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- PDB-6mlf: Crystal structure of X. citri phosphoglucomutase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mlf
タイトルCrystal structure of X. citri phosphoglucomutase in complex with 6-fluoro glucose 1-phosphate
要素Phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / enzyme / carbohydrate biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III ...Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I/II/III / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain superfamily / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JV4 / Phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Beamer, L. / Stiers, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1409898 米国
引用ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2019
タイトル: Inhibitory Evaluation of alpha PMM/PGM fromPseudomonas aeruginosa: Chemical Synthesis, Enzyme Kinetics, and Protein Crystallographic Study.
著者: Zhu, J.S. / Stiers, K.M. / Soleimani, E. / Groves, B.R. / Beamer, L.J. / Jakeman, D.L.
履歴
登録2018年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / カテゴリ: atom_site / struct_site / struct_site_gen / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5043
ポリマ－51,2171
非ポリマー2862
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.730, 54.800, 173.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglucomutase


分子量: 51217.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 遺伝子: xanA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PGN7
#2: 糖 ChemComp-JV4 / 6-deoxy-6-fluoro-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / 6-deoxy-6-fluoro-1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-deoxy-6-fluoro-1-O-phosphono-D-glucose / 6-deoxy-6-fluoro-1-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 262.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12FO8P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.33 Å / Num. obs: 51338 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 22.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.373 / Num. unique obs: 2512

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn


解像度: 1.75→46.33 Å / SU ML: 0.2323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.5116 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 2105 4.89 %
Rwork0.1833 40935 -
obs0.1861 43040 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3441 0 17 458 3916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00673581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83454873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0523538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.44372923
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.790.3251410.2762648X-RAY DIFFRACTION99.89
1.79-1.840.31311210.26232719X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.890.36411350.26442690X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.32491380.25152679X-RAY DIFFRACTION99.79
1.94-20.30661480.22252692X-RAY DIFFRACTION100
2-2.070.25091270.212692X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.160.25761260.19842716X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.260.24971180.20242747X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.380.25111440.20822679X-RAY DIFFRACTION99.93
2.38-2.520.26711420.1962727X-RAY DIFFRACTION99.9
2.52-2.720.30041510.19742729X-RAY DIFFRACTION99.93
2.72-2.990.2611560.1992708X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.430.24521570.17532773X-RAY DIFFRACTION99.93
3.43-4.310.1821450.14582795X-RAY DIFFRACTION100
4.31-46.350.17231560.13812941X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89589938480.271031403385-0.4612932138523.438688839261.554702699684.22312621261-0.07420168716660.0881327860219-0.0941985649937-0.07175289842270.07389309519020.1068995812670.2020110736080.07010207534820.02765300380590.1727029529780.03739760257390.02278526482180.179781639703-0.04024328137130.17795929897339.807239011337.669451492715.2341134351
20.263238509849-0.3135976321430.01605975698480.945565751303-0.3483367408991.287152251970.008950944629510.0294718144001-0.00362881293307-0.050792957311-0.0338636410101-0.0719629349953-0.003740701291080.06221505205460.01866714229290.15202036982-0.003015670426810.02137320629650.187466451867-0.02309501183350.1917223589328.823402055254.935061373630.7995557209
34.140215640350.12704504645-0.7951487490155.046734207260.8456260290856.20164971533-0.0718826291740.38664307744-0.247035919454-0.2198750985680.0947044540727-0.04255432765560.0582035161483-0.00884870937587-0.01569421619470.1350761821380.0010410507388-0.0006186288283260.166746966273-0.03655559893930.1426689359414.183418283263.964568053510.2099285152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 142 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 143 through 377 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 378 through 448 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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