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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mqu | ||||||
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タイトル | PL5, synthetic transmembrane domain variant of human phospholamban | ||||||
要素 | PL5, designed TM pentamer | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / designed / engineered / transmembrane / pentamer / phospholamban | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
データ登録者 | Mravic, M. / Thomaston, J.L. / DeGrado, W.F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Packing of apolar side chains enables accurate design of highly stable membrane proteins. 著者: Mravic, M. / Thomaston, J.L. / Tucker, M. / Solomon, P.E. / Liu, L. / DeGrado, W.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mqu.cif.gz | 65.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mqu.ent.gz | 49.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mqu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mqu_validation.pdf.gz | 462.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mqu_full_validation.pdf.gz | 465.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6mqu_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mqu_validation.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3806.718 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 12 MM C8E4, 20MM MGCL HEXAHYDRATE, 25MM NACL, 50 MM HEPES, 16% PEG400, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.17→87.84 Å / Num. obs: 6819 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.17→3.39 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1212 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.314 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.17→87.84 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.52
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.17→87.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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