PDB-6mla: Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mla

タイトル

Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithine-binding protein (LAO) D161A mutant from Salmonella typhimurium complexed with arginine

要素

Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Periplasmic Binding Protein / LAO / Thermodynamics / Protein Ligand Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid binding / amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.582 Å

データ登録者

Romero-Romero, S. / Vergara, R. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Romero, A.

資金援助

メキシコ, 4件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The interplay of protein-ligand and water-mediated interactions shape affinity and selectivity in the LAO binding protein.
著者: Vergara, R. / Romero-Romero, S. / Velazquez-Lopez, I. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Hernandez, A. / Pulido, N.O. / Sosa-Peinado, A. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.

履歴

登録	2018年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mla.cif.gz	119.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mla.ent.gz	91.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mla_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mla_full_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示
XML形式データ	6mla_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	6mla_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mkuC 6mkwC 6mkxC 6ml0C 6ml9C 6mldC 6mleC 6mlgC 6mliC 6mljC 6mlnC 6mloC 6mlpC 6mlvC 1lafS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ml9-d 6mlp-d 6mlg-d 6mle-d 6mln-d 1lah-d 6ft2-d 6mlj-2 6mli-d 1lag-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.330, 57.790, 101.791
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein / LAO-binding protein 分子量: 26014.305 Da / 分子数: 1 / 変異: D161A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: argT, STM2355 / プラスミド: pET12b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P02911

#1: タンパク質

Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein / LAO-binding protein

分子量: 26014.305 Da / 分子数: 1 / 変異: D161A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: argT, STM2355 / プラスミド: pET12b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P02911

-
非ポリマー , 5種, 303分子

#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Acetato de sodio trihidratado. 0.05 M Cacodilato de sodio trihidratado, pH: 6.5. 15% w/v Polietilenglicol 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月10日 / 詳細: Osmic VariMax Cu-HF
放射	モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 60426 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 16.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 46.5
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2962 / CC_1/2: 0.648 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LAF

1laf

解像度: 1.582→35.048 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	1998	6.56 %
R_work	0.1827	-	-
obs	0.185	57404	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.582→35.048 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1795	0	27	299	2121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.957	2506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.018	667
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	327

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5817-1.6017	0.3405	122	0.3235	1774	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6017-1.6228	0.3027	131	0.2841	1909	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6228-1.645	0.3198	135	0.2615	1899	X-RAY DIFFRACTION	96
1.645-1.6685	0.3335	138	0.2495	1952	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6685-1.6934	0.263	139	0.261	1995	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6934-1.7198	0.3117	137	0.2402	1955	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7198-1.748	0.2391	139	0.2483	1988	X-RAY DIFFRACTION	99
1.748-1.7782	0.3675	138	0.2421	2016	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7782-1.8105	0.293	138	0.2384	1987	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8105-1.8453	0.2587	140	0.2042	1986	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8453-1.883	0.232	139	0.2114	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
1.883-1.9239	0.2211	139	0.2027	1985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9239-1.9687	0.2515	146	0.2095	2052	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9687-2.0179	0.2568	132	0.2139	1976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0179-2.0725	0.2513	143	0.2098	2030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0725-2.1335	0.2698	135	0.203	1999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1335-2.2023	0.2506	147	0.1963	2027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2023-2.281	0.2304	138	0.1905	2004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.281-2.3723	0.2294	146	0.1852	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3723-2.4803	0.2519	144	0.186	2019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4803-2.611	0.2082	139	0.1897	1998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.611-2.7745	0.2314	136	0.189	1998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7745-2.9886	0.2236	140	0.1759	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9886-3.2892	0.1988	145	0.1569	2024	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2892-3.7646	0.1636	143	0.1389	2015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7646-4.7412	0.1313	149	0.1217	1998	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7412-35.0561	0.1612	145	0.1423	2004	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.6439 Å / Origin y: -0.3726 Å / Origin z: -12.9983 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0779 Å²	-0.0053 Å²	0.0031 Å²	-	0.1297 Å²	0.0025 Å²	-	-	0.0832 Å²
L	1.7556 °²	0.1861 °²	0.4116 °²	-	1.8814 °²	-0.4112 °²	-	-	1.3992 °²
S	-0.0238 Å °	0.1225 Å °	0.1062 Å °	-0.0202 Å °	0.0141 Å °	0.0741 Å °	-0.0622 Å °	0.0592 Å °	0.0062 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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