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- PDB-6mq8: Binary structure of DNA polymerase eta in complex with templating... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mq8
タイトルBinary structure of DNA polymerase eta in complex with templating hypoxanthine
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*IP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
  • DNA polymerase eta
キーワードTRANSFERASE/DNA / dna polymerase beta / protein-DNA complex / hypoxanthine / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain ...Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KX / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.969 Å
データ登録者Hawkins, M.A. / Jung, H. / Lee, S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the bypass of the major deaminated purines by translesion synthesis DNA polymerase.
著者: Jung, H. / Hawkins, M. / Lee, S.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
T: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*IP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8468
ポリマ－55,2853
非ポリマー5615
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.539, 98.539, 81.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / RAD30 homolog A / Xeroderma pigmentosum variant type protein


分子量: 49211.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLH, RAD30, RAD30A, XPV / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y253, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*IP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3647.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3')


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 370分子

#4: 化合物 ChemComp-0KX / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine


分子量: 466.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17N4O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100mM MES 5.5, 10% PEG 2K MME, 5mM MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 31977 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 25.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.092 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 162166
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.97-25.10.53415800.7810.2570.5961.126100
2-2.045.10.48715760.8470.2330.5421.13199.9
2.04-2.0850.40515930.870.1970.4521.09999.8
2.08-2.124.80.34615750.8970.1710.3881.11499.9
2.12-2.174.90.32116160.9090.1580.361.15399.9
2.17-2.224.90.27415660.9330.1350.3071.17999.9
2.22-2.275.20.25316030.9470.1210.2811.15100
2.27-2.345.20.2116070.9620.0990.2331.1199.9
2.34-2.45.20.1915970.9680.0910.2111.13999.9
2.4-2.485.10.18215780.9690.0880.2031.16100
2.48-2.574.80.16415840.9760.0820.1841.149100
2.57-2.6750.14516130.9790.070.1621.229100
2.67-2.85.10.11415880.9880.0550.1271.151100
2.8-2.945.30.10615960.9890.050.1181.17899.9
2.94-3.135.20.08616070.9920.0410.0951.13100
3.13-3.374.90.06415980.9950.0320.0721.1100
3.37-3.715.10.05316080.9970.0260.0591.043100
3.71-4.245.30.04416120.9970.0210.0490.887100
4.24-5.354.90.04116280.9970.020.0460.77399.9
5.35-505.10.04316520.9980.020.0480.8699.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.05 Å49.27 Å
Translation6.05 Å49.27 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.969→49.27 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 2002 6.27 %
Rwork0.1709 29940 -
obs0.1732 31942 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.44 Å2 / Biso mean: 34.483 Å2 / Biso min: 13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.969→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 388 45 365 4134
Biso mean--22.78 34.11 -
残基数----446
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9686-2.01780.28361420.220520942236
2.0178-2.07240.26291390.200421412280
2.0724-2.13340.23061460.194521462292
2.1334-2.20220.23261340.181621112245
2.2022-2.2810.22851450.179621282273
2.281-2.37230.21071440.17521352279
2.3723-2.48020.20371440.175221322276
2.4802-2.6110.2221420.183221452287
2.611-2.77460.21811430.174721362279
2.7746-2.98880.23131450.180821412286
2.9888-3.28950.18511440.173321472291
3.2895-3.76530.19071440.154221382282
3.7653-4.74330.17221440.142821632307
4.7433-49.28490.20891460.176321832329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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