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- PDB-6mic: Crystal Structure of the C-terminal half of the Vibrio cholerae m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mic
タイトルCrystal Structure of the C-terminal half of the Vibrio cholerae minor pilin TcpB
要素Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein B
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Effector domain / Minor pilin / Toxin co-regulated pilus / Vibrio cholerae
機能・相同性Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein B
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.531 Å
データ登録者Kolappan, S. / Craig, L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP125959 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: TheVibrio choleraeminor pilin TcpB mediates uptake of the cholera toxin phage CTX phi.
著者: Gutierrez-Rodarte, M. / Kolappan, S. / Burrell, B.A. / Craig, L.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9454
ポリマ－19,6431
非ポリマー3023
水2,540141
1
A: Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein B
ヘテロ分子

A: Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein B
ヘテロ分子

A: Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,83512
ポリマ－58,9283
非ポリマー9079
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area13310 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.290, 63.290, 236.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-685-

HOH

21A-716-

HOH

31A-734-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein B


分子量: 19642.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: tcpB, VC0395_A0354 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AKH0
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: MPD, sodium chloride, sodium acetate / PH範囲: 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日 / 詳細: Rh coated collimating mirror, K-B focusing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→78.8 Å / Num. obs: 26889 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.033 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / Num. unique obs: 1366 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.93 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QS4

4qs4


解像度: 1.531→39.382 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1982 1342 4.99 %
Rwork0.1784 --
obs0.1794 26883 95.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.531→39.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1223 0 20 141 1384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9911707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.527750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.531-1.58580.18651380.18222606X-RAY DIFFRACTION99
1.5858-1.64930.17591520.17182558X-RAY DIFFRACTION99
1.6493-1.72430.23781320.18352445X-RAY DIFFRACTION93
1.7243-1.81520.19861500.17752595X-RAY DIFFRACTION99
1.8152-1.9290.19611410.17222576X-RAY DIFFRACTION98
1.929-2.07790.17811100.16922447X-RAY DIFFRACTION92
2.0779-2.2870.19471440.16692611X-RAY DIFFRACTION99
2.287-2.61780.1781300.17422478X-RAY DIFFRACTION93
2.6178-3.2980.21121190.18292631X-RAY DIFFRACTION97
3.298-39.39480.20681260.18592594X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.6022 Å / Origin y: -13.0031 Å / Origin z: 6.9252 Å
111213212223313233
T0.0863 Å2-0.0002 Å2-0.0062 Å2-0.0778 Å2-0.0051 Å2--0.0971 Å2
L0.2693 °2-0.0168 °20.0009 °2-0.2484 °2-0.129 °2--0.1367 °2
S-0.0298 Å °0.0057 Å °-0.0312 Å °-0.0142 Å °0.0155 Å °0.045 Å °-0.0938 Å °-0.0564 Å °0.0388 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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