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- PDB-6mqu: PL5, synthetic transmembrane domain variant of human phospholamban -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mqu
タイトルPL5, synthetic transmembrane domain variant of human phospholamban
要素PL5, designed TM pentamer
キーワードDE NOVO PROTEIN / designed / engineered / transmembrane / pentamer / phospholamban
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Mravic, M. / Thomaston, J.L. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM054616 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Packing of apolar side chains enables accurate design of highly stable membrane proteins.
著者: Mravic, M. / Thomaston, J.L. / Tucker, M. / Solomon, P.E. / Liu, L. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2018年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PL5, designed TM pentamer
B: PL5, designed TM pentamer
C: PL5, designed TM pentamer
D: PL5, designed TM pentamer
E: PL5, designed TM pentamer
F: PL5, designed TM pentamer
G: PL5, designed TM pentamer
H: PL5, designed TM pentamer
I: PL5, designed TM pentamer
J: PL5, designed TM pentamer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,06710
ポリマ－38,06710
非ポリマー00
水1086
1
A: PL5, designed TM pentamer
B: PL5, designed TM pentamer
C: PL5, designed TM pentamer
D: PL5, designed TM pentamer
E: PL5, designed TM pentamer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0345
ポリマ－19,0345
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
2
F: PL5, designed TM pentamer
G: PL5, designed TM pentamer
H: PL5, designed TM pentamer
I: PL5, designed TM pentamer
J: PL5, designed TM pentamer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0345
ポリマ－19,0345
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.230, 124.230, 51.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
PL5, designed TM pentamer


分子量: 3806.718 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12 MM C8E4, 20MM MGCL HEXAHYDRATE, 25MM NACL, 50 MM HEPES, 16% PEG400, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→87.84 Å / Num. obs: 6819 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.17→3.39 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1212 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.314 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.17→87.84 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 675 9.94 %
Rwork0.228 --
obs0.229 6784 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→87.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2271 0 0 6 2277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1223117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.191820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.17-3.41480.26551280.23851198X-RAY DIFFRACTION98
3.4148-3.75840.25211370.25721207X-RAY DIFFRACTION99
3.7584-4.30230.24291340.22431226X-RAY DIFFRACTION99
4.3023-5.42030.21871330.20671233X-RAY DIFFRACTION98
5.4203-87.87760.24621420.23051246X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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