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- PDB-6mqh: Crystal structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase (H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mqh
タイトルCrystal structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase (HTPA synthase) from Burkholderia mallei
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase / dapA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia mallei (鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase (HTPA synthase) from Burkholderia mallei
著者: Abendroth, J. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.E. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年12月12日Group: Atomic model / Data collection / Refinement description
カテゴリ: atom_site / refine_ls_restr / Item: _atom_site.occupancy
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7322
ポリマ－65,7322
非ポリマー00
水14,214789
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,4634
ポリマ－131,4634
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area9580 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area38910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.870, 53.930, 78.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-668-

HOH

21A-695-

HOH

31B-416-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 32865.863 Da / 分子数: 2 / 断片: BumaA.01530.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia mallei (strain ATCC 23344) (鼻疽菌)
株: ATCC 23344 / 遺伝子: dapA, BMA1678 / プラスミド: BumaA.01563.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H2WFM6, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23.87 mg/mL BumaA.01563.a.B1.PW38480 + 5 mM AMPPNP + 5 mM magnesium chloride against Molecular Dimensions Morpheus screen, E3 (10% w/v PEG4000, 20% v/v glycerol, 30 mM diethyleneglycol, 30 mM ...詳細: 23.87 mg/mL BumaA.01563.a.B1.PW38480 + 5 mM AMPPNP + 5 mM magnesium chloride against Molecular Dimensions Morpheus screen, E3 (10% w/v PEG4000, 20% v/v glycerol, 30 mM diethyleneglycol, 30 mM triethyleneglycol, 30 mM tetraethyleneglycol, 30 mM pentaethyleneglycol, 100 mM MES/imidazole, pH 6.5), cryoprotecion: direct, tray 301751e3, puck egq4-8, for phasing, a crystal from an apo setup of the same protein from Rigaku Reagents JCSG+ screen C4 (10% PEG6000, 100 mM HEPES free acid/NaOH) was incubated for 10 seconds each in 12.5% 2.5 M sodium iodide in ethylene glycol and in 25% 2.5 M sodium iodide in ethylene glycol (625 mM final sodium iodide concentration) and directly vitrified, puck: OVZ1-3

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-3001CCD2018年8月8日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2018年9月12日RIGAKU VARIMAX
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1diamond (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.7→44.474 Å / Num. obs: 71091 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.081 % / Biso Wilson estimate: 25.072 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 19.01
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.746.1570.4823.9952030.9150.526100
1.74-1.796.1550.3785.0351080.9480.414100
1.79-1.846.1710.3135.9449140.9640.342100
1.84-1.96.1590.2726.8847890.9760.29899.7
1.9-1.965.8760.18910.3644220.9840.20894.2
1.96-2.036.1760.15611.3845060.9910.17100
2.03-2.116.170.12114.1343540.9930.133100
2.11-2.196.1690.10216.4542140.9940.111100
2.19-2.295.760.09118.0839760.9940.10198.8
2.29-2.46.1620.07520.6238780.9970.082100
2.4-2.536.1710.06623.4237000.9970.072100
2.53-2.696.1580.05925.7435060.9980.064100
2.69-2.876.1450.05128.7532800.9980.056100
2.87-3.16.1270.04432.830710.9980.04899.9
3.1-3.46.0990.03936.7928710.9980.04299.9
3.4-3.85.9790.03639.5225800.9980.039100
3.8-4.3960.03242.0922880.9990.03599.9
4.39-5.385.9450.03142.9519750.9990.034100
5.38-7.65.7910.0334115470.9990.03799.9
7.6-44.4745.2210.03242.879090.9990.03598.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→44.474 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 1957 2.76 %
Rwork0.1675 --
obs0.1683 70904 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.78 Å2 / Biso mean: 21.7755 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→44.474 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 0 0 805 5145
Biso mean---33.39 -
残基数----586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.956141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4572763
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.74250.24531440.185248865030100
1.7425-1.78970.18961370.180848825019100
1.7897-1.84230.23831420.177148905032100
1.8423-1.90180.22981400.190548755015100
1.9018-1.96980.31031290.29344462459191
1.9698-2.04860.21191510.166349165067100
2.0486-2.14190.2091570.161449075064100
2.1419-2.25480.30171340.254932506699
2.2548-2.3960.20591380.178849165054100
2.396-2.5810.18091270.161349785105100
2.581-2.84070.19621280.158749825110100
2.8407-3.25170.16371430.150949945137100
3.2517-4.09630.16091580.134750435201100
4.0963-44.48960.14991290.141952845413100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3568-0.11720.13140.8090.19332.6260.0333-0.40640.17040.11480.0031-0.1855-0.15970.4069-0.05180.1652-0.0419-0.04280.3122-0.07410.18325.85513.645569.3467
20.97260.12370.06730.88150.42531.536-0.0424-0.2692-0.09890.07490.032-0.16220.150.291-0.01790.11570.0328-0.02250.20630.02060.120222.5221-3.981662.4994
30.71140.3985-0.28891.098-0.2171.11480.0139-0.27060.06240.1202-0.0069-0.0262-0.07180.0295-0.00810.13740.003-0.01630.2245-0.03570.113110.08599.090171.0827
43.6998-0.12712.03084.7164-0.65821.7907-0.2281-0.64670.58440.31120.25520.1112-0.956-0.50060.00110.31960.08550.00970.2559-0.10550.25975.659925.717266.4487
51.895-0.11140.65680.771-0.53542.8958-0.01240.08640.0129-0.0725-0.0224-0.1146-0.00830.260.03630.06470.00070.01850.0921-0.00650.128729.014-3.346432.6207
61.0087-0.2139-0.28530.50970.1191.1610.0391-0.01030.14440.0161-0.0074-0.0823-0.18050.1125-0.02440.107-0.02590.00710.0660.00390.133919.4612.005239.5836
71.2348-0.45320.22380.7338-0.20681.0380.00490.1211-0.0819-0.0281-0.03630.00930.08710.00960.01150.0785-0.00890.01710.0733-0.00670.106112.6429-4.882831.032
82.10790.430.53654.3124-1.2511.482-0.3420.0404-0.3314-0.51450.08370.14850.7935-0.38230.04330.3765-0.09080.05080.0766-0.03050.249214.6106-21.973734.9502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 76 )A8 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 175 )A77 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 283 )A176 - 283
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 284 through 300 )A284 - 300
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 8 through 76 )B8 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 77 through 175 )B77 - 175
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 176 through 283 )B176 - 283
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 284 through 300 )B284 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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