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- PDB-6mk0: Integrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to antagonist TDI-4161 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mk0
タイトルIntegrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to antagonist TDI-4161
要素
  • Integrin alpha-V
  • Integrin beta-3
キーワードCELL ADHESION / HYBRID DOMAIN / PSI / EGF REPEATS / BETA TAIL / CALF / THIGH / BETA PROPELLER / RGD MOTIF / FIBRONECTIN / VITRONECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / tube development ...integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / Laminin interactions / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / platelet alpha granule membrane / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / blood coagulation, fibrin clot formation / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of phagocytosis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Elastic fibre formation / glycinergic synapse / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of bone resorption / transforming growth factor beta binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / filopodium membrane / extracellular matrix binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of bone resorption / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / apoptotic cell clearance / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of osteoblast proliferation / microvillus membrane / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / protein disulfide isomerase activity / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of intracellular signal transduction / lamellipodium membrane / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / vasculogenesis / voltage-gated calcium channel activity / specific granule membrane / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / phagocytic vesicle / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of endothelial cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Integrin signaling / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Hormone receptor fold / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain ...Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Hormone receptor fold / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Laminin / Laminin / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Ribbon / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JUY / : / Integrin beta-3 / Integrin alpha-V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.005 Å
データ登録者van Agthoven, J. / Arnaout, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)K01DK101628-04 米国
引用ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2019
タイトル: Novel Pure alphaVbeta3 Integrin Antagonists That Do Not Induce Receptor Extension, Prime the Receptor, or Enhance Angiogenesis at Low Concentrations
著者: Li, J. / Fukase, Y. / Shang, Y. / Zou, W. / Munoz-Felix, J. / Buitrago, L. / van Agthoven, J. / Zhang, Y. / Hara, R. / Tanaka, Y. / Okamoto, R. / Yasui, T. / Nakahata, T. / Imaeda, T. / Aso, ...著者: Li, J. / Fukase, Y. / Shang, Y. / Zou, W. / Munoz-Felix, J. / Buitrago, L. / van Agthoven, J. / Zhang, Y. / Hara, R. / Tanaka, Y. / Okamoto, R. / Yasui, T. / Nakahata, T. / Imaeda, T. / Aso, K. / Zhou, Y. / Locuson, C. / Nesic, D. / Duggan, M. / Takagi, J. / Vaughan, R.D. / Walz, T. / Hodivala-Dilke, K. / Teitelbaum, S.L. / Arnaout, M.A. / Filizola, M. / Foley, M.A. / Coller, B.S.
履歴
登録2018年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns_shell / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_site.pdbx_num_residues
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 2.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.32020年2月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,64225
ポリマ－181,5842
非ポリマー6,05823
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13890 Å2
ΔGint42 kcal/mol
Surface area73390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.406, 129.406, 305.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-V / Vitronectin receptor / Vitronectin receptor subunit alpha


分子量: 105541.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV, MSK8, VNRA, VTNR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 76042.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P05106

-
糖 , 4種, 14分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DManpb1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 13分子

#7: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物 ChemComp-JUY / (2S)-2-[(1,3-benzothiazole-2-carbonyl)amino]-4-{[5-(1,8-naphthyridin-2-yl)pentanoyl]amino}butanoic acid


分子量: 491.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C25H25N5O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 800 mM Sodium Cholride, 12% PEG 4000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 59916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rrim(I) all: 0.145 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Num. unique obs: 5883 / CC1/2: 0.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IJE

3ije


解像度: 3.005→49.094 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 2857 5.07 %
Rwork0.2215 53476 -
obs0.2231 56333 93.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 210.42 Å2 / Biso mean: 56.9907 Å2 / Biso min: 3.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.005→49.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12438 0 378 4 12820
Biso mean--67.51 37.72 -
残基数----1607
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.005-3.05650.3539900.3112168260
3.0565-3.1120.33361170.2856202273
3.112-3.17190.31351170.2795224680
3.1719-3.23660.30671350.2789248387
3.2366-3.3070.33841310.2762254392
3.307-3.38390.29611460.2632264494
3.3839-3.46850.25941620.2664266996
3.4685-3.56230.32871320.2477276598
3.5623-3.6670.31061560.2338278799
3.667-3.78540.29931380.22762849100
3.7854-3.92060.24761340.22422851100
3.9206-4.07750.20951300.21152836100
4.0775-4.2630.20391860.19152778100
4.263-4.48760.19081720.18762855100
4.4876-4.76850.24481630.17332826100
4.7685-5.13640.20751540.17752845100
5.1364-5.65260.23591270.19842914100
5.6526-6.46890.2711600.22772892100
6.4689-8.14410.21661350.23272938100
8.1441-49.0940.23521720.213051100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25750.2203-0.05750.536-0.07850.0936-0.07250.10690.0651-0.12720.09010.2295-0.0251-0.081-0.04210.3492-0.374-0.0760.0180.10410.14673.252853.682119.5111
21.3664-0.11050.48310.4640.0820.74-0.24540.24190.1688-0.11330.1471-0.0462-0.07610.17570.07250.6743-0.2117-0.38180.53060.17930.621-45.478746.4186-0.4572
31.4291-0.35972.19040.2047-0.70843.5562-0.28870.25180.2653-0.15390.04650.0749-0.05150.2510.1980.69760.0943-0.16650.49240.09590.4383-45.069640.956530.7352
41.1984-0.47310.11032.3251-0.46731.0264-0.1377-0.2495-0.08950.40280.1172-0.2268-0.05050.05330.03330.49180.2493-0.01480.2011-0.01340.2213-24.540937.245173.5242
51.75860.48482.16540.1870.56592.6846-0.10940.4797-0.2112-0.5112-0.02630.47120.1638-0.50520.12861.1193-0.01-0.19671.1559-0.01121.1124-41.55116.9777.3318
65.08430.38451.68251.63740.18982.19060.0740.325-0.4614-0.28440.041-0.01410.2757-0.1338-0.11180.6509-0.14530.03420.16420.04460.4201-16.73630.654123.1972
70.53370.6608-0.27451.733-0.140.68070.1427-0.2101-0.34960.2661-0.0552-0.44850.11680.12470.10770.4532-0.2033-0.12580.15730.14840.436613.871624.524334.473
82.3631-0.44260.51662.47060.68430.5347-0.07130.01380.0051-0.08650.01270.0931-0.1991-0.12430.05050.84740.00080.1150.22240.08830.4376-17.12411.011430.8911
91.1895-0.78750.27290.543-0.28081.3481-0.15110.59190.0698-0.4781-0.05180.4372-0.1742-0.46060.13881.0535-0.235-0.25820.71750.05850.892-38.632518.17944.1483
100.0926-0.11110.16620.5897-0.77121.0107-0.08430.1179-0.2001-0.06860.0189-0.00910.22180.0560.05030.67290.16540.00430.3273-0.06690.5301-19.937819.986846.9545
113.0595-0.0115-1.19733.6768-1.23253.85020.02940.06720.3035-0.1428-0.0847-0.4916-0.33630.26260.07170.67280.1622-0.01450.24570.08120.7851-7.184216.683470.8581
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 444 )A1 - 444
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 445 through 647 )A445 - 647
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 648 through 755 )A648 - 755
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 756 through 954 )A756 - 954
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 43 )B4 - 43
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 44 through 111 )B44 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 112 through 365 )B112 - 365
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 366 through 412 )B366 - 412
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 413 through 538 )B413 - 538
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 539 through 642 )B539 - 642
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 643 through 690 )B643 - 690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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