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- PDB-6mgi: Photosynthetic phosphoenolpyruvate carboxylase isoenzyme from mai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mgi
タイトルPhotosynthetic phosphoenolpyruvate carboxylase isoenzyme from maize complexed with the allosteric activator glucose-6-phosphate in its allosteric site
要素Phosphoenolpyruvate carboxylase
キーワードLYASE / PEPC-C4 / C4 metabolism / allosteric activator
機能・相同性
機能・相同性情報


response to cytokinin / phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / response to nitrate / leaf development / response to ammonium ion / carbon fixation / photosynthesis / tricarboxylic acid cycle / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain / Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase, bacterial/plant-type / Phosphoenolpyruvate carboxylase, His active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 2. / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 1. / de novo design (two linked rop proteins) / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily ...Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain / Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase, bacterial/plant-type / Phosphoenolpyruvate carboxylase, His active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 2. / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 1. / de novo design (two linked rop proteins) / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / GLYCINE / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Phosphoenolpyruvate carboxylase 1 / phosphoenolpyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.986 Å
データ登録者Gonzalez-Segura, L. / Munoz-Clares, R.A.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion TecnologicaIN216911 メキシコ
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical evidence of the glucose 6-phosphate-allosteric site of maize C4-phosphoenolpyruvate carboxylase: its importance in the overall enzyme kinetics.
著者: Munoz-Clares, R.A. / Gonzalez-Segura, L. / Juarez-Diaz, J.A. / Mujica-Jimenez, C.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly_prop.value ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3]
改定 1.22020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxylase
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,50716
ポリマ－218,9682
非ポリマー1,53914
水37821
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxylase
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子

A: Phosphoenolpyruvate carboxylase
B: Phosphoenolpyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,01432
ポリマ－437,9364
非ポリマー3,07828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area23590 Å2
ΔGint41 kcal/mol
Surface area129170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.087, 170.679, 244.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxylase


分子量: 109484.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ppc1 / プラスミド: pET32-ZmPEPC-C4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: Q84KR7, UniProt: P04711*PLUS, phosphoenolpyruvate carboxylase
#3: 糖 ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 33分子

#2: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5O6P
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.09 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 0.1 M TRIS HYDROCHLORIDE PH 8.5, 15% (W/V) PEG 4000, 0.1M POTASSIUM/SODIUM TARTRATE-4-HYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792372 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.986→29.618 Å / Num. obs: 62876 / % possible obs: 97.11 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.986→3.15 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 8596 / % possible all: 97.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VYJ

5vyj


解像度: 2.986→29.618 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 3167 5.04 %
Rwork0.2083 --
obs0.21 62789 97.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.986→29.618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14563 0 96 21 14680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5720242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.819080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9862-3.03070.381180.34591965X-RAY DIFFRACTION75
3.0307-3.0780.37811310.31842618X-RAY DIFFRACTION99
3.078-3.12840.34221510.30642573X-RAY DIFFRACTION99
3.1284-3.18230.35941290.29452657X-RAY DIFFRACTION99
3.1823-3.24010.32781390.28312580X-RAY DIFFRACTION99
3.2401-3.30240.30291490.28492602X-RAY DIFFRACTION99
3.3024-3.36970.31781370.25912629X-RAY DIFFRACTION99
3.3697-3.44280.31351250.25552614X-RAY DIFFRACTION99
3.4428-3.52280.29641460.25082611X-RAY DIFFRACTION99
3.5228-3.61070.29621210.2312631X-RAY DIFFRACTION98
3.6107-3.70820.26751470.22272627X-RAY DIFFRACTION98
3.7082-3.81710.25221270.22122624X-RAY DIFFRACTION99
3.8171-3.940.24261400.21292618X-RAY DIFFRACTION99
3.94-4.08050.24351370.20012623X-RAY DIFFRACTION98
4.0805-4.24340.2091420.18662598X-RAY DIFFRACTION98
4.2434-4.4360.20641370.17732606X-RAY DIFFRACTION98
4.436-4.6690.22971500.18522611X-RAY DIFFRACTION98
4.669-4.96020.1821310.17642634X-RAY DIFFRACTION98
4.9602-5.34120.22811460.18432605X-RAY DIFFRACTION98
5.3412-5.87490.22511450.18862613X-RAY DIFFRACTION97
5.8749-6.71630.23871500.19292631X-RAY DIFFRACTION97
6.7163-8.42940.16861270.15752638X-RAY DIFFRACTION96
8.4294-29.61950.17871420.15372714X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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