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- PDB-6mry: NoD173 plant defensin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mry
タイトルNoD173 plant defensin
要素NoD173 defensin
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Defensin / Plant / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Chem-I3C / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / NoD173 defensin
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana occidentalis (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Caria, S. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterization of the membrane-permeabilizing activity ofNicotiana occidentalisdefensin NoD173 and protein engineering to enhance oncolysis.
著者: Lay, F.T. / Ryan, G.F. / Caria, S. / Phan, T.K. / Veneer, P.K. / White, J.A. / Kvansakul, M. / Hulett, M.D.
履歴
登録2018年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NoD173 defensin
B: NoD173 defensin
C: NoD173 defensin
D: NoD173 defensin
E: NoD173 defensin
F: NoD173 defensin
G: NoD173 defensin
H: NoD173 defensin
I: NoD173 defensin
J: NoD173 defensin
K: NoD173 defensin
L: NoD173 defensin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,56543
ポリマ－65,33412
非ポリマー5,23131
水2,144119
1
A: NoD173 defensin
E: NoD173 defensin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2386
ポリマ－10,8892
非ポリマー3494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6340 Å2
手法PISA
2
B: NoD173 defensin
G: NoD173 defensin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8598
ポリマ－10,8892
非ポリマー9706
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
3
C: NoD173 defensin
J: NoD173 defensin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6995
ポリマ－10,8892
非ポリマー8103
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area6280 Å2
手法PISA
4
D: NoD173 defensin
ヘテロ分子

L: NoD173 defensin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5828
ポリマ－10,8892
非ポリマー6936
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5810 Å2
手法PISA
5
F: NoD173 defensin
I: NoD173 defensin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2937
ポリマ－10,8892
非ポリマー1,4045
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
6
H: NoD173 defensin
K: NoD173 defensin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8949
ポリマ－10,8892
非ポリマー1,0057
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area5810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.107, 69.318, 107.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質・ペプチド
NoD173 defensin


分子量: 5444.524 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana occidentalis (ナス科) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A4V8H030*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 150分子

#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: Tris-HCl, trisodium citrate, PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.2 Å / Num. obs: 29667 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.21 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2920 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 0.521 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AB0

4ab0


解像度: 2.3→34.37 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 1470 4.96 %
Rwork0.1894 --
obs0.1916 29658 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4419 0 235 119 4773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1616312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4033072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38220.3441280.24982842X-RAY DIFFRACTION100
2.3822-2.47760.30861490.23232795X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.59030.28151350.22892784X-RAY DIFFRACTION100
2.5903-2.72680.26631370.22672836X-RAY DIFFRACTION100
2.7268-2.89760.25311550.20352812X-RAY DIFFRACTION100
2.8976-3.12120.29761440.2122800X-RAY DIFFRACTION100
3.1212-3.4350.25411440.18512833X-RAY DIFFRACTION100
3.435-3.93150.20311730.1662772X-RAY DIFFRACTION100
3.9315-4.95090.17911440.14342851X-RAY DIFFRACTION99
4.9509-34.37390.20171610.19452863X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.4452 Å / Origin y: -11.4912 Å / Origin z: -19.9287 Å
111213212223313233
T0.1251 Å2-0.0346 Å2-0.0037 Å2-0.1103 Å2-0.0159 Å2--0.1211 Å2
L0.2275 °2-0.0297 °20.1613 °2-0.3489 °20.0121 °2--0.3875 °2
S-0.0144 Å °0.2461 Å °-0.0054 Å °-0.1664 Å °0.047 Å °-0.0984 Å °0.0064 Å °0.1973 Å °0.0264 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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