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Yorodumi- PDB-6mpd: Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with 4-hydro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mpd | ||||||
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Title | Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with 4-hydroxypyridine and aminoacrylate from 3-F-L-tyrosine | ||||||
Components | (Tyrosine phenol- ...) x 2 | ||||||
Keywords | LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / aminotransferase fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Citrobacter freundii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.79 Å | ||||||
Authors | Phillips, R.S. | ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2020 Title: Pressure and Temperature Effects on the Formation of Aminoacrylate Intermediates of Tyrosine Phenol-lyase Demonstrate Reaction Dynamics Authors: Phillips, R.S. / Craig, S. / Kovalevsky, A. / Gerlits, O. / Weiss, K. / Iorgu, A.I. / Heyes, D.J. / Hay, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mpd.cif.gz | 430.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mpd.ent.gz | 353 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mpd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mpd_validation.pdf.gz | 979.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6mpd_full_validation.pdf.gz | 996.7 KB | Display | |
Data in XML | 6mpd_validation.xml.gz | 42.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6mpd_validation.cif.gz | 63.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/6mpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/6mpd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6mlsC 6mmeC 6mo3C 6mqqC 6nv8C 2vlfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Tyrosine phenol- ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 51508.754 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Citrobacter freundii (bacteria) / Gene: tpl / Plasmid: pLATE11-TPL / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase |
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#2: Protein | Mass: 51736.871 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Citrobacter freundii (bacteria) / References: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase |
-Non-polymers , 6 types, 632 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-0JO / | #6: Chemical | ChemComp-P33 / | #7: Chemical | ChemComp-YOF / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.05 M triethanolamine-HCl, pH 8.0, 0.2 M KCl, 0.5 mM PLP, 1 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.79→38.832 Å / Num. obs: 108010 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 23.1 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2183 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.79→1.85 Å / Redundancy: 23 % / Rmerge(I) obs: 4.783 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2VLF Resolution: 1.79→38.83 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.84
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.79→38.83 Å
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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