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- PDB-6ml7: ZBTB24 Zinc Fingers 4-8 with 19+1mer DNA Oligonucleotide (Sequenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ml7
タイトルZBTB24 Zinc Fingers 4-8 with 19+1mer DNA Oligonucleotide (Sequence 4 with a CpG 5mC Modification)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*(5CM)P*GP*AP*AP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*G)-3')
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 24
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / transcription / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hematopoietic progenitor cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 24
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X. / Ren, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of specific DNA binding by the transcription factor ZBTB24.
著者: Ren, R. / Hardikar, S. / Horton, J.R. / Lu, Y. / Zeng, Y. / Singh, A.K. / Lin, K. / Coletta, L.D. / Shen, J. / Lin Kong, C.S. / Hashimoto, H. / Zhang, X. / Chen, T. / Cheng, X.
履歴
登録2018年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 24
E: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*(5CM)P*GP*AP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,28213
ポリマ－29,5573
非ポリマー72510
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.130, 68.707, 48.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 24 / Bone morphogenetic protein-induced factor 1 / Brain-specific protein 1 / Zinc finger protein 450


分子量: 17274.033 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc fingers 4-8 (UNP residues 375-519) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zbtb24, Bif1, Bsg1, Znf450 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80X44

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*(5CM)P*GP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 6173.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 6109.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 319分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→28.014 Å / Num. obs: 30550 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3045 / CC1/2: 0.426 / Rpim(I) all: 0.818 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6ML6

6ml6


解像度: 1.75→28.014 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 1520 4.98 %
Rwork0.1927 --
obs0.195 30506 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.014 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 815 31 309 2271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7772961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6681094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004236
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.80650.34391360.31652625X-RAY DIFFRACTION100
1.8065-1.87110.30381440.32605X-RAY DIFFRACTION100
1.8711-1.9460.28711410.27132634X-RAY DIFFRACTION100
1.946-2.03450.30741410.25592613X-RAY DIFFRACTION100
2.0345-2.14180.29151360.23772634X-RAY DIFFRACTION100
2.1418-2.27590.24751370.21222634X-RAY DIFFRACTION100
2.2759-2.45150.25711450.19812627X-RAY DIFFRACTION100
2.4515-2.69810.22511350.1882635X-RAY DIFFRACTION100
2.6981-3.0880.25721360.19282646X-RAY DIFFRACTION100
3.088-3.8890.20791310.15852629X-RAY DIFFRACTION99
3.889-28.01760.19221380.14262704X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3061-0.0087-2.98393.25033.68219.5750.120.20610.0907-0.6003-0.2737-0.0630.27350.19470.20620.42120.17890.02130.3046-0.00560.300137.55934.623225.4732
27.46024.10770.88912.0186-6.1624.6793-0.02450.30570.37490.33430.0941-0.6251-0.9165-0.0903-0.18190.45980.03610.08570.3103-0.01110.356941.629624.76378.2921
30.82240.13390.87283.97343.93772.0322-0.12720.18950.06-0.46350.425-0.39530.15320.3871-0.19610.2064-0.06020.09040.3748-0.0880.261738.482215.27627.2507
46.7628-3.4599-1.01273.50141.14241.809-0.0897-0.2297-0.32290.1520.15530.05970.13530.0738-0.06830.14480.0032-0.01880.10080.01190.103621.45094.24778.3531
51.16870.9884-0.22077.0562-4.17212.8463-0.0838-0.00540.21130.08960.18740.3402-0.0804-0.1553-0.07250.1229-0.00130.00440.1616-0.01370.15069.280120.92063.5249
66.5876-1.05450.04196.6327-2.75.7255-0.24310.6944-0.0388-0.85860.16510.11580.6152-0.15110.0340.2808-0.0902-0.01450.19660.00190.200513.144325.7478-10.9222
71.4106-1.15511.8951.8099-1.44812.0222-0.24480.18990.1541-0.34910.2260.2141-0.37720.1833-0.03440.2732-0.0623-0.0810.24470.01340.25126.073418.6703-10.3616
83.5705-3.20332.70134.7557-0.93233.1590.05520.0267-0.2133-0.00620.08770.3724-0.2824-0.0986-0.15660.21310.01830.01980.15540.01610.138917.493110.56081.1139
95.3034-0.40993.7443.9375-1.07078.10730.0244-0.6924-0.02660.33440.2625-0.21650.0225-0.5416-0.28150.1678-0.0388-0.01210.213-0.04850.163332.934816.875119.6355
105.64121.96362.61383.42261.27254.59850.0709-0.0957-0.08530.47010.1682-0.3439-0.10160.2287-0.20520.22550.0303-0.03890.2449-0.04810.169135.943216.483822.7996
112.16411.18193.89287.15586.78542.024-0.09170.14490.206-1.00170.30610.0652-1.71-0.5732-0.25140.32590.02520.01280.21350.04610.176421.018219.4553.0493
127.5743-0.98495.25179.613-0.71597.2181-0.34221.0061-2.2581-0.53080.87060.50510.3255-0.0634-0.46980.282-0.0195-0.04710.2655-0.05760.37669.200610.4088-8.7198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 373 through 400 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 401 through 416 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 417 through 428 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 429 through 465 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 466 through 494 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 495 through 515 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 1 through 5 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 6 through 10 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 11 through 20 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 1 through 10 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 11 through 15 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 16 through 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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