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- PDB-6ms2: Crystal structure of the GH43 BlXynB protein from Bacillus lichen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ms2
タイトルCrystal structure of the GH43 BlXynB protein from Bacillus licheniformis
要素Glycoside Hydrolase Family 43
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / GH43 / Bacillus lincheniformis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoside Hydrolase Family 43
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.494 Å
データ登録者Zanphorlin, L.M. / Morais, M.A.B. / Diogo, J.A. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)15/26982-0 ブラジル
引用ジャーナル: Biotechnol. Bioeng. / 年: 2019
タイトル: Structure-guided design combined with evolutionary diversity led to the discovery of the xylose-releasing exo-xylanase activity in the glycoside hydrolase family 43.
著者: Zanphorlin, L.M. / de Morais, M.A.B. / Diogo, J.A. / Domingues, M.N. / de Souza, F.H.M. / Ruller, R. / Murakami, M.T.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside Hydrolase Family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5092
ポリマ－60,4691
非ポリマー401
水1,04558
1
A: Glycoside Hydrolase Family 43
ヘテロ分子

A: Glycoside Hydrolase Family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,0194
ポリマ－120,9392
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area35310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.858, 41.902, 71.805
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.700, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glycoside Hydrolase Family 43


分子量: 60469.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (strain ATCC 14580 / DSM 13 / JCM 2505 / NBRC 12200 / NCIMB 9375 / NRRL NRS-1264 / Gibson 46) (バクテリア)
株: ATCC 14580 / DSM 13 / JCM 2505 / NBRC 12200 / NCIMB 9375 / NRRL NRS-1264 / Gibson 46
遺伝子: xynB, BL03023 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65MB6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 36% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 5% (w/v) polyethelyne glycol 8,000 and 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→40.41 Å / Num. obs: 15465 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 33.78 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 9.58
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.49-2.640.5541.8122090.7080.71585.3
2.64-2.830.2723.2123290.8970.34395.8
2.83-3.050.2034.7421690.940.25196.2
3.05-3.340.138.319920.9770.15794.9
3.34-3.730.09111.9618160.9840.11295.4
3.73-4.30.0715.6215920.9910.08594.8
4.3-5.250.04919.4914150.9960.05997.6
5.25-7.370.05516.7510800.9940.06795.7
7.37-40.410.03823.796570.9960.04696.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10_2148精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YRZ

1yrz


解像度: 2.494→33.313 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 2741 10.06 %
Rwork0.1967 --
obs0.2013 15356 87.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.74 Å2 / Biso mean: 38.8627 Å2 / Biso min: 11.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.494→33.313 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4073 0 1 58 4132
Biso mean--73.57 29.59 -
残基数----511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7565714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8962428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4935-2.53650.40721030.336982292560
2.5365-2.58260.36311150.3071982109770
2.5826-2.63230.3251300.30971127125780
2.6323-2.6860.34261230.26561196131987
2.686-2.74440.31351340.27221249138388
2.7444-2.80820.28611440.26211203134787
2.8082-2.87840.31181330.25541257139090
2.8784-2.95610.35981360.24791270140690
2.9561-3.04310.26431370.2241277141492
3.0431-3.14120.27421340.21161311144593
3.1412-3.25340.28231480.21321309145792
3.2534-3.38350.28991420.20651202134488
3.3835-3.53740.21941340.19171234136888
3.5374-3.72360.24181320.18121322145494
3.7236-3.95660.19771520.17821270142291
3.9566-4.26150.21591340.15051280141491
4.2615-4.68930.17171590.14031299145894
4.6893-5.36540.17711460.14571280142692
5.3654-6.75060.22621480.18541257140590
6.7506-33.31610.19781570.18021357151497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2376-0.71070.97014.6175-2.59513.69530.09770.0282-0.2978-0.04390.05850.39750.1037-0.1347-0.14810.21210.00320.04180.1602-0.02430.165555.515213.45914.2654
22.2094-0.20620.85123.4509-1.17013.05080.1441-0.145-0.04470.17550.0140.60840.0032-0.4591-0.1320.1872-0.03140.03690.2894-0.05850.287241.925313.333721.1811
34.4271.78111.14894.65281.94524.26540.4678-0.80360.81290.3148-0.44440.7048-0.0433-0.4575-0.02370.37880.01990.10130.4513-0.11950.387143.078817.569132.6195
43.30660.4628-1.10031.31840.58152.04940.3268-0.77760.20.5137-0.30370.1767-0.1488-0.0699-0.05150.3409-0.05220.00270.4273-0.04460.208559.281117.814933.2783
51.38810.3075-0.47410.8127-0.31321.79250.06570.11630.0118-0.0478-0.07780.00150.0606-0.0517-0.00090.17850.04130.0120.1734-0.05410.280560.446621.82431.994
61.9254-0.0044-0.76570.93190.29891.96840.1090.25970.0731-0.0232-0.17610.157-0.148-0.19160.03640.22390.06760.01390.19830.02670.27163.197127.1024-3.2728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 77 )A5 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 146 )A78 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 186 )A147 - 186
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 187 through 263 )A187 - 263
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 264 through 447 )A264 - 447
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 448 through 515 )A448 - 515

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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