PDB-6mnj: Hadza microbial sialidase Hz136

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mnj

タイトル

Hadza microbial sialidase Hz136

要素

Hz136

キーワード

HYDROLASE / Sialidase / microbiome / Hadza / Neu5Gc / Neu5Ac / sialic acid / inflammation / season

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-sialidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Alistipes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rees, S.D. / Zaramela, L. / Zengler, K. / Chang, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Gut bacteria responding to dietary change encode sialidases that exhibit preference for red meat-associated carbohydrates.
著者: Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Secrest, P. / Zuniga, C. / Huang, J. / Siegel, D. / Chang, G. / Varki, A. / Zengler, K.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...

履歴

登録	2018年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mnj.cif.gz	682.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mnj.ent.gz	474 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mnj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mnj_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mnj_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	6mnj_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	6mnj_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mnj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6mrvC 6mrxC 6myvC 4q6kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wdm-2 3bip-1 5oa2-3 3e90-d 3gdr-1 3wdl-2 3cb6-d 3pf9-1 3gdk-1 1fwn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hz136

B: Hz136

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hz136

登録者が定義した集合体
根拠: homology
61.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hz136

登録者が定義した集合体
61.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.670, 145.395, 150.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Hz136 分子量: 61261.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alistipes (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R6X4Z0*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis Tris Propane, 0.2 M Sodium Citrate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99994 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99994 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→75.14 Å / Num. obs: 128523 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.57 Å² / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
BOS		データ収集
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Q6K

4q6k

解像度: 2.2→72.7 Å / SU ML: 0.2614 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 26.2776

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2387	6451	5.02 %
R_work	0.2135	-	-
obs	0.2148	128523	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→72.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7954	0	0	142	8096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	8124
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5931	11038
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0478	1238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4233	4868

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3434	206	0.2944	4095	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.23-2.25	0.4401	173	0.3928	4049	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.25-2.28	0.3593	221	0.3228	4104	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.28-2.31	0.3174	177	0.2706	4086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.2901	188	0.2588	4054	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.34-2.37	0.2711	232	0.2513	4082	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.37-2.4	0.3023	186	0.2576	4130	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.4-2.44	0.323	213	0.2622	4047	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.44-2.48	0.2793	262	0.246	4031	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.48-2.52	0.2339	165	0.248	4119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.56	0.2771	212	0.2432	4120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.61	0.3139	196	0.2569	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.66	0.3064	216	0.2707	4073	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.66-2.71	0.3491	207	0.2622	4080	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.71-2.77	0.2845	190	0.2562	4111	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.77-2.84	0.2382	206	0.2428	4087	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.84-2.91	0.2649	228	0.2357	4053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.99	0.2755	233	0.2396	4038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.07	0.2798	241	0.2377	4065	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.17	0.268	178	0.2255	4148	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.29	0.2556	228	0.2273	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.42	0.2617	212	0.2088	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.57	0.2382	223	0.2039	4056	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.57-3.76	0.2233	251	0.1866	4081	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.76-4	0.1743	187	0.1801	4073	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4-4.31	0.1872	211	0.142	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.74	0.147	311	0.1292	3918	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.42	0.1393	219	0.1238	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.83	0.1799	212	0.1582	4074	X-RAY DIFFRACTION	100
6.83-72.74	0.1822	267	0.172	4022	X-RAY DIFFRACTION	99.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.801431503188	0.338841311571	-0.158133747158	0.491218889422	-0.162820507791	0.779629555299	0.0565160184592	-0.280255960085	0.0331315485334	0.105577488499	-0.0802752102039	-0.0457231874488	-0.0200286063982	0.0144904752419	0.00780732106759	0.183089497699	-0.0155748127835	-0.033474608459	0.215667996048	0.0261859522661	0.131950353139	-12.9802023514	23.5352213474	63.104327229
2	0.754988405606	0.165912914491	-0.160617538346	0.274633637275	-0.101071562393	0.541047734409	0.0382860827949	0.0515669339422	-0.0200184446571	0.0262371265639	0.0190046902287	-0.0146271799745	0.028149174084	0.0257040634661	-0.0450927032508	0.162217492465	0.00711869531352	0.00308776322499	0.139322035612	0.0188249523879	0.244213936578	-6.22923076024	32.6669029516	35.9534702095
3	0.657372483049	0.0793646877818	0.109646340236	0.433298947563	0.201982563135	0.573200897938	0.0239182093779	0.0421329746373	-0.0299653918686	0.0221488660704	0.0375511520951	-0.137107722388	-0.0124751557356	0.0423005056534	-0.0600067998254	0.17125660152	-0.00230575455823	0.0126129621581	0.156234346151	-0.00175190372453	0.28212129761	9.48433365579	30.1065421143	33.9250733072
4	0.693411903435	0.19533760703	-0.420719027167	0.912159666897	-0.0807716669368	1.15347194474	-0.0429974424687	0.218229655002	-0.128482036422	-0.0140416941109	0.116465633235	0.0478691377889	0.00860536735859	-0.000763339697467	-0.0495646691765	0.164819801165	-0.0352246151597	-0.0411902130795	0.259093533134	-0.0125814748529	0.144940961153	-31.4355572462	19.0196551543	12.1202940462
5	1.39831370272	0.0888490380825	-0.0454122881711	1.00656261031	0.0688702424935	1.27293040261	0.0603545903849	0.131611722947	-0.245753827165	-0.126755799796	0.0829425284586	-0.17617571592	-0.00951255992931	0.236826084849	-0.0625687446068	0.141756899987	-0.00235152110822	-0.0204388539412	0.180961424575	-0.0349948230825	0.211423484619	-21.731734442	20.2287199902	20.8689396209
6	0.60915453684	0.0842391819968	0.0826964006036	0.653550447146	-0.362070985464	0.721493397083	0.101697057048	0.292167399208	0.120612042905	-0.058135464071	0.0247649411924	0.0132896687151	-0.0992658031238	-0.0248201620315	-0.0988240852672	0.186026988282	0.00913181172304	-0.012379655005	0.244547433444	-0.0192008045076	0.221552139153	-32.7763805682	22.7625356227	12.5100255652
7	0.589643840639	0.101478609602	0.139409603975	0.828448186202	-0.402909592786	0.273037767735	-0.0603212617965	0.175391644466	-0.106084862653	-0.113188987768	0.0622221318078	0.0344166077987	0.200651489327	0.101730795022	-0.0140555377019	0.175293731484	-0.0054524098389	-0.0407429079499	0.180797691781	0.00451046197264	0.192705026169	-34.3492061667	14.4876424903	20.8231547846
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9	0.73067387978	-0.00767943166728	-0.110417689719	1.07705902088	0.0320136859949	0.671552535096	0.0448392448338	-0.0714435750784	-0.0439688856666	0.299051836099	-0.0314742271497	0.0403199543532	-0.0247278084838	-0.00151386906625	-0.0426645340867	0.242477690719	-0.000361153888717	0.0175378766407	0.197881370294	0.0633165027249	0.277169768887	-36.3179584146	0.916722406937	54.4394447684
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 166 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 167 through 299 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 300 through 538 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 24 through 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 80 through 120 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 121 through 156 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 157 through 207 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 208 through 270 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 271 through 344 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 345 through 453 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 454 through 538 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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