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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mku | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithine-binding protein (LAO) D11A mutant from Salmonella typhimurium complexed with arginine | |||||||||||||||
![]() | Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein | |||||||||||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Periplasmic Binding Protein / LAO / Thermodynamics / Protein Ligand Complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Romero-Romero, S. / Vergara, R. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Romero, A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The interplay of protein-ligand and water-mediated interactions shape affinity and selectivity in the LAO binding protein. 著者: Vergara, R. / Romero-Romero, S. / Velazquez-Lopez, I. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Hernandez, A. / Pulido, N.O. / Sosa-Peinado, A. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 693.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 693.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6mkwC ![]() 6mkxC ![]() 6ml0C ![]() 6ml9C ![]() 6mlaC ![]() 6mldC ![]() 6mleC ![]() 6mlgC ![]() 6mliC ![]() 6mljC ![]() 6mlnC ![]() 6mloC ![]() 6mlpC ![]() 6mlvC ![]() 1lafS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26014.305 Da / 分子数: 1 / 変異: D11A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Complexed with arginine 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: argT, STM2355 / プラスミド: pET12b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ARG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate 30% w/v Polyethylene glycol 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日 / 詳細: Osmic VariMax Cu-HF |
放射 | モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.727→50 Å / Num. obs: 51080 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.727→1.76 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1055 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LAF 解像度: 1.727→41.097 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.727→41.097 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.0008 Å / Origin y: 0.4015 Å / Origin z: -12.9741 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |