+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mik | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of host-guest complex with PP hachimoji DNA | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE/DNA / Host-guest complex / hachimoji DNA / N-terminal fragment of MMLV RT / DNA / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / structural constituent of virion / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Moloney murine leukemia virus (ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Georgiadis, M.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Hachimoji DNA and RNA: A genetic system with eight building blocks. 著者: Hoshika, S. / Leal, N.A. / Kim, M.J. / Kim, M.S. / Karalkar, N.B. / Kim, H.J. / Bates, A.M. / Watkins Jr., N.E. / SantaLucia, H.A. / Meyer, A.J. / DasGupta, S. / Piccirilli, J.A. / Ellington, ...著者: Hoshika, S. / Leal, N.A. / Kim, M.J. / Kim, M.S. / Karalkar, N.B. / Kim, H.J. / Bates, A.M. / Watkins Jr., N.E. / SantaLucia, H.A. / Meyer, A.J. / DasGupta, S. / Piccirilli, J.A. / Ellington, A.D. / SantaLucia Jr., J. / Georgiadis, M.M. / Benner, S.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mik.cif.gz | 82.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6mik.ent.gz | 57.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/6mik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/6mik | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29347.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (isolate Shinnick) (ウイルス) 株: isolate Shinnick / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03355, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA ...参照: UniProt: P03355, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 2435.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 2523.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.19499 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→39.42 Å / Num. obs: 42311 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 24.62 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 189052 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→39.416 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.51
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.32 Å2 / Biso mean: 35.4984 Å2 / Biso min: 14.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→39.416 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|