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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mpr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a malonate decarboxylase, alpha subunit from Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | Malonate decarboxylase subunit alpha | ||||||
キーワード | LYASE / structural genomics / NIAID / rod-shaped / coccobacillus / Gram-negative bacterium / malonic acid / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | Acetyl-S-ACP:malonate ACP transferase / Malonate decarboxylase, alpha subunit, transporter / NagB/RpiA transferase-like / transferase activity / Malonate decarboxylase subunit alpha 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a malonate decarboxylase, alpha subunit from Acinetobacter baumannii 著者: Edwards, T.E. / Mayclin, S.J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mpr.cif.gz | 459.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mpr.ent.gz | 373.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mpr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/6mpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/6mpr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5vitS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62892.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア) 株: ATCC 17978 / NCDC KC 755 / 遺伝子: ABO11849 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E3M5S3, EC: 4.1.1.89 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20.09 mg/mL AcbaB.17485.a.PW38403 against JCSG+ screen condition A12 (0.2 M potassium nitrate, 20% PEG3350), crystal tracking ID 299425a12, unique puck ID aas7-10 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→45.399 Å / Num. obs: 119022 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.577 % / Biso Wilson estimate: 26.808 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 15.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5VIT 解像度: 1.7→45.399 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.3
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.11 Å2 / Biso mean: 21.8082 Å2 / Biso min: 6.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→45.399 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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