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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mjf | ||||||
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タイトル | Catalytic Domain of dbOphMA | ||||||
![]() | dbOphM | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Methyltransferase / borosin | ||||||
機能・相同性 | Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / methyltransferase activity / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / dbOphM![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ongpipatanakul, C. / Nair, S.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular Basis for Autocatalytic Backbone N-Methylation in RiPP Natural Product Biosynthesis. 著者: Ongpipattanakul, C. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 445.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 364 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 84.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 114.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42804.680 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 % / 解説: Sheets. |
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結晶化 | 温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2 mM SAH, 0.24 or 0.26 M NaF, 20- 26% PEG3350, and 0.1 M Bis-tris propane at pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.198→94.867 Å / Num. obs: 113414 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.198→2.205 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1163 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.498 / Rrim(I) all: 0.885 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.198→45.641 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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