PDB-6mpd: Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with 4-hydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mpd

タイトル

Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with 4-hydroxypyridine and aminoacrylate from 3-F-L-tyrosine

要素

(Tyrosine phenol- ...) x 2

キーワード

LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / aminotransferase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter freundii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Pressure and Temperature Effects on the Formation of Aminoacrylate Intermediates of Tyrosine Phenol-lyase Demonstrate Reaction Dynamics
著者: Phillips, R.S. / Craig, S. / Kovalevsky, A. / Gerlits, O. / Weiss, K. / Iorgu, A.I. / Heyes, D.J. / Hay, S.

履歴

登録	2018年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mpd.cif.gz	430.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mpd.ent.gz	353 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mpd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mpd_validation.pdf.gz	979.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mpd_full_validation.pdf.gz	996.7 KB	表示
XML形式データ	6mpd_validation.xml.gz	42.7 KB	表示
CIF形式データ	6mpd_validation.cif.gz	63.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/6mpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/6mpd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6mlsC 6mmeC 6mo3C 6mqqC 6nv8C 2vlfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mo3-1 2vlf-1 6mls-1 6mme-1 2ycn-1 6dvx-1 6dxv-1 2tpl-1 2yct-1 6nv8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.500, 133.130, 143.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
Tyrosine phenol- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tyrosine phenol-lyase / Beta-tyrosinase 分子量: 51508.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア) 遺伝子: tpl / プラスミド: pLATE11-TPL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase
#2: タンパク質	Tyrosine phenol-lyase / Beta-tyrosinase 分子量: 51736.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Citrobacter freundii (バクテリア) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

-
非ポリマー , 6種, 632分子

#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CQG / pyridin-4-ol / 4(1H)-ピリドン分子量: 95.099 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅NO
#5: 化合物	ChemComp-0JO / 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid / 2-[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチレンアミノ]プロペン酸分子量: 316.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃N₂O₇P
#6: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-YOF / 3-FLUOROTYROSINE / 3-フルオロチロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 199.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀FNO₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.05 M triethanolamine-HCl, pH 8.0, 0.2 M KCl, 0.5 mM PLP, 1 mM DTT

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→38.832 Å / Num. obs: 108010 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.1 % / B_iso Wilson estimate: 38 Å² / R_merge(I) obs: 0.2183 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 23 % / R_merge(I) obs: 4.783 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VLF

2vlf

解像度: 1.79→38.83 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.84

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	1985	1.84 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.176	108004	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→38.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7222	0	80	624	7926

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.8348	0.3476	147	0.3189	7449	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8348-1.8844	0.3223	125	0.2972	7483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8844-1.9399	0.3327	150	0.2917	7528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9399-2.0025	0.2989	141	0.2654	7486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0025-2.074	0.28	144	0.2554	7478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.074-2.1571	0.269	134	0.2385	7500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1571-2.2552	0.2718	147	0.2403	7545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2552-2.3741	0.2441	138	0.2082	7536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3741-2.5228	0.2376	136	0.1977	7554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5228-2.7176	0.2209	141	0.1738	7558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7176-2.991	0.1763	149	0.1629	7590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.991-3.4235	0.1802	142	0.1546	7627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4235-4.3124	0.1752	142	0.1349	7693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3124-38.8409	0.2041	149	0.1602	7992	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6102	-0.6744	0.6464	1.4226	-0.8573	1.3612	-0.0256	0.0826	-0.051	-0.0588	0.1644	0.4199	-0.1222	-0.6855	0.0001	0.342	0.0484	-0.0071	0.6003	0.0547	0.4621	8.9656	13.7123	-17.4433
2	0.6728	-0.0548	0.1226	0.4793	-0.331	0.5808	-0.073	-0.0308	0.0854	0.0051	0.0337	-0.2009	-0.1459	0.2435	-0	0.3329	-0.0111	0.0164	0.3444	-0.0068	0.3833	34.3969	11.0582	2.2994
3	1.1114	0.3161	-0.8386	0.7643	-0.247	1.6491	0.1759	0.1869	0.2581	0.0236	0.0043	0.132	-0.572	-0.0813	-0	0.5801	-0.0096	0.0847	0.3267	0.0459	0.4807	29.9302	35.0282	-11.1866
4	1.5879	-0.6395	-0.4251	1.3458	0.0363	2.224	0.1401	0.1701	0.2846	-0.0398	-0.0109	-0.1993	-0.4985	0.164	0.0001	0.4473	-0.0931	0.0549	0.3839	0.0975	0.4278	38.2559	34.1146	-16.0666
5	1.7555	-0.172	-0.3094	1.1515	-0.7986	1.2886	0.0524	0.1462	0.2035	0.004	-0.0417	-0.2224	-0.3272	0.3004	0.0001	0.3506	-0.0565	0.0199	0.3803	0.0232	0.4013	37.6386	24.4426	-6.497
6	1.4651	0.4797	0.0296	0.5761	-0.2547	4.4809	-0.0089	0.308	0.4668	-0.1081	0.1295	0.1569	-0.8077	-0.687	0.0608	0.4781	0.1086	0.02	0.4075	0.1359	0.4553	18.3441	24.0036	-21.2888
7	0.7197	-0.4086	-0.3295	0.2455	-0.0257	0.9619	0.0164	0.3004	0.4261	-0.0185	-0.0294	0.2971	-0.47	-0.6408	-0.0002	0.5856	0.1317	-0.0299	0.6096	0.088	0.5776	6.0127	27.2431	-22.3369
8	1.5944	0.9821	1.0118	1.2947	0.6056	0.6863	0.0263	-0.0908	-0.1171	0.1332	0.0978	-0.2611	0.0105	0.2191	0.0001	0.3356	-0.0148	-0.0071	0.4308	-0.0358	0.3545	32.336	6.5428	20.062
9	1.1704	0.7169	0.4153	0.8162	0.1004	1.136	-0.07	0.0757	0.3063	-0.0063	0.0173	-0.0101	-0.1865	-0.4261	0.0001	0.3216	0.0481	-0.0077	0.4355	-0.0005	0.4201	9.7268	11.1721	0.608
10	0.8365	0.4389	-0.404	1.7587	0.4539	1.7291	0.1086	-0.1953	0.2295	0.0363	-0.0343	0.0694	-0.5044	-0.1197	0.0001	0.4459	0.0932	0.028	0.4296	-0.1008	0.4882	13.7165	31.0524	19.5768
11	1.4708	0.4792	0.1598	0.904	-0.4613	2.0762	0.0935	-0.1243	0.3344	0.0732	-0.1328	0.2667	-0.4245	-0.3719	-0	0.4689	0.1045	0.0778	0.5265	-0.1427	0.5413	5.7345	28.9324	24.1017
12	1.0896	-0.2927	-0.0678	1.6479	0.6543	1.6276	0.0666	-0.1197	0.207	-0.1193	-0.1499	0.2733	-0.297	-0.4245	0	0.3669	0.0866	-0.0141	0.4514	-0.0661	0.4569	8.4522	19.6542	9.9425
13	1.2173	-0.3616	-0.1694	0.0846	0.1158	1.056	0.0592	-0.5207	0.2527	0.2608	-0.1395	0.0789	-0.0956	-0.154	0.0002	0.3814	-0.029	0.0157	0.4114	-0.0628	0.3186	23.6492	14.2542	33.5846
14	1.8584	0.3278	0.3286	0.5581	0.9875	2.352	0.0373	-0.253	0.4546	-0.0698	-0.0214	0.0012	-0.4295	0.153	-0.0005	0.3805	-0.0183	0.0002	0.3231	-0.0667	0.396	31.7101	20.8732	26.7492
15	1.3382	0.7607	0.5633	1.4703	0.4896	0.9174	-0.0397	-0.174	0.0893	0.0831	0.0494	-0.5265	-0.0749	0.4613	-0.0001	0.3929	-0.0307	-0.0164	0.4949	-0.0793	0.4228	38.1423	16.9843	29.443

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 2 THROUGH 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 58 THROUGH 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 89 THROUGH 159 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 160 THROUGH 228 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 229 THROUGH 285 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 286 THROUGH 413 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 414 THROUGH 456 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 57 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 58 THROUGH 88 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 89 THROUGH 159 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 160 THROUGH 228 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 229 THROUGH 311 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 312 THROUGH 361 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 362 THROUGH 413 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 414 THROUGH 456 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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