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- PDB-6mo4: Co-Crystal structure of P. aeruginosa LpxC-50067 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mo4
タイトルCo-Crystal structure of P. aeruginosa LpxC-50067 complex
要素UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Hydrolase LpxC Pseudomonas aeruginosa / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JWM / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.844 Å
データ登録者Stein, A.J. / Assar, Z. / Holt, M.C. / Cohen, F. / Andrews, L. / Cirz, R.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2019
タイトル: Optimization of LpxC Inhibitors for Antibacterial Activity and Cardiovascular Safety.
著者: Cohen, F. / Aggen, J.B. / Andrews, L.D. / Assar, Z. / Boggs, J. / Choi, T. / Dozzo, P. / Easterday, A.N. / Haglund, C.M. / Hildebrandt, D.J. / Holt, M.C. / Joly, K. / Jubb, A. / Kamal, Z. / ...著者: Cohen, F. / Aggen, J.B. / Andrews, L.D. / Assar, Z. / Boggs, J. / Choi, T. / Dozzo, P. / Easterday, A.N. / Haglund, C.M. / Hildebrandt, D.J. / Holt, M.C. / Joly, K. / Jubb, A. / Kamal, Z. / Kane, T.R. / Konradi, A.W. / Krause, K.M. / Linsell, M.S. / Machajewski, T.D. / Miroshnikova, O. / Moser, H.E. / Nieto, V. / Phan, T. / Plato, C. / Serio, A.W. / Seroogy, J. / Shakhmin, A. / Stein, A.J. / Sun, A.D. / Sviridov, S. / Wang, Z. / Wlasichuk, K. / Yang, W. / Zhou, X. / Zhu, H. / Cirz, R.T.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0493
ポリマ－33,6181
非ポリマー4312
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.125, 66.717, 63.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 33618.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lpxC, envA, PA4406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P47205, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-JWM / N-[(2R)-1-(hydroxyamino)-3-methyl-3-(methylsulfonyl)-1-oxobutan-2-yl]-4-(6-hydroxyhexa-1,3-diyn-1-yl)benzamide


分子量: 406.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N2O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM MgCl2, 20% PEG 3350 and 0.1 M HEPES pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→33.36 Å / Num. obs: 1746 / % possible obs: 95.84 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 9.17
反射 シェル解像度: 1.844→1.89 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER(1.12_2829: ???)位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC精密化
精密化解像度: 1.844→33.358 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 1327 5.09 %
Rwork0.177 --
obs0.1795 26074 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.844→33.358 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 29 157 2513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9083333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0572021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006430
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.844-1.91761502666X-RAY DIFFRACTION97
1.9176-2.00481512740X-RAY DIFFRACTION100
2.0048-2.11050.24811420.18032751X-RAY DIFFRACTION100
2.1105-2.24271342754X-RAY DIFFRACTION100
2.2427-2.41581412751X-RAY DIFFRACTION100
2.4158-2.65891492750X-RAY DIFFRACTION100
2.6589-3.04341492761X-RAY DIFFRACTION100
3.0434-3.83350.20421550.16672756X-RAY DIFFRACTION100
3.8335-100.18341560.15032818X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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