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- PDB-6mrf: Crystal structure of a Methionine aminopeptidase MetAP from Acine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mrf
タイトルCrystal structure of a Methionine aminopeptidase MetAP from Acinetobacter baumannii
要素Methionine aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / NIAID / structural genomics / National Institute of Allergy and Infectious disease / metalloprotease / metal dependent protease / manganese / nickel / methionine / cytoplasm / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Methionine aminopeptidase MetAP from Acinetobacter baumannii
著者: Edwards, T.E. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2018年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0414
ポリマ－29,8941
非ポリマー1473
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.770, 53.690, 84.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase / MetAP / Peptidase M


分子量: 29894.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: map_1, map, map1, map_2, A7M79_08180, A7M90_04815, A7N09_12540, ABUW_1234, APD06_11055, AZE33_14285, B4R90_02870, B9X91_03550, B9X95_11705, BGC29_02575, BWP00_06705, C2U32_08280, C7G90_ ...遺伝子: map_1, map, map1, map_2, A7M79_08180, A7M90_04815, A7N09_12540, ABUW_1234, APD06_11055, AZE33_14285, B4R90_02870, B9X91_03550, B9X95_11705, BGC29_02575, BWP00_06705, C2U32_08280, C7G90_05480, CBE85_00465, CBI29_02666, CEJ63_06330, CHQ89_03925, CPI82_15740, DCD76_03690, DCD77_06610, IX87_07995, LV38_03303, NCTC13421_01191
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VCW7, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.67 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: AcbaB.00039.a.B6.PW38090 at 26.5 mg/mL with 5 mM methionine and 5 mM MgCl2 against JCSG+ screen condition B9: 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 6,000; cryo-protectant 20% ethylene glycol, ...詳細: AcbaB.00039.a.B6.PW38090 at 26.5 mg/mL with 5 mM methionine and 5 mM MgCl2 against JCSG+ screen condition B9: 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 6,000; cryo-protectant 20% ethylene glycol, unique puck ID jht7-2, crystal tracking ID 286134b9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→44.725 Å / Num. obs: 29484 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.676 % / Biso Wilson estimate: 28.023 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 15.01
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.695.7290.5962.8321470.9190.65599.6
1.69-1.745.7150.5093.3120810.9280.55999.9
1.74-1.795.7040.4074.1320450.9490.44899.8
1.79-1.845.730.3364.8719780.9670.36999.9
1.84-1.915.7240.2825.9619090.9750.3199.9
1.91-1.975.7190.1988.0418620.9850.21899.9
1.97-2.055.7270.1679.5418050.9890.184100
2.05-2.135.7330.12711.9417350.9930.14100
2.13-2.225.7060.114.4916710.9950.11100
2.22-2.335.7160.08916.3115930.9950.098100
2.33-2.465.7160.07718.615220.9960.084100
2.46-2.615.7120.06920.7714420.9970.075100
2.61-2.795.6860.0623.1313660.9970.066100
2.79-3.015.6610.05326.2712670.9970.058100
3.01-3.35.6640.04630.511790.9980.05199.9
3.3-3.695.6140.04233.8810680.9980.04699.9
3.69-4.265.550.03836.319510.9970.042100
4.26-5.225.4850.03637.038270.9980.0499.9
5.22-7.385.3310.03834.766500.9980.042100
7.38-44.7254.7690.03636.23860.9980.04199

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.05 Å44.72 Å
Translation4.05 Å44.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MX6

3mx6


解像度: 1.65→44.725 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 1381 4.69 %
Rwork0.1684 --
obs0.1704 29468 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.66 Å2 / Biso mean: 33.4585 Å2 / Biso min: 14.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→44.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1864 0 9 182 2055
Biso mean--40.2 39.51 -
残基数----247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.70890.2781510.24782758290999
1.7089-1.77730.25281450.216827122857100
1.7773-1.85820.22211530.200127572910100
1.8582-1.95620.2451540.178627632917100
1.9562-2.07880.20091280.168127962924100
2.0788-2.23930.20391230.158428022925100
2.2393-2.46460.21971510.162727942945100
2.4646-2.82120.21771540.165528042958100
2.8212-3.55420.1981230.161728783001100
3.5542-44.74110.2155990.159330233122100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1576-1.4137-0.96835.4495-0.15342.68090.51180.06340.4948-0.5174-0.3138-0.5667-1.15130.0769-0.1620.5570.0380.14420.28590.04540.27698.591918.66752.8075
21.0358-0.328-0.17246.2903-2.49384.6382-0.02980.218-0.0755-0.7332-0.0292-0.20860.3293-0.06940.07070.27420.03080.03810.2146-0.03030.12148.9556-1.219-3.1558
33.01013.3676-1.64582.0160.33332.00180.02680.1720.2325-0.18250.0455-1.3581-0.80660.3664-0.01490.63850.00110.14510.3644-0.00730.345817.55419.026-3.7562
43.4351-0.261-1.2041.98340.07115.4302-0.1607-0.0551-0.2064-0.141-0.0189-0.24570.51720.45060.16310.25380.06770.04310.14920.01040.167814.3642-6.49877.2069
52.57431.2081-2.06756.8662-2.31855.01270.12280.17280.2536-0.3264-0.0186-0.2322-0.33710.0822-0.06990.1830.01880.02310.140.00360.12639.30454.96386.613
61.19321.45150.16612.6204-0.75131.01940.0549-0.07410.04490.2348-0.07920.0730.0379-0.05080.03860.2010.00670.02150.1963-0.01320.14883.9364.203520.7537
71.4351-0.44260.43812.2857-2.30342.3883-0.0175-0.25290.23170.8668-0.0451-0.3232-0.360.20620.02290.28710.0049-0.03920.2264-0.05340.22199.933915.258326.4186
83.4587-0.41190.82345.74190.49731.0448-0.1431-0.030.5590.17960.0082-0.948-0.25560.51330.08260.2791-0.0451-0.08730.382-0.0030.393516.305311.103422.3493
90.8977-0.37210.09751.14380.38522.14670.1129-0.04650.30280.0266-0.1639-0.6050.00920.55070.0420.1474-0.0121-0.00020.2807-0.00410.296215.807410.137219.5184
106.13111.4699-1.74624.7446-0.72015.6623-0.2101-0.0993-0.0495-0.24040.0996-0.76980.68751.00970.1520.30110.13930.00830.3606-0.02040.273621.4171-5.450815.7568
110.8525-0.9406-0.20313.1051.67142.02470.12750.07690.0478-0.0687-0.23010.1704-0.168-0.15930.15390.1976-0.00890.03310.2046-0.01290.21264.418114.514412.6013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 24 )A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 48 )A25 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 71 )A49 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 72 through 95 )A72 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 96 through 123 )A96 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 124 through 143 )A124 - 143
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 144 through 163 )A144 - 163
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 164 through 197 )A164 - 197
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 198 through 220 )A198 - 220
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 221 through 234 )A221 - 234
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 235 through 261 )A235 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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