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- PDB-6mit: LptBFGC from Enterobacter cloacae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mit
タイトルLptBFGC from Enterobacter cloacae
要素
  • (Lipopolysaccharide export system ...) x 3
  • LPS export ABC transporter permease LptF
キーワードLIPID TRANSPORT / lipopolysaccharide transport / ABC-transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transmembrane transporter activity / glycolipid transfer activity / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide assembly, LptC-related / Lipopolysaccharide export system protein LptC / : / Lipopolysaccharide-assembly, LptC-related / Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter ...Lipopolysaccharide assembly, LptC-related / Lipopolysaccharide export system protein LptC / : / Lipopolysaccharide-assembly, LptC-related / Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NOVOBIOCIN / Lipopolysaccharide export system permease protein LptG / Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB / Lipopolysaccharide export system protein LptC / Lipopolysaccharide export system permease protein LptF / Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae subsp. cloacae (バクテリア)
Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Owens, T.W. / Kahne, D. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 GM066174 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI081059 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structural basis of unidirectional export of lipopolysaccharide to the cell surface.
著者: Owens, T.W. / Taylor, R.J. / Pahil, K.S. / Bertani, B.R. / Ruiz, N. / Kruse, A.C. / Kahne, D.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年10月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein
B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein
C: Lipopolysaccharide export system protein LptC
F: LPS export ABC transporter permease LptF
G: Lipopolysaccharide export system permease protein LptG
D: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein
E: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein
H: Lipopolysaccharide export system protein LptC
I: LPS export ABC transporter permease LptF
J: Lipopolysaccharide export system permease protein LptG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,79223
ポリマ－312,08710
非ポリマー1,70513
水1448
1
A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein
B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein
C: Lipopolysaccharide export system protein LptC
F: LPS export ABC transporter permease LptF
G: Lipopolysaccharide export system permease protein LptG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,75113
ポリマ－156,0435
非ポリマー7088
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13170 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area61590 Å2
手法PISA
2
D: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein
E: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein
H: Lipopolysaccharide export system protein LptC
I: LPS export ABC transporter permease LptF
J: Lipopolysaccharide export system permease protein LptG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,04010
ポリマ－156,0435
非ポリマー9975
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11030 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area61380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.427, 156.984, 295.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

-
Lipopolysaccharide export system ... , 3種, 8分子 ABDECHGJ

#1: タンパク質
Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein


分子量: 26819.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (strain ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56) (バクテリア)
株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_04583 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3CR83
#2: タンパク質 Lipopolysaccharide export system protein LptC


分子量: 22255.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (strain ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56) (バクテリア)
株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: lptC, ECL_04581 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3CU18
#4: タンパク質 Lipopolysaccharide export system permease protein LptG


分子量: 39566.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (strain ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56) (バクテリア)
株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: ECL_04592 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3CQA2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FI

#3: タンパク質 LPS export ABC transporter permease LptF / Lipopolysaccharide export system permease protein lptF


分子量: 40582.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: lptF, CP904_11410, ERS370009_01510 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A232G4N0, UniProt: A0A421IFY4*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 21分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NOV / NOVOBIOCIN / 4-Hydroxy-3-[4-hydroxy-3-(3-methylbut-2-enyl)benzamido]-8-methylcoumarin-7-yl 3-O-carbamoyl-5,5-di-C-methyl-alpha-l-lyxofuranoside / U-6391


分子量: 612.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C31H36N2O11 / コメント: 抗生剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 21% PEG 400, 100mM MES pH 6.5, 500mM Li2SO4, 2mM Na-novobiocin

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03324 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03324 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.33 Å / Num. obs: 109124 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16 % / CC1/2: 0.723 / Rmerge(I) obs: 0.48 / Rpim(I) all: 0.13 / Rrim(I) all: 0.499 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 1745941 / Scaling rejects: 2870
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. measured allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible allRmerge(I) obsRpim(I) all
3-3.0512.26499153370.13786.5920.299.7
16.43-49.3315.9118067440.9980.0982096.10.0950.024

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å49.33 Å
Translation3.2 Å49.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5l75

5l75


解像度: 3.2→49.326 Å / SU ML: 0.8 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 42.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3201 1641 1.83 %
Rwork0.279 87828 -
obs0.2798 89469 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 239.34 Å2 / Biso mean: 136.5073 Å2 / Biso min: 67.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19625 0 100 8 19733
Biso mean--142.68 103.63 -
残基数----2657
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.29410.5251240.5436718684293
3.2941-3.40040.45341370.423372887425100
3.4004-3.52190.41011360.364772787414100
3.5219-3.66290.3941350.327172637398100
3.6629-3.82960.31511380.300973067444100
3.8296-4.03140.33491370.271473217458100
4.0314-4.28380.30721360.255373177453100
4.2838-4.61440.28681380.236773427480100
4.6144-5.07830.24821370.233873767513100
5.0783-5.81210.34471380.279474157553100
5.8121-7.31890.34351400.307974677607100
7.3189-49.3320.29661450.254777377882100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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