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- PDB-6mj9: CRYSTAL STRUCTURE OF UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME FROM NAEGLERIA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mj9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME FROM NAEGLERIA FOWLERI, APO FORM
要素Ubiquitin-conjugating enzyme
キーワードPROTEIN BINDING / SSGCID / NAEGLERIA FOWLERI / UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME / E2 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME FROM NAEGLERIA FOWLERI, APO FORM
著者: Davies, D.R. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3451
ポリマ－19,3451
非ポリマー00
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.300, 42.870, 89.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme


分子量: 19344.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1W2VMZ9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MORPHEUS E9 (50 MM TRIS-HCL, 50 MM BICINE PH 8.5, 30 MM DIETHYLENE GLYCOL; 30 MM TRIETHYLENE GLYCOL; 30 MM TETRAETHYLENE GLYCOL; 30 MM PETAETHYLENE GLYCOL; 20% GLYCEROL; 10% PEG 4000, TRAY ...詳細: MORPHEUS E9 (50 MM TRIS-HCL, 50 MM BICINE PH 8.5, 30 MM DIETHYLENE GLYCOL; 30 MM TRIETHYLENE GLYCOL; 30 MM TETRAETHYLENE GLYCOL; 30 MM PETAETHYLENE GLYCOL; 20% GLYCEROL; 10% PEG 4000, TRAY 303865 PUCK RBT2-03, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月13日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 12875 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.76 % / Biso Wilson estimate: 31.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / Num. unique all: 5516 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14RC2_3191精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V0R

5v0r


解像度: 1.85→38.7 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 1311 10.18 %
Rwork0.183 --
obs0.187 12875 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 0 114 1230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.92410.29761380.27141242X-RAY DIFFRACTION100
1.9241-2.01160.30241460.21521259X-RAY DIFFRACTION100
2.0116-2.11770.261430.19411277X-RAY DIFFRACTION100
2.1177-2.25030.24741380.20061257X-RAY DIFFRACTION100
2.2503-2.42410.27151400.19181269X-RAY DIFFRACTION100
2.4241-2.66790.26551350.19191308X-RAY DIFFRACTION100
2.6679-3.05390.25371540.20331268X-RAY DIFFRACTION100
3.0539-3.8470.20481600.16591293X-RAY DIFFRACTION100
3.847-38.70880.16251570.15831391X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.29982.33213.61915.71410.34639.0265-0.14380.391-0.2579-0.52150.1148-0.4179-0.02640.51990.04590.2483-0.00190.08160.1279-0.02140.19561.7133-12.7538-21.8894
22.00951.17931.57572.46241.86714.0649-0.0870.0075-0.0371-0.02350.039-0.1041-0.032-0.04120.03670.1390.0040.00550.12230.03530.13790.3398-8.8299-7.875
30.82590.34961.1076.78274.3064.2395-0.0839-0.17340.0894-0.3937-0.10120.1966-1.1665-0.6320.20680.3130.07-0.04630.2728-0.0140.2813-7.1431-0.5297-15.9549
47.81462.32593.78217.0575.87175.4508-0.1503-0.1121-0.018-0.08830.1359-0.1035-0.65050.0785-0.0310.25960.01010.02830.16330.03240.16583.6684-1.0266-11.9719
57.70546.4095-7.01995.806-6.48617.27780.27290.5251.41080.13230.52571.1448-1.0287-1.1574-0.84050.35470.117-0.02240.3334-0.00520.4061-3.10226.5587-1.9756
68.6589-2.6994.31739.3202-1.24354.1079-0.2726-0.53820.180.23250.1185-0.0013-0.5767-0.11350.13530.23810.00040.03420.1855-0.03040.13364.44745.37827.3482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 11 THROUGH 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 39 THROUGH 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 99 THROUGH 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 113 THROUGH 125 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 126 THROUGH 134 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 135 THROUGH 155 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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