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- PDB-6mjp: LptB(E163Q)FGC from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mjp
タイトルLptB(E163Q)FGC from Vibrio cholerae
要素
  • ABC transporter ATP-binding protein
  • FIG000988: Predicted permease
  • LPS export ABC transporter permease LptG
  • Lipopolysaccharide export system protein LptC
キーワードLIPID TRANSPORT / lipopolysaccharide transport / ABC-transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transmembrane transporter activity / glycolipid transfer activity / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding ...lipopolysaccharide transmembrane transporter activity / glycolipid transfer activity / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide assembly, LptC-related / Lipopolysaccharide export system protein LptC / : / Lipopolysaccharide-assembly, LptC-related / Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter ...Lipopolysaccharide assembly, LptC-related / Lipopolysaccharide export system protein LptC / : / Lipopolysaccharide-assembly, LptC-related / Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / 6-cyclohexylhexyl beta-D-glucopyranoside / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lipopolysaccharide export system protein LptC / Lipopolysaccharide export system permease protein LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB / Lipopolysaccharide export system protein LptC / Lipopolysaccharide export system permease protein LptF / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Owens, T.W. / Kahne, D. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 GM066174 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI081059 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structural basis of unidirectional export of lipopolysaccharide to the cell surface.
著者: Owens, T.W. / Taylor, R.J. / Pahil, K.S. / Bertani, B.R. / Ruiz, N. / Kruse, A.C. / Kahne, D.
履歴
登録2018年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter ATP-binding protein
B: ABC transporter ATP-binding protein
C: Lipopolysaccharide export system protein LptC
F: FIG000988: Predicted permease
G: LPS export ABC transporter permease LptG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,64824
ポリマ－156,0005
非ポリマー3,64819
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18080 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area61050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.354, 80.729, 202.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 4種, 5分子 ABCFG

#1: タンパク質 ABC transporter ATP-binding protein / ABC transporter family protein / LPS ABC transporter ATP-binding protein / LPS export ABC ...ABC transporter family protein / LPS ABC transporter ATP-binding protein / LPS export ABC transporter ATP-binding protein / Lipopolysaccharide ABC transporter ATP-binding protein / Lipopolysaccharide ABC transporter / ATP-binding protein LptB / Putative ABC transporter ATP-binding protein / Sugar ABC transporter ATP-binding protein


分子量: 26986.006 Da / 分子数: 2 / 変異: E163Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: lptB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O30650, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: タンパク質 Lipopolysaccharide export system protein LptC


分子量: 21871.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: lptC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A085S5D1, UniProt: Q9KP51*PLUS
#3: タンパク質 FIG000988: Predicted permease / LPS export ABC transporter permease LptF / Lipopolysaccharide ABC transporter permease / ...LPS export ABC transporter permease LptF / Lipopolysaccharide ABC transporter permease / Lipopolysaccharide export system permease


分子量: 40929.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: lptF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F0BAF3, UniProt: Q9KP75*PLUS
#4: タンパク質 LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide ABC transporter permease


分子量: 39226.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: lptG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H6JG76, UniProt: Q9KP76*PLUS

-
糖 , 1種, 3分子

#11: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 9種, 69分子

#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV


分子量: 134.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#12: 化合物 ChemComp-JU7 / 6-cyclohexylhexyl beta-D-glucopyranoside


分子量: 346.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O6
#13: 化合物 ChemComp-MA4 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド


分子量: 508.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H44O11
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.7 % / 解説: Long triangular plates growing in radial clusters.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 41% PEG400, 100mM Tris pH =8.5, 200mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→49.27 Å / Num. obs: 58702 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 378386 / Scaling rejects: 289
反射 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 2.821 / Num. measured all: 30433 / Num. unique obs: 4558 / CC1/2: 0.305 / Rpim(I) all: 1.172 / Rrim(I) all: 3.059 / Net I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MIT

6mit


解像度: 2.85→49.265 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2917 1533 2.61 %
Rwork0.2421 57139 -
obs0.2434 58672 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 240.19 Å2 / Biso mean: 110.5674 Å2 / Biso min: 41.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→49.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10212 0 233 53 10498
Biso mean--119 81.83 -
残基数----1349
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.85-2.9420.40171420.367351815323100
2.942-3.04710.42611420.37345127526999
3.0471-3.16910.35911330.338851875320100
3.1691-3.31330.31991360.28665172530899
3.3133-3.48790.26411430.255151575300100
3.4879-3.70640.26831420.244852095351100
3.7064-3.99250.25721380.207651915329100
3.9925-4.3940.28281410.20485179532099
4.394-5.02930.26811330.19985152528599
5.0293-6.33430.30391370.259552595396100
6.3343-49.27230.28521460.23625325547199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8522-1.1392-2.72880.6135-0.7818.7529-0.1581-0.5559-1.18980.18730.15770.29521.2906-0.07640.10580.8035-0.1286-0.09280.43860.0930.980328.4535-31.360317.6945
22.2516-3.4006-0.26625.9691-1.35273.5256-0.3251-0.2254-1.30810.3205-0.0933-1.02190.56610.21250.4250.7895-0.1144-0.0380.49210.08371.337839.026-30.40516.9888
38.48650.2059-0.85542.11680.57197.44220.03630.1361-0.1218-0.4874-0.11460.13950.3950.33830.01890.73130.01610.00650.2871-0.00730.686948.7241-13.39081.8001
46.31342.5494-1.44755.8085-0.81281.79030.38140.02740.4599-0.4347-0.42880.7336-0.39720.12230.05610.7429-0.0378-0.11550.4628-0.02740.343336.719-16.88095.9039
57.1387-2.7756-1.98314.398-0.3313.51450.28730.59780.2161-0.8255-0.1260.4726-0.3306-0.3057-0.23040.8546-0.1491-0.02360.4055-0.04460.650627.3894-19.63672.5162
65.5679-2.777-3.38582.31814.69972.13290.19040.311-1.1018-0.1607-0.40890.91290.4996-0.93160.31550.8506-0.1535-0.18830.65740.06751.140715.0338-28.248212.0589
70.53162.21570.46712.4315-1.30516.94670.0194-0.07440.8045-0.48640.0696-0.1323-0.41820.2135-0.06250.6108-0.04930.01780.49150.01770.997820.69849.389413.5858
84.54280.5084-0.91644.79722.33317.63760.6101-0.59890.60480.0033-0.44150.2218-1.15030.0538-0.06970.6861-0.06040.09410.4605-0.00530.893220.425211.58223.9973
99.1397-2.1307-0.29247.26982.21527.920.059-0.7673-0.24230.4907-0.22020.58620.2424-0.6920.15060.6675-0.04110.14060.58610.05550.777310.8302-5.275839.7981
105.3244-4.11662.51094.122-0.34723.509-0.1226-0.5181-0.5107-1.25870.83690.66480.25350.2249-0.72590.6219-0.20090.26950.764-0.11021.203112.6825-6.730931.5456
115.96310.30280.50168.87751.21955.4840.5718-0.1748-0.52780.083-0.2060.17580.31540.1967-0.10810.4441-0.0955-0.06230.4790.16740.638914.2662-2.182222.3024
127.3644-7.5991-5.22568.1056.20516.2747-0.2869-0.35080.4782-0.02590.77540.82360.0318-0.085-0.41150.5064-0.0629-0.03960.6330.04760.79456.2857-8.513320.2179
137.31570.2504-2.96913.5988-0.06168.2513-0.1261-0.16510.0598-0.16890.13530.51650.7799-0.3970.06230.5377-0.044-0.11470.5470.01110.840112.0969-3.078615.0121
142.01946.3070.12385.4391-1.59034.9061-0.56460.1621-0.632-0.30980.04190.3665-0.2034-0.53580.59450.58930.0508-0.02340.3964-0.02850.826416.72376.21916.6331
156.7923-5.29372.7297.08931.41615.62940.02330.1681-0.9645-0.65530.3241.62740.6627-0.9952-0.11970.6767-0.0526-0.00120.59290.05590.93114.8801-2.0624-0.8372
165.98690.83136.7127.7091.78028.5934-0.19110.47470.61840.8248-0.17790.21170.30141.48210.46080.6810.05550.04750.9863-0.21340.878457.27215.796246.0178
172.1592.1739-1.99679.96412.57744.5505-1.4528-0.07831.21791.1995-0.05061.52310.8766-2.28361.31270.9204-0.07840.33831.8453-0.34211.707781.559817.157571.1736
184.4316-0.55391.69783.5115-0.41521.3753-0.2043-0.79190.43720.51640.1471-0.1047-0.1803-0.07580.12111.0919-0.0855-0.32051.69380.00231.0202110.571211.168885.4095
196.0214-0.01944.25863.4292-0.13986.92270.2037-2.2119-0.09041.0837-0.1854-0.42340.3614-0.6025-0.11150.9486-0.1546-0.02091.3970.00290.706339.9465-0.834254.9976
204.9333-1.8624-0.93881.1964-0.3551.5867-0.27-1.17520.05130.0827-0.36370.2081-0.0612-0.38870.60721.155-0.1528-0.4381.93380.06991.478285.03085.979466.7398
214.7631-1.82012.13645.09121.20033.8096-0.2568-0.3166-0.08370.12180.1042-0.0549-0.61840.26790.1960.6787-0.20970.09930.7896-0.1250.731442.553114.894947.8567
225.68812.67882.47175.67132.47143.88490.1493-0.43330.3280.38180.1304-0.5816-0.1890.4456-0.23710.5769-0.06990.03180.5442-0.05880.843364.28991.203828.4554
232.1176-2.6477-2.05265.921-1.46236.2899-0.15530.29530.00130.07020.0377-0.5525-0.23390.49880.01470.741-0.23-0.23211.29610.12061.0407103.20815.3349.7341
247.58091.67875.0490.89910.6413.4035-0.3655-0.23560.5901-0.1521-0.2844-0.772-0.94851.7890.7580.9533-0.2845-0.11511.77410.14381.022894.15151.634541.4987
255.31653.75252.73544.2290.09495.3770.1899-0.5559-0.40870.402-0.2711-1.0498-0.09271.05470.14670.67190.0286-0.02440.8446-0.0860.795775.294-9.933537.3754
264.9231-4.49053.33748.01-1.96347.5591-0.1338-0.98180.34770.9364-0.3366-0.8160.558-0.20720.28390.6962-0.1362-0.03720.71830.07280.791860.2356-13.583639.3359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 41 )A2 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 83 )A42 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 139 )A84 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 169 )A140 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 170 through 203 )A170 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 204 through 241 )A204 - 241
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 41 )B2 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 83 )B42 - 83
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 84 through 139 )B84 - 139
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 140 through 154 )B140 - 154
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 155 through 169 )B155 - 169
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 170 through 185 )B170 - 185
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 186 through 203 )B186 - 203
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 204 through 219 )B204 - 219
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 220 through 241 )B220 - 241
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 2 through 30 )C2 - 30
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 31 through 41 )C31 - 41
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 42 through 175 )C42 - 175
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 1 through 134 )F1 - 134
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 135 through 259 )F135 - 259
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 260 through 363 )F260 - 363
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 1 through 139 )G1 - 139
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 140 through 221 )G140 - 221
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 222 through 246 )G222 - 246
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 247 through 293 )G247 - 293
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 294 through 356 )G294 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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