PDB-6mnv: Crystal structure of X. citri phosphoglucomutase in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mnv

タイトル

Crystal structure of X. citri phosphoglucomutase in complex with CH2FG1P

要素

Phosphomannomutase/phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / enzyme / carbohydrate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Beamer, L. / Stiers, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2019
タイトル: Inhibitory Evaluation of alpha PMM/PGM fromPseudomonas aeruginosa: Chemical Synthesis, Enzyme Kinetics, and Protein Crystallographic Study.
著者: Zhu, J.S. / Stiers, K.M. / Soleimani, E. / Groves, B.R. / Beamer, L.J. / Jakeman, D.L.

履歴

登録	2018年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mnv.cif.gz	233.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mnv.ent.gz	153.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mnv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mnv_validation.pdf.gz	859.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mnv_full_validation.pdf.gz	862.3 KB	表示
XML形式データ	6mnv_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	6mnv_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mnv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mlfC 6mlhC 6mlwC 5bmnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nns-d 6n1e-d 6np8-d 6npx-d 6ysa-5 5bmn-d 6nnp-d 4hjh-1 6nqh-d 6mlf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphomannomutase/phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.650, 54.460, 171.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Phosphomannomutase/phosphoglucomutase 分子量: 51137.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 遺伝子: xavtCFBP7764_14885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2K2R2Z1, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 糖	ChemComp-JVS / 1-deoxy-1-fluoro-2-O-phosphono-alpha-D-gluco-hept-2-ulopyranose / 1-deoxy-1-fluoro-2-O-phosphono-alpha-D-gluco-hept-2-ulose / 1-deoxy-1-fluoro-2-O-phosphono-D-gluco-hept-2-ulose / 1-deoxy-1-fluoro-2-O-phosphono-gluco-hept-2-ulose タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄FO₉P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.86 % / 解説: long hollow tubes
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8K 22%, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→43.65 Å / Num. obs: 50208 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.81 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.041 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 1.683 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2438 / CC_1/2: 0.484 / R_pim(I) all: 0.573 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5bmn

5bmn

解像度: 1.65→42.3 Å / SU ML: 0.2281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 21.7257

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2043	4607	4.88 %
R_work	0.1728	-	-
obs	0.1744	50079	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3428	0	29	469	3926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	3622
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8635	4933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0523	544
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.2919	2933

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.359	157	0.3263	2884	X-RAY DIFFRACTION	97
1.67-1.69	0.4252	153	0.323	2965	X-RAY DIFFRACTION	98.33
1.69-1.71	0.3308	157	0.3062	2954	X-RAY DIFFRACTION	98.67
1.71-1.73	0.3018	178	0.2816	2933	X-RAY DIFFRACTION	98.92
1.73-1.75	0.307	152	0.265	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.75-1.78	0.2108	131	0.2552	2993	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.78-1.8	0.2961	115	0.2551	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.8-1.83	0.3001	139	0.2432	3014	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.83-1.86	0.2651	173	0.2348	2933	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.86-1.89	0.3047	145	0.2354	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.89-1.92	0.261	166	0.2248	2957	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.92-1.96	0.2654	172	0.216	2992	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.96-1.99	0.2335	142	0.2138	3036	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.99-2.03	0.2387	136	0.2046	2983	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.03-2.08	0.2455	183	0.214	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.08-2.13	0.246	166	0.19	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2124	172	0.1796	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.24	0.249	139	0.1764	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.31	0.2298	149	0.1802	3045	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.31-2.38	0.2681	143	0.1737	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.46	0.2368	134	0.1694	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.56	0.1737	136	0.1664	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.68	0.2279	130	0.1646	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.68-2.82	0.2224	155	0.1702	2990	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.82-3	0.1887	146	0.1684	3025	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3-3.23	0.1814	152	0.1589	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.55	0.1751	190	0.1482	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.55-4.07	0.1567	172	0.1333	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-5.12	0.1443	156	0.1187	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-42.31	0.1546	168	0.1488	2994	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.00988607253	-0.755518720337	-1.09671244393	1.28087805468	1.29244734421	2.51555274334	-0.0696927227419	-0.0235658444099	-0.0476573707046	-0.0297412021199	0.0977412758342	-0.0509533517077	0.158721163424	0.224467809483	-0.00860899046728	0.198598495358	0.0157894882595	0.00840573928421	0.205454333573	-0.0213654230913	0.167042818846	41.046585965	40.40555927	21.4976839243
2	0.273880733687	-0.190581992634	-0.0253642132886	0.648018580687	-0.335357411897	0.821205267346	-0.0193800141734	0.0332157100376	-0.0116891772001	-0.0150783952542	-0.00171173481265	-0.0132989176192	0.00425617242846	0.00332304874253	0.00914075126851	0.139708291807	-0.00706353467289	0.0261941111907	0.161651640924	-0.0202016967536	0.136712193321	26.4989877954	56.393905937	27.8996106548
3	2.46226977745	0.339895985469	-0.219614295362	1.59538116747	0.116474309037	2.79238964187	-0.00856140501238	0.27385332521	-0.161090443527	-0.147516151903	-0.00219961245091	-0.0766797093249	-0.0257778250013	-0.0560940471279	-0.00829277023611	0.185362983477	0.00209821697939	0.0131882814435	0.195698340384	-0.0223320371222	0.167792723673	14.6955698058	64.1880446643	11.1737542582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 181 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 182 through 386 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 387 through 448 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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