PDB-6mlw: Crystal structure of X. citri phosphoglucomutase in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mlw

タイトル

Crystal structure of X. citri phosphoglucomutase in complex with 2-fluoro mannosyl-1-methyl-phosphonic acid

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / enzyme / carbohydrate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Beamer, L. / Stiers, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2019
タイトル: Inhibitory Evaluation of alpha PMM/PGM fromPseudomonas aeruginosa: Chemical Synthesis, Enzyme Kinetics, and Protein Crystallographic Study.
著者: Zhu, J.S. / Stiers, K.M. / Soleimani, E. / Groves, B.R. / Beamer, L.J. / Jakeman, D.L.

履歴

登録	2018年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mlw.cif.gz	234.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mlw.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mlw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mlw_validation.pdf.gz	795.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mlw_full_validation.pdf.gz	797.9 KB	表示
XML形式データ	6mlw_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	6mlw_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mlfC 6mlhC 6mnvC 5bmnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mlf-d 6nn1-d 6np8-d 6nol-d 6mlh-d 5bmp-d 6npx-d 6nqg-d 5kl0-d 6nnu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.781, 54.587, 172.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase 分子量: 51217.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 遺伝子: xanA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖	ChemComp-JVA / 2,6-anhydro-5,7-dideoxy-5-fluoro-7-phosphono-D-glycero-D-manno-heptitol タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄FO₇P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.000001 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→57.64 Å / Num. obs: 33637 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.18 Å² / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2097 / CC_1/2: 0.334 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5bmn

5bmn

解像度: 1.9→42.44 Å / SU ML: 0.2807 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 25.6538

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	3069	4.89 %
R_work	0.1892	-	-
obs	0.1922	33478	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3436	0	17	544	3997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	3551
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8699	4829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0506	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.544	2893

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.3449	123	0.3332	2546	X-RAY DIFFRACTION	95.7
1.93-1.96	0.4067	153	0.3143	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.96-2	0.3135	107	0.295	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2-2.03	0.3365	146	0.2909	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.03-2.07	0.3908	139	0.2816	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.07-2.11	0.3711	166	0.2726	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.11-2.16	0.3629	126	0.2657	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.16-2.21	0.339	127	0.2585	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.21-2.26	0.3355	164	0.2508	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.26-2.33	0.297	129	0.2405	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.33-2.39	0.2764	132	0.2214	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.39-2.47	0.3105	131	0.2087	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.47-2.56	0.2091	138	0.1955	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.56-2.66	0.2735	154	0.1929	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.66-2.78	0.2625	150	0.1923	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.78-2.93	0.2376	124	0.1856	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.93-3.11	0.2226	127	0.1731	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.11-3.35	0.2516	167	0.1587	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.35-3.69	0.2114	130	0.1423	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.69-4.22	0.1811	137	0.131	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.22-5.32	0.1818	148	0.1167	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.69
5.32-42.45	0.1561	151	0.1446	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.634419150387	-0.231190071523	0.170476715865	0.461528878592	-0.466968156895	1.82258489677	-0.00288420595605	0.0556641948247	-0.0642848853169	-0.081831153313	-0.0331283654445	-0.0604157199305	-0.0273876959522	0.0130987633748	0.0412980132352	0.154270395261	-0.0183194874964	0.0220012234752	0.129671976917	-0.0166870712812	0.167501196991	24.3605545741	59.6452334816	25.2743546632
2	3.19709567686	0.255565781246	-0.160216689107	2.59896035988	0.696056936632	4.81652642563	-0.029783472587	0.188763291683	-0.233918643262	-0.156742424609	0.16376957974	-0.0528874261935	0.045315067934	-0.00365577413606	-0.111865925684	0.135714312332	-0.0190685891861	-0.0169253361516	0.16002023894	-0.0114287399001	0.160113354385	14.3084607174	64.2870865049	11.4899435179
3	0.806795146922	-0.0388682366615	-0.370823207162	1.92150227893	1.90270471758	2.83510707126	-0.0620814248842	-0.0410435924121	-0.0682645039275	0.0155888746139	0.0648696264055	-0.0647731998117	0.181170450747	0.134897780155	-0.0216507262905	0.152540594824	0.0250427725543	0.000203097473555	0.184354807305	-0.00797779362543	0.169935109735	41.8268117404	39.6006554127	19.5872336328
4	0.325259724285	-0.529527040918	-0.0809738432265	1.21740436085	-0.663609882241	1.05576531294	-0.00271755731397	0.0438761380017	-0.0622768257713	-0.0180432866192	-0.0467500745201	-0.00544401418123	-0.00487029654239	-0.0231147746168	0.0507641651409	0.145307936408	-0.00108430944203	0.00853972165788	0.216621845349	-0.0340558567671	0.158208795463	25.5516430943	52.0575208928	33.5152423538
5	2.89056520094	0.0559961462564	0.0362992768471	2.84462520954	-0.846625210972	1.32600847247	-0.0837779887375	0.113019693308	-0.132963354655	-0.172625922411	0.10765544584	-0.213683158314	0.025541980028	0.108996764891	-0.0454416625439	0.160535426714	-0.0165555643489	0.0168429054783	0.23247024615	-0.0475992709593	0.1929539263	34.2427728646	61.9557803549	19.0268271966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 325 through 386 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 387 through 448 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 289 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 290 through 324 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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