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Yorodumi- PDB-6mrq: Structure of ToPI1 inhibitor from Tityus obscurus scorpion venom ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mrq | ||||||||||||
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Title | Structure of ToPI1 inhibitor from Tityus obscurus scorpion venom in complex with trypsin | ||||||||||||
Components |
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Keywords | hydrolase/hydrolase inhibitor / Inhibitor / Complex / Scorpion / Venom / HYDROLASE / toxin / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information cap snatching / virion component / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) Tityus (scorpion) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.288 Å | ||||||||||||
Authors | Fernandes, J.C. / Mourao, C.B.F. / Schwartz, E.F. / Barbosa, J.A.R.G. | ||||||||||||
Funding support | Brazil, 3items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2020 Title: Head-to-Tail Cyclization after Interaction with Trypsin: A Scorpion Venom Peptide that Resembles Plant Cyclotides. Authors: Mourao, C.B.F. / Brand, G.D. / Fernandes, J.P.C. / Prates, M.V. / Bloch Jr., C. / Barbosa, J.A.R.G. / Freitas, S.M. / Restano-Cassulini, R. / Possani, L.D. / Schwartz, E.F. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mrq.cif.gz | 160.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mrq.ent.gz | 125.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mrq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mrq_validation.pdf.gz | 420 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mrq_full_validation.pdf.gz | 420 KB | Display | |
Data in XML | 6mrq_validation.xml.gz | 14.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6mrq_validation.cif.gz | 21.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mrq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4i8hS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24934.115 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P00760, trypsin | ||
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#2: Protein/peptide | Mass: 3738.666 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Tityus (scorpion) | ||
#3: Chemical | ChemComp-CA / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 35.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M Hepes Sodium pH 7.5 1.5 M Lithium sulfate monohydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.2 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2016 |
Radiation | Monochromator: Si(111) double-crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.28→27.65 Å / Num. obs: 55677 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 14.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05059 / Net I/σ(I): 18.26 |
Reflection shell | Resolution: 1.288→1.334 Å / Rmerge(I) obs: 0.8727 / CC1/2: 0.68 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4I8H Resolution: 1.288→27.648 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.89
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.288→27.648 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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