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- PDB-6mj1: Crystal structure of RefZ (regulator of FtsZ) from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mj1
タイトルCrystal structure of RefZ (regulator of FtsZ) from Bacillus subtilis
要素Probable HTH-type transcriptional regulator YttP
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TetR family / cell division / FtsZ regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable HTH-type transcriptional regulator YttP
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Krieger, I.V. / Brown, E.E. / Herman, J.K. / Sacchettini, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1514629 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: A DNA-Binding Protein Tunes Septum Placement during Bacillus subtilis Sporulation.
著者: Brown, E.E. / Miller, A.K. / Krieger, I.V. / Otto, R.M. / Sacchettini, J.C. / Herman, J.K.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable HTH-type transcriptional regulator YttP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4161
ポリマ－24,4161
非ポリマー00
水45025
1
A: Probable HTH-type transcriptional regulator YttP

A: Probable HTH-type transcriptional regulator YttP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8322
ポリマ－48,8322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.021, 100.021, 100.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-319-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable HTH-type transcriptional regulator YttP / Stress response protein YttP


分子量: 24416.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yttP, BSU29630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34970
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 10% ethanol (v/v), 0.1 M imidazole [pH 8.0], and 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 16237 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.59 % / Rmerge(I) obs: 0.1127 / Net I/σ(I): 11.59
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 14.05 % / Rmerge(I) obs: 0.7929 / Num. unique obs: 714 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→44.745 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 734 4.58 %
Rwork0.222 --
obs0.2236 16039 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1671 0 0 25 1696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0822335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4261469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.80070.36321400.3393013X-RAY DIFFRACTION100
2.8007-3.08250.39551320.30563026X-RAY DIFFRACTION99
3.0825-3.52840.33081520.27682964X-RAY DIFFRACTION97
3.5284-4.44480.24291260.2213077X-RAY DIFFRACTION99
4.4448-44.75130.20861840.17823225X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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