PDB-6mrq: Structure of ToPI1 inhibitor from Tityus obscurus scorpion venom ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mrq

タイトル

Structure of ToPI1 inhibitor from Tityus obscurus scorpion venom in complex with trypsin

要素

Cationic trypsin
inhibitor from Tityus obscurus scorpion venom (TopI1)

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / Inhibitor / Complex / Scorpion / Venom / HYDROLASE / toxin / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

Tityus (サソリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.288 Å

データ登録者

Fernandes, J.C. / Mourao, C.B.F. / Schwartz, E.F. / Barbosa, J.A.R.G.

資金援助

ブラジル, 3件

組織	認可番号	国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	407625/2013-5	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	309054/2014-1	ブラジル
Fundacao de Apoio a Pesquisa do Distrito Federal (FAPDF)	193.001.760/2017	ブラジル

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Head-to-Tail Cyclization after Interaction with Trypsin: A Scorpion Venom Peptide that Resembles Plant Cyclotides.
著者: Mourao, C.B.F. / Brand, G.D. / Fernandes, J.P.C. / Prates, M.V. / Bloch Jr., C. / Barbosa, J.A.R.G. / Freitas, S.M. / Restano-Cassulini, R. / Possani, L.D. / Schwartz, E.F.

履歴

登録	2018年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mrq.cif.gz	160.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mrq.ent.gz	125.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mrq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mrq_validation.pdf.gz	420 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mrq_full_validation.pdf.gz	420 KB	表示
XML形式データ	6mrq_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	6mrq_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mrq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i8hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4u2b-d 1zi8-d 1h9h-d 1mct-d 4p92-d 1ggv-d 1zix-d 4aor-3 4u2f-d 2btc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

I: inhibitor from Tityus obscurus scorpion venom (TopI1)

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The activity was confirmed by activity assays

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.817, 59.020, 79.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 24934.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド	inhibitor from Tityus obscurus scorpion venom (TopI1) 分子量: 3738.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tityus (サソリ)
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes Sodium pH 7.5 1.5 M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→27.65 Å / Num. obs: 55677 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.74 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05059 / Net I/σ(I): 18.26
反射シェル	解像度: 1.288→1.334 Å / R_merge(I) obs: 0.8727 / CC_1/2: 0.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I8H

4i8h

解像度: 1.288→27.648 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1805	2000	3.59 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.1656	55671	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.288→27.648 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	16	297	2195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1955
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	2654
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.272	734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	295
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2883-1.3205	0.3478	128	0.3593	3443	X-RAY DIFFRACTION	90
1.3205-1.3562	0.2584	141	0.2822	3772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3562-1.3961	0.2718	143	0.2453	3828	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3961-1.4412	0.2672	142	0.218	3820	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4412-1.4927	0.224	142	0.2048	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4927-1.5524	0.2269	143	0.1932	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5524-1.6231	0.2246	142	0.1776	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6231-1.7087	0.1619	143	0.1668	3831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7087-1.8157	0.1822	144	0.1619	3848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8157-1.9558	0.1825	144	0.1535	3867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9558-2.1526	0.1591	144	0.1504	3876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1526-2.4639	0.1614	146	0.1523	3897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4639-3.1036	0.1682	145	0.1589	3924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1036-27.6543	0.1612	153	0.1456	4089	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8312	-0.2814	0.1043	2.884	-0.1906	2.0176	-0.0404	0.0632	0.2185	0.107	0.0199	-0.0129	-0.174	0.0529	0.0103	0.1013	0.0016	0.0001	0.0774	0.0354	0.0813	-7.4367	7.0896	-12.6201
2	1.6217	-0.9855	0.5634	4.5312	-1.2618	1.0042	0.0448	0.2771	0.0546	-0.1711	-0.0502	-0.0822	0.0503	0.1136	0.0054	0.0989	0.0062	0.0084	0.1549	0.0076	0.075	-5.3109	1.2326	-17.6435
3	1.8896	-0.222	-0.4776	4.427	0.0138	3.5349	0.0279	0.1935	0.5107	0.0441	-0.0854	-0.2324	-0.3814	0.2992	0.0491	0.0802	-0.0302	-0.0237	0.1684	0.0497	0.2279	1.9718	9.6789	-13.7252
4	1.502	0.4282	-0.1722	2.2281	-0.5613	1.5877	0.0123	-0.2413	-0.048	0.3392	0.0695	0.1885	0.0219	-0.1205	-0.0817	0.1639	0.0099	0.0372	0.142	0.0233	0.1062	-12.8318	-1.27	-2.5657
5	4.3501	1.0928	-1.1442	1.5097	-0.1062	1.8004	0.1062	-0.2135	-0.163	0.2536	0.0119	0.2159	0.1174	-0.1696	-0.0944	0.1732	-0.0093	0.0203	0.119	0.0571	0.1288	-12.749	-6.623	-2.618
6	8.1315	2.7197	-0.4074	7.7456	-2.1792	6.3418	-0.1819	0.3806	-0.0102	-0.1416	-0.3105	-1.0219	0.0784	1.1513	0.3767	0.1292	0.0204	-0.0213	0.2665	0.0648	0.3007	9.5221	-3.3596	-10.853
7	5.0613	3.3513	4.8299	3.4869	5.2402	7.8961	-0.2537	0.2943	0.2263	-0.6051	0.0757	0.5738	-0.049	-0.3826	0.0981	0.1957	-0.0706	-0.0815	0.2133	0.0514	0.2067	-20.4105	-4.685	-22.6332
8	5.3256	-2.7469	1.3577	7.2173	-2.8227	3.4626	-0.0245	0.9406	-0.4991	-0.6015	0.4612	-0.2783	0.3874	0.5405	-0.4164	0.2005	-0.0604	-0.0219	0.3049	-0.0972	0.2318	-16.8133	-11.8399	-23.4521
9	3.218	3.0433	3.3321	5.8778	1.3483	6.1349	0.1239	0.067	-0.4831	-0.0743	0.2457	0.1624	0.2777	-0.2483	-0.2784	0.1218	-0.0359	-0.0247	0.1605	0.0368	0.2172	-19.9243	-10.1558	-16.1767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 123 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 124 through 215 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 216 through 234 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 235 through 245 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'I' and (resid 1 through 7 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'I' and (resid 8 through 15 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and (resid 16 through 32 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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