PDB-6mlh: Crystal structure of X. citri phosphoglucomutase in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mlh

タイトル

Crystal structure of X. citri phosphoglucomutase in complex with GLUCOPYRANOSYL-1-METHYL-PHOSPHONIC ACID

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / enzyme / carbohydrate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Beamer, L. / Stiers, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2019
タイトル: Inhibitory Evaluation of alpha PMM/PGM fromPseudomonas aeruginosa: Chemical Synthesis, Enzyme Kinetics, and Protein Crystallographic Study.
著者: Zhu, J.S. / Stiers, K.M. / Soleimani, E. / Groves, B.R. / Beamer, L.J. / Jakeman, D.L.

履歴

登録	2018年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mlh.cif.gz	239.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mlh.ent.gz	156.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mlh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mlh_validation.pdf.gz	816.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mlh_full_validation.pdf.gz	818.5 KB	表示
XML形式データ	6mlh_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	6mlh_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mlfC 6mlwC 6mnvC 5bmnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nqf-d 5bmp-d 6mlw-d 6nn1-d 6npx-d 5kl0-d 6mlf-d 6nqe-d 5l8k-d 1m2w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.571, 54.715, 172.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase 分子量: 51217.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 遺伝子: xanA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7
#2: 糖	ChemComp-GPM / (1S)-1,5-anhydro-1-(phosphonomethyl)-D-glucitol / GLUCOPYRANOSYL-1-METHYL-PHOSPHONIC ACID / Alpha-1 phosphonomethylene-D-glucopyranose / α-D-グルコピラノシルメチルホスホン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 258.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₁₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→57.56 Å / Num. obs: 50819 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.04 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / R_merge(I) obs: 0.467 / Num. unique obs: 2496

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5bmn

5bmn

解像度: 1.65→46.22 Å / SU ML: 0.2154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 21.8172

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2127	4806	5.02 %
R_work	0.1716	-	-
obs	0.1737	50720	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3406	0	17	632	4055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8111	4826
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0513	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	640
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.2222	2868

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.3106	160	0.3222	3082	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.67-1.69	0.2915	151	0.3132	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.71	0.347	160	0.2968	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.71-1.73	0.3407	175	0.286	2962	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.73-1.75	0.2844	189	0.2611	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.75-1.78	0.303	125	0.261	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.8	0.2699	167	0.2329	3046	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.8-1.83	0.287	155	0.2397	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2313	140	0.2228	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.86-1.89	0.2588	184	0.2224	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.89-1.92	0.2564	150	0.2207	2983	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.92-1.96	0.2514	170	0.216	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.96-1.99	0.2457	147	0.2054	3058	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.99-2.03	0.2244	146	0.1937	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.03-2.08	0.24	176	0.1854	3050	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.08-2.13	0.2392	148	0.1797	2999	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.13-2.18	0.224	163	0.1742	3124	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.18-2.24	0.2417	187	0.181	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.24-2.31	0.2182	136	0.1789	3093	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.31-2.38	0.2584	150	0.177	3023	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.38-2.46	0.2144	158	0.166	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.46-2.56	0.223	148	0.1618	3060	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.56-2.68	0.203	176	0.158	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.68-2.82	0.16	173	0.1597	3010	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.82-3	0.2266	157	0.1561	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3-3.23	0.2174	137	0.1516	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.23-3.55	0.1841	166	0.14	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.55-4.07	0.1504	175	0.1294	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.56
4.07-5.12	0.1632	151	0.122	3051	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.12-46.23	0.1891	186	0.1481	3010	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.14897874413	0.15493906826	0.139239350234	2.79953714955	1.26987520212	2.92436000018	-0.0230234020648	0.0874802898792	-0.0596689748366	-0.0849195702153	-0.0228968988947	0.137085899768	0.137991179151	-0.0121554638621	0.0478484486142	0.121388440407	0.0220815515641	0.0130717839309	0.136384554226	-0.0269897733473	0.118633796696	39.9143060633	37.653002567	15.2537404822
2	0.280420895049	0.0154419035127	-0.142362208031	0.843816348193	-0.217914666725	1.17826350154	-0.00973178188142	0.0251034837043	0.0144928476413	0.0126421937118	-0.000851630999542	-0.0217106643401	0.00973741125493	0.0145188361634	0.00767649368852	0.0785551553717	0.00167564105667	0.00789396745409	0.131554745473	-0.0147668894503	0.117069872336	30.0216058704	54.1685255561	31.2263366182
3	1.10466948696	0.0629987319294	0.607178958493	0.966373959499	-0.0417630523079	2.57625513767	0.0102334630986	0.243516753762	-0.162066191008	-0.140192928781	0.0737067198344	0.00204342106829	0.0601232458518	0.09171146942	-0.0573558383443	0.106376807126	3.29145619484E-5	0.0153539626286	0.125283021014	-0.034766756094	0.133469648849	14.9154032578	63.4653993096	14.2917348798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 350 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 351 through 448 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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