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- PDB-5n0q: Crystal structure of OphA-DeltaC6 in complex with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n0q
タイトルCrystal structure of OphA-DeltaC6 in complex with SAH
要素Peptide N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase
機能・相同性Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase/ribosomally synthesized cyclic peptide omphalotin A precursor ophMA
機能・相同性情報
生物種Omphalotus olearius (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Song, H.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: A molecular mechanism for the enzymatic methylation of nitrogen atoms within peptide bonds.
著者: Song, H. / van der Velden, N.S. / Shiran, S.L. / Bleiziffer, P. / Zach, C. / Sieber, R. / Imani, A.S. / Krausbeck, F. / Aebi, M. / Freeman, M.F. / Riniker, S. / Kunzler, M. / Naismith, J.H.
履歴
登録2017年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide N-methyltransferase
B: Peptide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9374
ポリマ－90,1692
非ポリマー7692
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13470 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area30100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.443, 102.424, 115.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptide N-methyltransferase


分子量: 45084.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Omphalotus olearius (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFI5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02 % octyl beta-D-glucopyranoside (OG), 0.2 M KCl, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 and 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9281 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9281 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→61.34 Å / Num. obs: 33901 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.009 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.861 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N0O

5n0o


解像度: 2.402→61.34 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 1619 4.79 %
Rwork0.2226 --
obs0.2248 33795 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→61.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5832 0 52 15 5899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2738193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3383655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08911
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4017-2.47240.44311370.38492609X-RAY DIFFRACTION99
2.4724-2.55220.46011470.36072623X-RAY DIFFRACTION99
2.5522-2.64340.34031210.33742672X-RAY DIFFRACTION99
2.6434-2.74920.42421170.31652664X-RAY DIFFRACTION99
2.7492-2.87440.34581350.30112657X-RAY DIFFRACTION99
2.8744-3.02590.30541250.26542697X-RAY DIFFRACTION99
3.0259-3.21550.31461280.26342658X-RAY DIFFRACTION99
3.2155-3.46370.29371110.24972716X-RAY DIFFRACTION100
3.4637-3.81230.27141530.2282664X-RAY DIFFRACTION99
3.8123-4.36380.24051620.18922672X-RAY DIFFRACTION99
4.3638-5.49730.21191340.17492739X-RAY DIFFRACTION99
5.4973-61.35990.22761490.17882805X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.94571.6080.55614.3221-0.07572.5850.1989-0.3792-0.02420.5073-0.2624-0.62010.18150.11860.03020.4711-0.052-0.0970.4789-0.00150.4836-2.56447.8313-17.6802
21.9556-0.31230.0750.8461-0.31080.0519-0.2772-0.11531.43570.54150.00080.4784-0.1792-0.17540.11870.82530.1803-0.17910.7078-0.27341.4218-26.964834.2138-20.6165
32.88690.35551.27642.26461.32073.470.12440.1370.2108-0.3596-0.00060.9388-0.1164-0.537-0.14320.6532-0.1561-0.03280.60010.06181.0258-31.09393.3993-33.4214
42.3635-0.22760.19393.2483-0.79312.86040.3554-0.26720.191-0.0256-0.08661.41590.2997-0.8207-0.2690.5649-0.161-0.01080.7145-0.03851.0346-30.58861.8358-22.7744
52.5348-0.08860.26620.97610.27162.80750.1525-1.01540.70140.4608-0.20111.9697-0.0869-0.7963-0.02110.579-0.10020.29040.9037-0.1811.2349-31.087710.208-14.6597
62.98220.96970.17054.3265-0.32431.5854-0.23490.1880.8532-0.91730.08391.1996-0.1627-0.1920.1710.635-0.0466-0.22050.47650.03270.7851-16.323721.8482-34.0981
70.845-0.1648-1.03184.0057-0.95551.7511-0.06130.28290.3732-0.4475-0.0831-0.4877-0.14680.58050.14840.6693-0.1318-0.02910.48860.04660.6297-2.111822.1492-31.4926
82.91190.22050.19963.9801-0.50482.88990.1066-0.6616-0.82360.3971-0.2813-0.88760.7640.38480.11030.6818-0.0733-0.09230.60290.18930.9726-2.371-6.6616-13.0151
93.0031-0.16280.49744.7108-0.58533.0917-0.0937-0.7838-0.84790.9070.3475-0.9661.0703-0.1942-0.4031.1826-0.1311-0.30070.74730.21591.1641-1.7261-6.8531-2.8808
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 248 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 249 through 283 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 284 through 411 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 71 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 72 through 129 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 130 through 233 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 234 through 289 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 290 through 356 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 357 through 411 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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