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- PDB-6mrk: Crystal structure of dmNxf2 NTF2-like domain in complex with Nxt1/p15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mrk
タイトルCrystal structure of dmNxf2 NTF2-like domain in complex with Nxt1/p15
要素
  • NTF2-related export protein
  • Nuclear RNA export factor 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Piwi / transposon silencing / heterochromatin formation / piRNA pathway / transcriptional silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / RNA polymerase II transcription repressor complex / nuclear pore central transport channel / protein localization to nuclear periphery / chromatin-protein adaptor activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription repressor complex / negative regulation of innate immune response / transcription corepressor activity ...Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / RNA polymerase II transcription repressor complex / nuclear pore central transport channel / protein localization to nuclear periphery / chromatin-protein adaptor activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription repressor complex / negative regulation of innate immune response / transcription corepressor activity / nuclear envelope / protein transport / defense response to Gram-negative bacterium / single-stranded RNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear transport factor 2/Mtr2 / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. ...Nuclear transport factor 2/Mtr2 / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NTF2-related export protein / Nuclear RNA export factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, J. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: The nascent RNA binding complex SFiNX licenses piRNA-guided heterochromatin formation.
著者: Batki, J. / Schnabl, J. / Wang, J. / Handler, D. / Andreev, V.I. / Stieger, C.E. / Novatchkova, M. / Lampersberger, L. / Kauneckaite, K. / Xie, W. / Mechtler, K. / Patel, D.J. / Brennecke, J.
履歴
登録2018年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear RNA export factor 2
U: NTF2-related export protein
B: Nuclear RNA export factor 2
V: NTF2-related export protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6834
ポリマ－77,6834
非ポリマー00
水30617
1
A: Nuclear RNA export factor 2
U: NTF2-related export protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8422
ポリマ－38,8422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
2
B: Nuclear RNA export factor 2
V: NTF2-related export protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8422
ポリマ－38,8422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.540, 74.090, 155.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear RNA export factor 2


分子量: 23645.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: nxf2, CG4118 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9VV73
#2: タンパク質 NTF2-related export protein / p15


分子量: 15195.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Nxt1, CG12752 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9V3H8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→77.9 Å / Num. obs: 19083 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Num. unique obs: 2732 / CC1/2: 0.904 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JKG

1jkg


解像度: 2.8→66.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 15.672 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26259 1904 10 %RANDOM
Rwork0.21207 ---
obs0.21705 17130 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.45 Å20 Å2-0 Å2
2---2.68 Å20 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→66.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5101 0 0 17 5118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.6447008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2851.57910915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3865619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26721.938325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.56615899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5251544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8624.1582506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8624.1572505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.636.2253115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6296.2263116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0524.5332689
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0534.5312687
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9526.663893
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.42647.595578
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.42547.5995579
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 137 -
Rwork0.259 1233 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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