[日本語] English
万見
- PDB-6mh5: Crystal Structure of 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomer... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mh5
タイトルCrystal Structure of 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase from Staphylococcus schleiferi in complex with Fosmidomycin (FOM)
要素1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductoisomerase / staphylococci / MEP pathway / fosmidomycin / GlpT
機能・相同性
機能・相同性情報


1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / NADPH binding / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A ...1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus schleiferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.887 Å
データ登録者Lee, S.G. / Jez, J.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Potent, specific MEPicides for treatment of zoonotic staphylococci.
著者: Edwards, R.L. / Heueck, I. / Lee, S.G. / Shah, I.T. / Miller, J.J. / Jezewski, A.J. / Mikati, M.O. / Wang, X. / Brothers, R.C. / Heidel, K.M. / Osbourn, D.M. / Burnham, C.D. / Alvarez, S. / ...著者: Edwards, R.L. / Heueck, I. / Lee, S.G. / Shah, I.T. / Miller, J.J. / Jezewski, A.J. / Mikati, M.O. / Wang, X. / Brothers, R.C. / Heidel, K.M. / Osbourn, D.M. / Burnham, C.D. / Alvarez, S. / Fritz, S.A. / Dowd, C.S. / Jez, J.M. / Odom John, A.R.
履歴
登録2018年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8634
ポリマ－84,4972
非ポリマー3662
水00
1
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子

B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8634
ポリマ－84,4972
非ポリマー3662
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area30600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.713, 53.983, 115.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.617, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

-
要素

#1: タンパク質 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase


分子量: 42248.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus schleiferi (バクテリア)
遺伝子: dxr, SSCHL_1510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0K1A7V6, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物 ChemComp-FOM / 3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / FOSMIDOMYCIN / 3-ホスホノ1-(N-ホルミルヒドロキシアミノ)プロパン


分子量: 183.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10NO5P / コメント: 抗生剤*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES/MOPS (pH 7.5), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine, 20% (v/v) glycerol, 10% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月6日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.887→46.08 Å / Num. obs: 18289 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.887→2.99 Å / Num. unique obs: 1831

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.887→46.08 Å / SU ML: 0.4187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 1818 9.95 %
Rwork0.2122 --
obs0.2187 18276 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64.3065754791 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.887→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5898 0 22 0 5920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009559855282016028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.194144169658155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0587603405858939
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006586251825181046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.173319812733663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.887-2.96520.35941310.29861130X-RAY DIFFRACTION88.8028169014
2.9652-3.05240.34371300.27981272X-RAY DIFFRACTION98.11056683
3.0524-3.15090.37171410.27791221X-RAY DIFFRACTION95.9830866808
3.1509-3.26350.34691460.26781285X-RAY DIFFRACTION99.0997229917
3.2635-3.39410.33391300.26041280X-RAY DIFFRACTION99.1561181435
3.3941-3.54850.28481450.23461265X-RAY DIFFRACTION98.8086895585
3.5485-3.73550.31531450.23981267X-RAY DIFFRACTION98.3286908078
3.7355-3.96940.30071410.231269X-RAY DIFFRACTION97.8487161693
3.9694-4.27570.28091370.19981267X-RAY DIFFRACTION97.3647711512
4.2757-4.70560.26341440.18471272X-RAY DIFFRACTION98.7447698745
4.7056-5.38560.2531370.19661308X-RAY DIFFRACTION98.7021857923
5.3856-6.78190.27631450.21781286X-RAY DIFFRACTION97.8796169631
6.7819-46.080.20061460.15721336X-RAY DIFFRACTION97.692814766

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る