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- PDB-6mlx: Crystal structure of T. pallidum Leucine Rich Repeat protein (TpLRR) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mlx
タイトルCrystal structure of T. pallidum Leucine Rich Repeat protein (TpLRR)
要素Leucine-rich repeat protein TpLRR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Secreted / Leucine Rich Repeat (LRR) / T. pallidum / Periplasmic LRR
機能・相同性: / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Leucine-rich repeat domain superfamily / Leucine-rich repeat protein TpLRR
機能・相同性情報
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ramaswamy, R. / Loveless, B.C. / Houston, S. / Cameron, C.E. / Boulanger, M.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of Treponema pallidum Tp0225 reveals an unexpected leucine-rich repeat architecture.
著者: Ramaswamy, R. / Houston, S. / Loveless, B. / Cameron, C.E. / Boulanger, M.J.
履歴
登録2018年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat protein TpLRR
B: Leucine-rich repeat protein TpLRR
C: Leucine-rich repeat protein TpLRR
D: Leucine-rich repeat protein TpLRR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4134
ポリマ－93,4134
非ポリマー00
水9,260514
1
A: Leucine-rich repeat protein TpLRR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3531
ポリマ－23,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leucine-rich repeat protein TpLRR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3531
ポリマ－23,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Leucine-rich repeat protein TpLRR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3531
ポリマ－23,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Leucine-rich repeat protein TpLRR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3531
ポリマ－23,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.079, 104.079, 185.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Leucine-rich repeat protein TpLRR


分子量: 23353.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
プラスミド: pACGP67b / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O06686
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris HCl, pH 6.5 and 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月5日
詳細: Flat bent collimating Rh coated mirror, toroidal focussing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→92.9 Å / Num. obs: 67107 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 9.9 % / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→69.308 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2815 3241 4.84 %
Rwork0.2343 --
obs0.2366 66965 96.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 36.28 Å2 / Biso mean: 27.6837 Å2 / Biso min: 19.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→69.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6464 0 0 514 6978
Biso mean---27.58 -
残基数----852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9278904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571024
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.753952
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02990.3748940.31381968206269
2.0299-2.06160.3191170.2922202231978
2.0616-2.09540.36371210.27812367248884
2.0954-2.13150.33631280.27732564269290
2.1315-2.17030.27441290.27592721285095
2.1703-2.2120.29011400.26952784292498
2.212-2.25720.32671400.27222818295898
2.2572-2.30630.31731460.26462821296799
2.3063-2.35990.34821460.262128192965100
2.3599-2.41890.29711510.273528533004100
2.4189-2.48430.31071430.279328192962100
2.4843-2.55740.30621450.267928743019100
2.5574-2.640.32581490.267928553004100
2.64-2.73430.31671630.271528683031100
2.7343-2.84380.29071650.261628192984100
2.8438-2.97330.31931430.259429033046100
2.9733-3.130.34151600.250128543014100
3.13-3.32610.30771390.244729003039100
3.3261-3.58290.25991460.220529103056100
3.5829-3.94340.23861290.20429313060100
3.9434-4.5140.23351470.179829433090100
4.514-5.68670.25351440.190529893133100
5.6867-69.350.21951560.200931423298100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.9307 Å / Origin y: 37.8069 Å / Origin z: 60.2567 Å
111213212223313233
T0.2193 Å2-0.0162 Å2-0.0067 Å2-0.1679 Å2-0.0135 Å2--0.1468 Å2
L0.6205 °2-0.298 °2-0.1185 °2-0.2907 °20.0474 °2--0.1785 °2
S-0.0457 Å °-0.0596 Å °-0.0574 Å °0.0463 Å °0.0148 Å °0.0004 Å °0.0504 Å °0.0046 Å °0.0298 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA36 - 247
2X-RAY DIFFRACTION1allB36 - 248
3X-RAY DIFFRACTION1allC36 - 249
4X-RAY DIFFRACTION1allD36 - 248
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 665

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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