PDB-6mqd: Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed with Rosmarinic Acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mqd

タイトル

Myotoxin II from Bothrops moojeni complexed with Rosmarinic Acid

要素

Basic phospholipase A2 homolog 2

キーワード

TOXIN / Rosmarinic Acid / Snake Venom

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / defense response to fungus / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops moojeni (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Salvador, G.H.M. / Fontes, M.R.M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Search for efficient inhibitors of myotoxic activity induced by ophidian phospholipase A2-like proteins using functional, structural and bioinformatics approaches.
著者: Salvador, G.H.M. / Cardoso, F.F. / Gomes, A.A. / Cavalcante, W.L.G. / Gallacci, M. / Fontes, M.R.M.

履歴

登録	2018年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mqd.cif.gz	120.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mqd.ent.gz	92.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mqfC 6b80S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pwh-d 1osl-d 4exl-4 3v80-d 6q42-d 6q56-3 4hg9-1 4zn3-d 1bwu-2 3dzw-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Basic phospholipase A2 homolog 2

B: Basic phospholipase A2 homolog 2

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.076, 65.839, 90.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 homolog 2 / svPLA2 homolog / M-VI / MjTX-II / Myotoxin II 分子量: 13912.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 組織: Venom gland / 参照: UniProt: Q9I834
#2: 化合物	ChemComp-ROA / (2R)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)-2-{[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy}propanoic acid / Rosmarinic acid / 3-(3,4-ジヒドロキシフェニル)プロペン酸(R)-1-カルボキシ-2-(3,4-ジヒドロキシフェニル)エチル分子量: 360.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₆O₈
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, Tris HCl, Lithium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.459 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 37066 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 359908

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.67	4.7	0.723	4479	0.735	0.374	0.818	0.987	98.3
1.67-1.76	6.5	0.558	4558	0.883	0.238	0.608	0.986	99.9
1.76-1.87	8	0.378	4597	0.95	0.143	0.405	1.071	99.9
1.87-2.02	9.1	0.245	4612	0.98	0.086	0.26	1.023	100
2.02-2.22	11.5	0.161	4606	0.993	0.049	0.168	0.984	100
2.22-2.54	12.5	0.129	4643	0.996	0.038	0.134	0.975	100
2.54-3.2	12.7	0.093	4676	0.998	0.027	0.097	1.026	100
3.2-50	12.3	0.068	4895	0.998	0.02	0.071	1.004	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.6 Å	23.55 Å
Translation	1.6 Å	23.55 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	1.8.4	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	1.12	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6B80

6b80

解像度: 1.6→23.554 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	1851	5 %
R_work	0.1571	-	-
obs	0.1589	37010	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.96 Å² / B_iso mean: 21.1806 Å² / B_iso min: 9.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→23.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1913	0	25	392	2330
B_iso mean	-	-	34.98	31.85	-
残基数	-	-	-	-	244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.574	2654
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	269
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	341
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.805	755

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5991-1.6423	0.2366	140	0.2055	2660	2800	99
1.6423-1.6906	0.2388	136	0.1988	2585	2721	98
1.6906-1.7452	0.2273	141	0.1692	2681	2822	100
1.7452-1.8075	0.2221	140	0.1634	2665	2805	100
1.8075-1.8799	0.1956	142	0.1563	2684	2826	100
1.8799-1.9654	0.2069	141	0.1635	2685	2826	100
1.9654-2.0689	0.2087	141	0.1563	2695	2836	100
2.0689-2.1985	0.1931	143	0.1425	2706	2849	100
2.1985-2.3681	0.1823	142	0.1515	2695	2837	100
2.3681-2.6061	0.18	142	0.151	2700	2842	100
2.6061-2.9826	0.1917	144	0.1617	2738	2882	100
2.9826-3.7553	0.1708	146	0.1464	2772	2918	100
3.7553-23.5562	0.1819	153	0.1581	2893	3046	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.665	-1.3119	3.1086	4.6618	-0.5291	8.7013	-0.0535	0.1441	0.1278	-0.0341	-0.0415	-0.1836	-0.2381	0.2997	0.1225	0.0927	-0.0133	0.0034	0.1007	0.0138	0.1451	10.4872	-9.6689	-17.7184
2	4.9752	-1.7121	-4.6377	7.1557	4.5492	6.1193	-0.0534	-0.0283	0.2742	0.0876	0.1539	-0.3607	-0.1469	0.3779	-0.0621	0.1075	-0.0235	0.0007	0.1282	-0.0061	0.1177	18.4284	-15.4575	-15.9422
3	2.9936	2.3013	-0.6269	5.3521	0.1894	3.2765	-0.056	0.0884	-0.1295	-0.2157	0.1287	0.0007	0.0457	-0.0145	-0.058	0.0919	0.0068	0.0056	0.0958	-0.0075	0.114	13.3275	-26.933	-21.688
4	7.6487	-2.4169	3.8184	3.2783	-0.2972	3.0846	0.0022	0.0362	-0.1198	-0.1388	-0.0204	0.2166	-0.086	-0.1492	-0.0283	0.1134	-0.0255	0.0141	0.0849	-0.0063	0.1074	5.2204	-23.5009	-21.2304
5	4.8294	0.2966	0.8997	6.0317	2.2958	7.6065	0.0578	0.3585	0.0414	-0.5282	0.0508	0.0047	0.0369	0.2189	-0.066	0.1808	0.0124	-0.0285	0.1179	0.0243	0.0913	2.7843	-10.0529	-28.7239
6	3.5255	-0.1254	-0.3001	4.738	-0.5094	3.1502	-0.0964	-0.7073	0.1988	0.3575	0.07	0.0088	-0.3107	-0.1803	0.0322	0.1602	0.0177	-0.0053	0.1529	-0.0335	0.1265	0.4071	-4.9765	-14.4059
7	4.3841	-3.8868	3.3915	5.1635	-3.6732	4.2397	-0.0425	-0.1349	-0.1576	0.1403	0.1228	0.2393	-0.1335	-0.1119	-0.0959	0.111	-0.0156	0.0076	0.0918	-0.0005	0.1242	4.0704	-16.0419	-15.7207
8	7.6931	-5.1802	-2.4244	6.8944	-0.3122	2.7889	0.0865	-0.4166	-0.3148	0.1548	-0.0547	-0.4483	0.2918	0.6824	0.0017	0.1257	0.0012	-0.0222	0.1937	0.0471	0.2032	20.5639	-26.0839	-13.3418
9	7.4944	2.4842	0.3485	2.5825	-0.3659	1.7026	-0.1507	0.0413	-0.2158	-0.1682	0.0067	-0.0085	0.0199	0.056	0.1365	0.17	-0.0029	0.03	0.1207	-0.0223	0.1606	15.1879	-30.2393	-24.5966
10	1.9496	-0.9013	-0.1185	3.9015	1.2965	2.6433	0.0327	-0.0484	-0.059	0.0697	-0.0028	0.0255	0.1334	-0.0144	-0.0353	0.0994	-0.0085	0.0013	0.1106	0.0221	0.0872	27.9996	-30.2418	-33.8678
11	9.3402	0.0596	2.1808	7.7836	-2.1149	4.409	-0.0811	0.2658	0.6762	-0.2356	-0.0067	0.1526	-0.2241	-0.06	0.1272	0.2136	0.0162	-0.0019	0.1596	0.0001	0.1453	25.0574	-15.0959	-37.4893
12	7.708	0.4916	3.9847	3.7589	1.2641	6.4051	-0.0623	0.1803	0.1273	-0.3182	-0.0043	0.2588	-0.2908	-0.1055	-0.0112	0.1589	0.0138	-0.0153	0.1019	0.0205	0.1076	24.3743	-22.4107	-42.0802
13	8.9166	-1.1241	-0.883	4.497	1.2691	3.7084	-0.0353	0.0191	-0.2683	0.0062	-0.0165	0.0852	0.1015	0.0092	0.0766	0.1733	-0.0217	-0.0193	0.142	-0.0337	0.1083	24.2747	-37.7153	-44.4083
14	6.5769	5.1484	4.5231	6.0409	4.1104	4.0507	-0.119	0.3445	-0.1011	-0.2175	0.111	0.0294	-0.0328	0.0843	0.0062	0.1408	0.0035	0.0041	0.1297	-0.0055	0.0944	25.9533	-33.9952	-46.5105
15	6.7868	-2.0672	-4.1873	2.1086	1.8974	5.3504	0.1013	-0.2983	0.1201	0.0441	-0.0144	-0.0906	-0.225	0.2341	-0.0653	0.1488	-0.0248	-0.0078	0.0989	-0.0022	0.1021	29.7094	-18.531	-29.2494
16	3.2879	2.9635	3.1972	5.3874	4.5695	4.4665	-0.4578	-0.0775	0.1347	-0.5759	0.0959	0.3263	-0.4574	-0.003	0.4124	0.4007	0.0754	-0.0589	0.1989	0.029	0.2148	19.2212	-12.8891	-41.7653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )	A	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 22 )	A	15 - 22
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 23 through 39 )	A	23 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 40 through 57 )	A	40 - 57
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 58 through 74 )	A	58 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 75 through 88 )	A	75 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 89 through 112 )	A	89 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 113 through 117 )	A	113 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 118 through 133 )	A	118 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 32 )	B	1 - 32
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 33 through 39 )	B	33 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 40 through 53 )	B	40 - 53
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 57 through 83 )	B	57 - 83
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 84 through 108 )	B	84 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 109 through 126 )	B	109 - 126
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 127 through 133 )	B	127 - 133

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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