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Yorodumi- PDB-6mrf: Crystal structure of a Methionine aminopeptidase MetAP from Acine... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mrf | ||||||
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Title | Crystal structure of a Methionine aminopeptidase MetAP from Acinetobacter baumannii | ||||||
Components | Methionine aminopeptidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / NIAID / structural genomics / National Institute of Allergy and Infectious disease / metalloprotease / metal dependent protease / manganese / nickel / methionine / cytoplasm / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of a Methionine aminopeptidase MetAP from Acinetobacter baumannii Authors: Edwards, T.E. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mrf.cif.gz | 118 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mrf.ent.gz | 88.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mrf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mrf_validation.pdf.gz | 437.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6mrf_full_validation.pdf.gz | 438.6 KB | Display | |
Data in XML | 6mrf_validation.xml.gz | 13 KB | Display | |
Data in CIF | 6mrf_validation.cif.gz | 18.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mrf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3mx6S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29894.287 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) Gene: map_1, map, map1, map_2, A7M79_08180, A7M90_04815, A7N09_12540, ABUW_1234, APD06_11055, AZE33_14285, B4R90_02870, B9X91_03550, B9X95_11705, BGC29_02575, BWP00_06705, C2U32_08280, C7G90_05480, ...Gene: map_1, map, map1, map_2, A7M79_08180, A7M90_04815, A7N09_12540, ABUW_1234, APD06_11055, AZE33_14285, B4R90_02870, B9X91_03550, B9X95_11705, BGC29_02575, BWP00_06705, C2U32_08280, C7G90_05480, CBE85_00465, CBI29_02666, CEJ63_06330, CHQ89_03925, CPI82_15740, DCD76_03690, DCD77_06610, IX87_07995, LV38_03303, NCTC13421_01191 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: V5VCW7, methionyl aminopeptidase | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: AcbaB.00039.a.B6.PW38090 at 26.5 mg/mL with 5 mM methionine and 5 mM MgCl2 against JCSG+ screen condition B9: 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 6,000; cryo-protectant 20% ethylene glycol, ...Details: AcbaB.00039.a.B6.PW38090 at 26.5 mg/mL with 5 mM methionine and 5 mM MgCl2 against JCSG+ screen condition B9: 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% PEG 6,000; cryo-protectant 20% ethylene glycol, unique puck ID jht7-2, crystal tracking ID 286134b9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 11, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→44.725 Å / Num. obs: 29484 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.676 % / Biso Wilson estimate: 28.023 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 15.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3MX6 Resolution: 1.65→44.725 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.58
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.66 Å2 / Biso mean: 33.4585 Å2 / Biso min: 14.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→44.725 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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