal domain / : / DENR, N-terminal / MCT-1/Tma20 / Pre-PUA domain / Pre-PUA-like domain / : / Sulfate adenylyltransferase / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Density-regulated protein / Malignant T-cell-amplified sequence 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Lomakin, I.B. / Steitz, T.A. / Dmitriev, S.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM022778 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the DENR-MCT-1 complex revealed zinc-binding site essential for heterodimer formation.
著者: Lomakin, I.B. / Dmitriev, S.E. / Steitz, T.A.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malignant T-cell-amplified sequence 1
B: Density-regulated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7059
ポリマ－25,9822
非ポリマー7237
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.810, 67.810, 124.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Malignant T-cell-amplified sequence 1 / MCT-1 / Multiple copies T-cell malignancies


分子量: 20585.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCTS1, MCT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: Q9ULC4
#2: タンパク質・ペプチド Density-regulated protein / DRP / Protein DRP1 / Smooth muscle cell-associated protein 3 / SMAP-3


分子量: 5396.242 Da / 分子数: 1 / Mutation: UNP Residues 25-70 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DENR, DRP1, H14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: O43583

-
非ポリマー , 5種, 35分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.6 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 20% PEG 4000, pH 8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→59.577 Å / Num. obs: 20310 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.521 % / Biso Wilson estimate: 59.31 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.135 / Net I/σ(I): 14.59 / Num. measured all: 173065 / Scaling rejects: 69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.058.4166.70.2212237145914540.1787.13699.7
2.05-2.118.6694.7020.3912276142014160.342599.7
2.11-2.178.153.4930.5111386139913970.5023.72999.9
2.17-2.248.4422.2010.8411414135613520.6712.34499.7
2.24-2.319.0651.6281.2311929131813160.7031.72699.8
2.31-2.399.0751.1341.7811679128812870.811.20299.9
2.39-2.488.9770.7482.6811024123112280.9150.79399.8
2.48-2.588.8260.4674.0910627120412040.9740.496100
2.58-2.78.5290.325.759646113411310.9870.3499.7
2.7-2.837.8380.2277.858684110811080.9890.243100
2.83-2.988.9570.13713.529369104610460.9970.145100
2.98-3.169.0740.09318.9190569989980.9980.098100
3.16-3.388.7920.06527.0382739419410.9990.069100
3.38-3.658.5430.04935.6175268838810.9990.05299.8
3.65-47.9230.03841.6165528288270.9990.04199.9
4-4.477.8530.03149.2257887387370.9990.03399.9
4.47-5.178.4480.0354.1956016646630.9990.03299.8
5.17-6.338.0860.03252.5946905805800.9990.034100
6.33-8.957.0370.02950.4532304624590.9990.03199.4
8.95-59.5777.2910.02856.6320782852850.9990.03100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R90

3r90


解像度: 2.001→59.577 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 1017 5.02 %
Rwork0.2312 19247 -
obs0.2332 20264 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 225.25 Å2 / Biso mean: 108.6711 Å2 / Biso min: 47.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.001→59.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1777 0 30 31 1838
Biso mean--126.36 84.05 -
残基数----227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8682553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5161552
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.001-2.10650.44271370.472826632800100
2.1065-2.23850.48061550.42972671282699
2.2385-2.41130.39531490.3432713286299
2.4113-2.6540.33181420.3132696283899
2.654-3.0380.34341290.297727732902100
3.038-3.82740.32521560.241727772933100
3.8274-59.60370.20791490.184729543103100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.89393.07390.33546.68615.10127.74520.9173-0.7247-1.15580.188-0.30980.87290.9439-1.949-0.54821.26650.23020.01731.57460.09411.4335-19.3-28.9438-20.4732
28.43040.51392.61474.5104-0.63555.6245-0.09942.41831.9578-0.9112-0.53310.0781-1.08920.67460.78031.71240.18350.09961.06140.38750.9768-4.7353-13.8325-31.0546
38.99881.18882.19126.3435-3.8598.84560.53260.86060.4288-0.54250.17450.6055-0.2721-0.8586-0.59611.02540.25880.07250.77420.10.5326-9.8092-20.713-22.8816
46.17631.30920.26346.96180.76927.82320.7471-0.96530.50530.3832-0.51970.1221-0.44930.2844-0.13120.7711-0.03590.1780.7836-0.06610.4301-0.8523-22.0108-8.1222
54.01991.54683.93429.14671.29783.90260.1967-0.2175-0.38390.14110.1877-0.54940.80591.53670.12971.13020.22350.18720.9244-0.07460.61046.0604-29.3665-26.4296
65.3202-0.54321.46646.2637-1.15940.61130.4468-0.1502-0.3420.6842-0.2544-0.07851.38480.5819-0.19451.69350.30780.12030.85940.07750.61351.4413-42.5784-15.1266
71.84321.56421.64822.25761.70111.8722-2.12980.08881.49151.1151-1.2303-1.86131.170.8243.17631.72060.2409-0.07111.43280.07061.419712.1999-42.7663-18.096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 18 )A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 49 )A19 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 92 )A50 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 181 )A93 - 181
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 25 through 33 )B25 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 34 through 60 )B34 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 61 through 74 )B61 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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