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- PDB-6mp4: Human liver FABP1 bound to tetrahydrocannabinol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mp4
タイトルHuman liver FABP1 bound to tetrahydrocannabinol
要素Fatty acid-binding protein, liver
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Fatty Acid Binding Protein Cannabinoid
機能・相同性
機能・相同性情報


response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / Triglyceride catabolism ...response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / phospholipid binding / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to hypoxia / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Chem-TCI / Fatty acid-binding protein, liver
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者McGoldrick, L.L. / Giuliano, C.J. / Elmes, M.W. / Deutsch, D.G. / Kaczocha, M. / Glynn, S.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)F31DA042545 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA035949 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA035923 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: FABP1 controls hepatic transport and biotransformation of Delta 9 -THC.
著者: Elmes, M.W. / Prentis, L.E. / McGoldrick, L.L. / Giuliano, C.J. / Sweeney, J.M. / Joseph, O.M. / Che, J. / Carbonetti, G.S. / Studholme, K. / Deutsch, D.G. / Rizzo, R.C. / Glynn, S.E. / Kaczocha, M.
履歴
登録2018年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, liver
B: Fatty acid-binding protein, liver
C: Fatty acid-binding protein, liver
D: Fatty acid-binding protein, liver
E: Fatty acid-binding protein, liver
F: Fatty acid-binding protein, liver
G: Fatty acid-binding protein, liver
H: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,53014
ポリマ－134,2818
非ポリマー1,2506
水5,477304
1
A: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子

F: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0895
ポリマ－33,5702
非ポリマー5193
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, liver
E: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8853
ポリマ－33,5702
非ポリマー3141
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
3
C: Fatty acid-binding protein, liver

G: Fatty acid-binding protein, liver


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5702
ポリマ－33,5702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-x,y-1/2,-z-1/21
Buried area2200 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
4
D: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子

H: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9874
ポリマ－33,5702
非ポリマー4172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.185, 79.291, 234.621
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -8 through 43 or resid 45...
21(chain B and (resid -8 through 43 or resid 45...
31(chain C and (resid -8 through 43 or resid 45...
41(chain D and (resid -8 through 43 or resid 45...
51(chain E and (resid -8 through 43 or resid 45...
61(chain F and (resid -8 through 43 or resid 45...
71(chain G and (resid -8 through 43 or resid 45...
81(chain H and (resid -8 through 43 or resid 45...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLNGLN(chain A and (resid -8 through 43 or resid 45...AA-8 - 4314 - 65
12GLYGLYLYSLYS(chain A and (resid -8 through 43 or resid 45...AA45 - 4667 - 68
13PHEPHELYSLYS(chain A and (resid -8 through 43 or resid 45...AA48 - 4970 - 71
14THRTHRGLUGLU(chain A and (resid -8 through 43 or resid 45...AA51 - 6873 - 90
15GLUGLUILEILE(chain A and (resid -8 through 43 or resid 45...AA70 - 12792 - 149
21GLYGLYGLNGLN(chain B and (resid -8 through 43 or resid 45...BB-8 - 4314 - 65
22GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid -8 through 43 or resid 45...BB45 - 4667 - 68
23PHEPHELYSLYS(chain B and (resid -8 through 43 or resid 45...BB48 - 4970 - 71
24THRTHRGLUGLU(chain B and (resid -8 through 43 or resid 45...BB51 - 6873 - 90
25GLUGLUILEILE(chain B and (resid -8 through 43 or resid 45...BB70 - 12792 - 149
31GLYGLYGLNGLN(chain C and (resid -8 through 43 or resid 45...CC-8 - 4314 - 65
32GLYGLYLYSLYS(chain C and (resid -8 through 43 or resid 45...CC45 - 4667 - 68
33PHEPHELYSLYS(chain C and (resid -8 through 43 or resid 45...CC48 - 4970 - 71
34THRTHRGLUGLU(chain C and (resid -8 through 43 or resid 45...CC51 - 6873 - 90
35GLUGLUILEILE(chain C and (resid -8 through 43 or resid 45...CC70 - 12792 - 149
41GLYGLYGLNGLN(chain D and (resid -8 through 43 or resid 45...DD-8 - 4314 - 65
42GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid -8 through 43 or resid 45...DD45 - 4667 - 68
43PHEPHELYSLYS(chain D and (resid -8 through 43 or resid 45...DD48 - 4970 - 71
44THRTHRGLUGLU(chain D and (resid -8 through 43 or resid 45...DD51 - 6873 - 90
45GLUGLUILEILE(chain D and (resid -8 through 43 or resid 45...DD70 - 12792 - 149
51GLYGLYGLNGLN(chain E and (resid -8 through 43 or resid 45...EE-8 - 4314 - 65
52GLYGLYLYSLYS(chain E and (resid -8 through 43 or resid 45...EE45 - 4667 - 68
53PHEPHELYSLYS(chain E and (resid -8 through 43 or resid 45...EE48 - 4970 - 71
54THRTHRGLUGLU(chain E and (resid -8 through 43 or resid 45...EE51 - 6873 - 90
55GLUGLUILEILE(chain E and (resid -8 through 43 or resid 45...EE70 - 12792 - 149
61GLYGLYGLNGLN(chain F and (resid -8 through 43 or resid 45...FF-8 - 4314 - 65
62GLYGLYLYSLYS(chain F and (resid -8 through 43 or resid 45...FF45 - 4667 - 68
63PHEPHELYSLYS(chain F and (resid -8 through 43 or resid 45...FF48 - 4970 - 71
64THRTHRGLUGLU(chain F and (resid -8 through 43 or resid 45...FF51 - 6873 - 90
65GLUGLUILEILE(chain F and (resid -8 through 43 or resid 45...FF70 - 12792 - 149
71GLYGLYGLNGLN(chain G and (resid -8 through 43 or resid 45...GG-8 - 4314 - 65
72GLYGLYLYSLYS(chain G and (resid -8 through 43 or resid 45...GG45 - 4667 - 68
73PHEPHELYSLYS(chain G and (resid -8 through 43 or resid 45...GG48 - 4970 - 71
74THRTHRGLUGLU(chain G and (resid -8 through 43 or resid 45...GG51 - 6873 - 90
75GLUGLUILEILE(chain G and (resid -8 through 43 or resid 45...GG70 - 12792 - 149
81GLYGLYGLNGLN(chain H and (resid -8 through 43 or resid 45...HH-8 - 4314 - 65
82GLYGLYLYSLYS(chain H and (resid -8 through 43 or resid 45...HH45 - 4667 - 68
83PHEPHELYSLYS(chain H and (resid -8 through 43 or resid 45...HH48 - 4970 - 71
84THRTHRGLUGLU(chain H and (resid -8 through 43 or resid 45...HH51 - 6873 - 90
85GLUGLUILEILE(chain H and (resid -8 through 43 or resid 45...HH70 - 12792 - 149

-
要素

#1: タンパク質
Fatty acid-binding protein, liver / Fatty acid-binding protein 1 / Liver-type fatty acid-binding protein / L-FABP


分子量: 16785.117 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP1, FABPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07148
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物 ChemComp-TCI / (6aR,10aR)-6,6,9-trimethyl-3-pentyl-6a,7,8,10a-tetrahydro-6H-benzo[c]chromen-1-ol / Tetrahydrocannabinol / Δ9-テトラヒドロカンナビノ-ル


分子量: 314.462 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 1.4 M sodium malonate 0.1 M Bis Tris HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1808 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 2.5→40.515 Å / Num. obs: 51960 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2STM

2stm


解像度: 2.502→40.515 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 100.63 / 位相誤差: 25.77 / 詳細: Refined with twin law k,h,-l
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 2649 5.11 %
Rwork0.2058 --
obs0.2095 51884 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.94 Å2 / Biso mean: 66.2108 Å2 / Biso min: 16.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.502→40.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8562 0 90 304 8956
Biso mean--70.06 45.9 -
残基数----1089
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5178X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
12B5178X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
13C5178X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
14D5178X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
15E5178X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
16F5178X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
17G5178X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
18H5178X-RAY DIFFRACTION5.272TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5038-2.54940.2991400.28992589272995
2.5494-2.59840.30141450.30552499264495
2.5984-2.65140.28681330.29622554268795
2.6514-2.7090.2651170.30992552266996
2.709-2.7720.32081300.28912568269895
2.772-2.84120.3151230.28982565268895
2.8412-2.9180.30911370.2892572270995
2.918-3.00380.32431390.28022552269195
3.0038-3.10070.24371370.26712564270195
3.1007-3.21140.28841510.24632579273094
3.2114-3.33980.23221340.22972558269295
3.3398-3.49160.24311450.22522557270295
3.4916-3.67540.22311490.20872575272495
3.6754-3.90530.24591360.20252570270695
3.9053-4.20610.20191590.1822605276494
4.2061-4.62820.16221280.15532619274795
4.6282-5.29490.18391500.14412633278395
5.2949-6.660.1851320.17992663279595
6.66-30.87470.21721630.19172772293594
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.3851 Å / Origin y: -23.8551 Å / Origin z: -28.0574 Å
111213212223313233
T0.8414 Å20.0592 Å2-0.0315 Å2-0.7205 Å2-0.0048 Å2--0.2446 Å2
L0.0315 °20.0386 °2-0.0315 °2-0.2899 °2-0.0899 °2--0.4464 °2
S-0.0621 Å °-0.0667 Å °0.0324 Å °0.0371 Å °-0.0311 Å °-0.0149 Å °-0.1829 Å °0.0063 Å °0.0949 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain a or chain b or chain c or chain d or chain e or chain f or chain g or chain h or chain j or chain k

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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