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- PDB-6mpq: 1.95 Ang crystal structure of OXA-24/40 beta-lactamase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mpq
タイトル1.95 Ang crystal structure of OXA-24/40 beta-lactamase in complex the inhibitor ETX2514
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / beta-lactamase / inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JXG / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者van den Akker, F. / Kumar, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
米国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2019
タイトル: Targeting Multidrug-ResistantAcinetobacterspp.: Sulbactam and the Diazabicyclooctenone beta-Lactamase Inhibitor ETX2514 as a Novel Therapeutic Agent.
著者: Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bethel, C.R. / Moussa, S.H. / O'Donnell, J. / Rutter, J.D. / Good, C.E. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Marshall, S.H. / Kreiswirth, B.N. / Richter, S.S. / Rather, P. ...著者: Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bethel, C.R. / Moussa, S.H. / O'Donnell, J. / Rutter, J.D. / Good, C.E. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Marshall, S.H. / Kreiswirth, B.N. / Richter, S.S. / Rather, P.N. / Jacobs, M.R. / Papp-Wallace, K.M. / van den Akker, F. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2018年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0493
ポリマ－27,7341
非ポリマー3152
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.562, 102.562, 87.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-570-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Beta-lactamase OXA-33 / Betalactamase OXA24 / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase OXA-40 / ...Beta-lactamase OXA-33 / Betalactamase OXA24 / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase OXA-40 / Carbapenem-hydrolyzing oxacillinase / Carbapenem-hydrolyzing oxacillinase OXA-40 / Carbapenemase OXA-24 / Class D beta-lactamase OXA-40 / OXA24 B-lactamase / Oxa40


分子量: 27733.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-33, bla-OXA-40, blaOXA-24, blaOXA-40, oxa-24, oxa40
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RLA6
#2: 化合物 ChemComp-JXG / (2S,5R)-1-formyl-3-methyl-5-[(sulfooxy)amino]-1,2,5,6-tetrahydropyridine-2-carboxamide / ETX2514 bound form


分子量: 279.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: of 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5, 10% (v/v) isopropanol and 20% (w/v) PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→72.52 Å / Num. obs: 34248 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Num. unique obs: 2350 / CC1/2: 0.767 / Rpim(I) all: 0.337 / Rrim(I) all: 0.863 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3mbz

3mbz


解像度: 1.95→37.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.079 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.108
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2097 1735 5.1 %RANDOM
Rwork0.1865 ---
obs0.1877 32479 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.79 Å2 / Biso mean: 32.085 Å2 / Biso min: 17.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.25 Å20 Å20 Å2
2---2.25 Å20 Å2
3---4.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1950 0 19 174 2143
Biso mean--37.5 38.97 -
残基数----245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.9652765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1773.0014619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2755254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.35325.55690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27115380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.581157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02460
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 121 -
Rwork0.316 2346 -
all-2467 -
obs--99.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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